01 - Doutorado - Genética e Biologia Molecular
URI Permanente para esta coleção
Navegar
Navegando 01 - Doutorado - Genética e Biologia Molecular por Data de Publicação
Agora exibindo 1 - 20 de 48
Resultados por página
Opções de Ordenação
Item Ressequenciamento de genomas de cultivares brasileiras de soja: análise estrutural e associativa(2015-03-12) Santos, João Vitor Maldonado dos; Abdelnoor, Ricardo Vilela; Abdelnoor, Ricardo Vilela; Valliyodan, Babu; Barros, Everaldo Gonçalves de; Carvalho, Mayra Costa da Cruz Gallo de; Marcelino-Guimarães, Francismar Corrêa; Domingues, Douglas Silva; Nguyen, Henry T.A soja [Glycine max (L.) Merrill] é uma das mais importantes leguminosas cultivadas no mundo devido sua importância na alimentação humana, animal e produção de biocombustíveis. Desde que seu genoma foi sequenciado, aumentou-se o interesse por estudos de variações alélicas e estruturais ligadas a importantes características agronômicas e associadas à resistência a patógenos. Neste trabalho, foram ressequenciados 28 cultivares brasileiras com o objetivo de investigar sua base genética e análise de associação ampla do genoma para identificar importantes variações alélicas ligadas a resistência contra nematoide de cisto, nematoide de galha e cancro da haste. Foram identificados 1.329.844 indels e 5.868.344 SNPs, sendo 10.079 SNPs relacionados à resistência as três doenças. Uma estrutura homogênea foi observada na base genética nacional, com a presença de possíveis regiões sob processo de seleção positiva. Ainda, regiões contendo CNVs foram identificadas no genoma da soja. Os resultados indicam que apesar da base genética nacional estar se diversificando, ainda continua estreita, o que aumenta a necessidade de utilização de acessos de outras localidades para aumentar a variabilidade da base genética da soja brasileira. As variações alélicas relacionadas à resistência a doenças possuem aplicação direta para programas de melhoramento, devendo ser validadas futuramente. Por fim, os CNVs detectados podem contribuir significativamente no aumento da produtividade, e ainda estar relacionados à seleção de combinações que levam a uma resistência maior dos genótipos analisados contra as doenças estudadas. Uma análise mais aprofundada de tais variações estruturais torna-se importante em futuros trabalhos.Item Análise da diversidade genética, fenotípica e mapeamento por associação em um painel de C. arabica, incluindo acessos do centro de origemSilva, Bruna Silvestre Rodrigues da; Pereira, Luiz Filipe Protasio [Orientador]; Marcelino-Guimarães, Francismar Corrêa; Gonçalves, Leandro Simões Azeredo; Vieira, Luiz Gonzaga Esteves; Sant’Ana, Gustavo César; Micheletti, Diego [Coorientador]Resumo: A exploração da diversidade genética e fenotípica dos acessos do centro de origem de uma espécie é fundamental para estimar o potencial ganho genético e efetiva conservação de seus recursos genéticos Coffea arabica é uma espécie recente e com pouca variabilidade genética, o que torna mais importante a caracterização destes materiais do centro de origem para busca de genótipos com características que possam ser incorporadas pelos programas de melhoramento O objetivo deste trabalho foi analisar a diversidade e estrutura genética com base nos marcadores SSRs e SNPs de cafeeiros provenientes da Etiópia, como também fenotipar e realizar estudos de associação para características relacionadas à qualidade bioquímica dos grãos Para o estudo de diversidade genética de C arabica com base nos SSRs, 37 genótipos incluindo acessos da Etiópia, cultivares tradicionais e variedades, e seus dois parentais, C canephora e C eugenioides foram genotipados com 3 marcadores SSRs Um total de 26 alelos foram polimórficos e vinte desses, com conteúdo de informação polimórfica (PIC) acima de 7 As estimativas de diversidade genética como a média da heterozigosidade esperada (He), heterozigosidade corrigida pelo tamanho amostral (uHe) e proporção de loci polimórficos (P%) demonstraram alta diversidade genética entre os acessos do lado Oeste do Vale do Rift em relação aos outros grupos genéticos estudados, como também 34 alelos privados foram observados nesse grupo Duas subpopulações foram identificadas pelo estudo de estrutura populacional e Análise de Coordenadas Principais, uma correspondente aos acessos da Etiópia e o outro correspondente às cultivares tradicionais e variedades A comparação da dissimilaridade genética entre os acessos de C arabica com seus dois parentais diplóides demonstrou que as cultivares em estudo são geneticamente mais próximas de C eugenioides do que os acessos etíopes Todo o painel apresentou alta variabilidade quanto aos 8 compostos analisados por espectroscopia no infravermelho próximo (NIRS) Significativas correlações positivas entre ácidos clorogênicos (ACGs) e Lipídeos Totais (LT), Poteínas Totais (PT), Sacarose e Açúcares Totais (AT) bem como Cafeína e PT; Sacarose e AT; e LT e Caveol foram observadas Significativa correlação negativa foi encontrada entre LT e Sacarose/AT e entre Cafestol e Caveol A análise de agrupamento hierárquico identificou 3 grupos entre os acessos com características a serem exploradas para a qualidade da bebida e/ou para a produção de cafés com teores diferenciados de diterpenos Maior diversidade fenotípica foi observada entre os acessos do lado Oeste do Vale do Rift Foi realizada genotipagem por sequenciamento (GBS) de 159 genótipos incluindo acessos da histórica coleção Etíope da FAO, além de cultivares tradicionais e variedades de C arabica e os dois parentais diploides da espécie O Pipeline TASSEL-GBS foi realizado afim de montar os contigs, mapeá-los e identificar marcadores SNPs de C arabica nos dois parentais diploides da espécie (C canephora e C eugenioides) Foram identificados um total de 1719 e 2949 SNPs em ambos subgenomas com uma cobertura média de 68X e 47X que subdividiu os genótipos em 2 e 3 subpopulações Para investigar as variações genotípicas subjacentes aos traços relacionados com a qualidade da bebida, GWAS foi realizado para identificar variantes SNPs e genes candidatos nos acessos de C arabica da Etiópia com um total de 4517 SNPs e 11 genótipos para 5 replicatas de fenotipagem (ano 211, 212, 215, 216 e média 211/215) e 8 modelos de associação Um total de 33 SNPs de C arabica foram significativamente associados aos compostos relacionados com a qualidade da bebida de café em ambos subgenomas Dos 22 SNPs mapeados em C canephora e significativamente associados, 17 são co-localizados a 13 genes candidatos envolvidos nas vias metabólicas dos compostos bioquímicos Onze SNPs de C arabica mapeados em C eugenioides foram significativamente associados aos compostos bioquímicos Nossos resultados confirmam que há uma grande riqueza alélica e fenotípica presente nos acessos da Etiópia, especialmente nos acessos originados de florestas do lado Oeste do grande Vale do Rift, ainda não explorados pelo melhoramento genético Por fim, identificamos SNPs associados às caracteristicas fenotípicas que podem ser úteis no desenvolvimento de estratégias de seleção assistida objetivando melhorar a qualidade bioquímica de grãos de café verde, e genes candidatos para o melhoramento da qualidade da bebida de caféItem Citogenética convencional e molecular de diferentes espécies dos gêneros Heptapterus, Rhamdella e Pimelodella (Siluriformes, Heptapteridae), de duas bacias hidrográficas do Rio Grande do SulMoraes-Manécolo, Vivian Patrícia Oliveira de; Dias, Ana Lúcia [Orientador]; Swarça, Ana Cláudia; Rosa, Renata da; Fenocchio, Alberto Sérgio; Vicari, Marcelo RicardoResumo: A ordem Siluriformes é formada por peixes de água doce com ampla distribuição por toda a região Neotropical, possuindo cerca de 388 espécies válidas, distribuídas em 477 gêneros e 36 famílias Dentre as famílias que compõem os siluriformes encontra-se a família Heptapteridae, formada por peixes de pequeno porte organizados em 24 gêneros e cerca de 27 espécies válidas Neste estudo, foi realizado um levantamento de dados citogenéticos na família Heptapteridae, utilizando-se 113 populações de 3 espécies e oito gêneros A composição dos conjuntos cromossômicos das espécies variou de 42 a 58 cromossomos sendo estes, preferencialmente, dos tipos metacêntricos e submetacêntricos Foi observada a ocorrência de polimorfismos numéricos, evidenciados pela descrição de três indivíduos triploides do gênero Rhamdia e a presença de cromossomos B A localização dos cístrons ribossômicos 5S e 18S, bem como a quantidade e distribuição da heterocromatina foram identificadas nas espécies descritas O presente estudo também trouxe a análise de cinco espécies de peixes de três gêneros da família Heptapteridae, coletadas em duas bacias hidrográficas do Rio Grande do Sul: duas populações de Heptapterus mustelinus e uma população de Rhamdella eriarcha (topotipo) foram coletadas na Laguna dos Patos; indivíduos de Heptapterus sp A e Rhamdella sp foram obtidos na Bacia do Tramandaí e exemplares de Pimelodella australis foram coletados nas duas bacias hidrográficas A população de H mustelinus do Arroio Colombo apresentou 2n=54 (32m+8sm+1st+4a) e todas as demais espécies/populações um 2n = 58: H mustelinus do Rio Forquetinha e Heptapterus sp A coletada no Rio Maquiné apresentaram 32m+12sm+4st+1a; P australis, tanto do Arroio Ribeiro como da Lagoa dos Quadros, possuíam a mesma fórmula cariotípica, 34m+1sm+8st+6a, R eriarcha e Rhamdella sp com 46m/sm+8st+4a Os cistrons ribossômicos 18S apresentaram-se em quatro cromossomos nos exemplares de H mustelinus das duas populações, enquanto que em Heptapterus sp A e nas demais espécies aqui estudadas foram observados em apenas um par de cromossomos A localização da sequência gênica de DNAr 5S foi realizada apenas em Heptapterus e revelou, para as duas populações de H mustelinus, apenas um par de cromossomos portador desta sequência, localizada na região terminal na população do Arroio Colombo e em posição intersticial na população do Rio Forquetinha; em Heptapterus sp A este sítio foi observado em apenas um cromossomo, em região intersticial A coloração com fluorocromos base específicos evidenciou nas duas populações de H mustelinus regiões ricas em G-C nas porções terminais dos braços de alguns cromossomos e intersticial no par 26, porém, em Heptapterus sp A apenas um par portador de região CMA3+ foi evidenciado Nas populações dos gêneros Pimelodella e Rhamdella apenas as RONs apresentaram-se ricas em GC A distribuição e composição da heterocromatina mostraram-se de forma diferenciada nas populações analisadas, especialmente nas do gênero Heptapterus, onde em H mustelinus a heterocromatina localizada na região terminal dos cromossomos, nas duas populações, apresentou-se rica em bases GC, porém, a que estava localizada na região centromérica mostrou-se rica em pares AT na população do Arroio Colombo, enquanto que na população do rio Forquetinha a heterocromatina estava composta por pares de bases GC e AT Em Heptapterus sp A foi possível observar que algumas regiões heterocromáticas terminais mostraram-se CMA3+/DAPI+ e outras regiões mostraram-se compostas apenas por bases AT Em P australis da Lagoa dos Quadros, a heterocromatina foi observada na região terminal de alguns cromossomos A que estava associada à constrição secundária e RON mostrou-se CMA3+/DAPI-, já a heterocromatina pericentromérica presente neste mesmo par apresentou-se apenas DAPI+; na população do Arroio Ribeiro heterocromatina associada a RON também mostrou-se CMA3+, enquanto que as regiões heterocromáticas terminais dos cromossomos e algumas intersticiais apresentaram-se ricas em AT As espécies do gênero Rhamdella também apresentaram diferenciação quanto à heterocromatina, sendo que em R eriarcha esta foi evidenciada nas regiões centroméricas e terminais de vários cromossomos, em um ou ambos braços cromossômicos porém, apenas a heterocromatina associada à RON mostrou-se CMA3+ Em Rhamdella sp a heterocromatina foi observada nas regiões terminais de alguns cromossomos, a RON apresentou-se rica em GC, além de alguns blocos heterocromáticos serem DAPI+ Embora similaridades tenham sido observadas, diferenças tanto inter como intraespecíficas em relação à macro e microestrutura cromossômica das espécies estudadas, revelam um dinamismo dos processos que tem agido sobre a evolução e diferenciação cariotípicas na família HeptapteridaeItem "Avaliação toxicogenética do exopolissacarídeo botriosferana secretado por Botryosphaeria rhodina MAMB-05"Lima, Maressa Cristiane Malini de; Cólus, Ilce Mara de Syllos [Orientador]; Kvitko, Katia; Spanó, Mário Antônio; Mantovani, Mário Sérgio; Serpeloni, Juliana Mara; Figueiredo, Suely Gomes de [Coorientadora]Resumo: ß-glucanas fúngicas têm apresentado propriedades imunomoduladora e anticâncer O presente estudo avaliou os potenciais mutagênico, genotóxico, protetor e antioxidante de um exopolissacarídeo obtido do fungo Botryosphaeria rhodina MAMB-5, o botriosferana Também foram investigadas as possíveis alterações promovidas por este exopolissacarídeo na expressão gênica e cinética do ciclo celular A mutagenicidade foi avaliada em linhagens de Salmonella typhimurium Os demais ensaios foram realizados em culturas de linfócitos humanos normais e tumorais (células Jurkat) Em todas as condições avaliadas o botriosferana não foi mutagênico, genotóxico e não reduziu espécies reativas geradas por H2O2 Entretanto, protegeu o DNA de linfócitos normais e tumorais contra danos causados pelo metilmetanosulfonato em condição de pós-tratamento e tratamento simultâneo A citometria de fluxo detectou uma população de células Jurkat tetraplóides em fase G1 após tratamento com botriosferana associado à doxorrubicina Este efeito antiproliferativo pode estar associado à modulação negativa da expressão de genes envolvidos no checkpoint em G1 A repressão do gene CCR5 em linfócitos tumorais tratados com o botriosferana sozinho ou combinado com DXR indica uma possível afinidade do exopolissacarídeo com este receptor Portanto, o botriosferana parece estar envolvido no checkpoint da fase G1 do ciclo e possivelmente com a inibição da expressão do gene CCR5Item Marcadores moleculares para detecção de espécies de Aspergillus produtoras de aflatoxinas, ocratoxinas e fumonisinasMassi, Fernanda Pelisson; Fungaro, Maria Helena Pelegrinelli [Orientador]; Taniwaki, Marta Hiromi; Furlaneto-Maia, Luciana; Sartori, Daniele; Hirooka, Elisa YokoResumo: Produtos destinados ao consumo humano e animal podem apresentar-se contaminados com micotoxinas, destacam-se as aflatoxinas, ocratoxinas e fumonisinas produzidas por espécies de fungos do gênero Aspergillus Atualmente, detectar e identificar espécies micotoxigênicas é crucial para garantir a qualidade do alimento Neste âmbito, as informações presentes nas sequências de nucleotídeos de alguns loci do genoma fúngico, têm contribuído para o desenvolvimento de marcadores moleculares utilizados para a identificação de espécies toxigênicas, eliminando a necessidade de cultivo O objetivo deste trabalho foi desenvolver e utilizar marcadores moleculares para detectar espécies de Aspergillus produtoras de micotoxinas Os resultados obtidos são apresentados na forma de três artigos científicos O primeiro artigo apresenta o desenvolvimento de um marcador molecular para detecção da espécie aflatoxigênica Aspergillus nomius Esta espécie pertence à Aspergillus section Flavi e tem sido descrita como uma das principais responsáveis pela contaminação de castanha do Brasil com aflatoxinas O par de primer espécie-específico foi desenvolvido para detectar a presença de A nomius em visitantes florais da castanheira (Bertholletia excelsa), trazendo à luz uma possível via de contaminação da castanha A nomius foi detectado em Xylocopa frontalis, Bombus transversalis, Centris denudans, Centris ferruginea e Epicharis flava No segundo trabalho foi desenvolvido um sistema de PCR multiplex para analisar uma grande coleção de isolados de Aspergillus niger e Aspergillus welwitschiae quanto à presença ou ausência de genes essenciais para a biossíntese da ocratoxina e fumonisina Ambas espécies pertencem à Aspergillus section Nigri e são frequentemente encontradas em alimentos Isolados destas espécies podem produzir ocratoxina A (OTA) e/ou fumonisina B2 (FB2) Um total de 175 linhagens foram obtidas de frutas secas, castanha do Brasil, grãos de café, frutos de uva, cacau e cebola e investigadas Entre os isolados de A niger, aproximadamente 32% foram produtores de OTA; em contraste, apenas 1% dos isolados de A welwitschiae foram capazes de produzir OTA Em relação a produção de FB2, houve maior frequência dos isolados de A niger (74%) serem capazes de produzir FB2 quando comparados com A welwitschiae (34%) O uso da PCR multiplex revelou que a frequência dos isolados contendo os genes essenciais de biossíntese de micotoxinas também é marcadamente diferente entre A niger e A welwitschiae Todos os isolados de A niger e A welwitschiae produtores de OTA portavam os genes radH e pks no genoma e 95,2% dos isolados não-produtores de OTA não continham esses genes Isto sugere que a incapacidade de produção de OTA está associada à deleção de genes do cluster de biossíntese da OTA Sobre o gene relacionado à produção de fumonisinas, a-oxoamina sintase (fum8), observou-se que 1% dos isolados de A niger e 36% dos isolados de A welwitschiae o possuem no genoma A incapacidade de produção de FB2 em A welwitschiae está associada a deleções de genes do cluster de biossíntese de fumonisina Porém, esta associação não ocorre para a espécie A niger No terceiro trabalho foi investigada a incidência de Aspergillus section Nigri em cebolas adquiridas mensalmente em supermercados, em um período de dois anos Foi analisado por meio da PCR multiplex isolados das espécies A niger/A welwitschiae a fim de separar linhagens destas espécies das outras linhagens de black aspergilli não produtoras de micotoxinas, além de detectar genes envolvidos com a biossíntese de OTA e FB2 Aspergillus section Nigri foi detectado em 98% das amostras, e 97,4% dos isolados foram pertencentes às espécies toxigênicas A niger ou A welwitschiae Outras espécies encontradas em menor frequência foram A brasiliensis, A japonicus, A tubingensis, A luchuensis, A neoniger e A heteromorphus Aproximadamente 36% dos isolados identificados como A niger ou A welwitschiae foram portadores do gene fum8, envolvido na biossíntese de FB2 Aproximadamente 3% dos isolados foram portadores dos genes radH e pks, ambos envolvidos na biossíntese de OTA A welwitschiae é a principal espécie encontrada em cebolas na pós-colheita contemplando linhagens portadoras de genes essenciais para a biossíntese de micotoxinas Conclui-se que marcadores moleculares podem ser eficientemente utilizados para identificação e/ou detecção de espécies de Aspergillus, bem como para a avaliação da capacidade de risco de linhagens tóxicas pertencentes ao gênero AspergillusItem Filogeografia, padrões demográficos históricos e diversidade genética de abelhas Euglossini, com ênfase em espécies da Mata AtlânticaSilva, Wilson Frantine da; Sofia, Silvia Helena [Orientador]; Miyaki, Cristina Yumi; Melo, Gabriel Augusto Rodrigues de; Souza-Shibatta, Lenice; Ferreira, Dhiego GomesResumo: A tribo Euglossini compreende um grupo de abelhas neotropicais de cerca de 24 espécies as quais apresentam complexas histórias biológicas pouco exploradas do ponto de vista biogeográfico e filogeográfico Devido uma gama de comportamentos e outras peculiaridades, estas abelhas apresentam uma intrínseca relação com seus ambientes, de modo que suas histórias biológicas são reflexo da própria história de seus respectivos habitats Amplamente distribuídas nas florestas úmidas americanas, as abelhas das orquídeas, como são popularmente conhecidas, apresentam altas taxas de endemismo na Mata Atlântica, onde quase 5% das espécies documentadas são endêmicas a este ambiente Dentre muitos fatores por trás dos processos geradores de diversidade, mudanças climáticas ao longo do Pleistoceno, movimentos neotectônicos e barreiras geológicas, são frequentemente apontadas como os principais agentes históricos por trás da megadiversidade deste bioma No presente estudo, diferentes espécies de abelhas da tribo Euglossini são utilizadas como modelo para investigar os processos por trás da diversificação destas abelhas ao longo das florestas tropicais americanas, com ênfase na Mata Atlântica Para tanto, três espécies e grupos de espécies do gênero Euglossa correspondendo à diferentes modelos distribucionais (E annectans, E iopoecila, e cinco espécies do subgênero Glossurella, grupo crassipunctata) foram selecionados para inferir sobre processos em diferentes escalas latitudinais, longitudinais e temporais Técnicas baseadas em sequenciamento de genes mitocondriais, genotipagem de locos microssatélites e sequenciamento paralelo massivo foram utilizados em associação à modelagem de nicho ecológico e distribuição de espécies para avaliar aspectos genéticos populacionais, filogenéticos e filogeográficos, bem como sua congruência com padrões climáticos atuais e pretéritos, eventos geológicos e neotectonismos Os resultados encontrados apontam que flutuações climáticas foram determinantes para definição da estrutura populacional das espécies de Euglossini na Mata Atlântica, porém os efeitos destes eventos dependem fortemente das idiossincrasias associadas à aspectos ecológicos de cada espécie De acordo com os resultados, espécies associadas às Florestas Estacionais Semideciduais tenderam a migrar parte de suas populações para o interior, se afastando da região litorânea ao longo dos picos glaciares do Pleistoceno Por outro lado, espécies com ampla distribuição latitudinal associadas à Floresta Ombrófila Densa se encaixam nas expectativas da interpretação atual dos refúgios para a Mata Atlântica Os modelos de nicho para as abelhas das orquídeas aqui estudadas apontam de forma recorrente a existência de áreas adequáveis na porção sul da Mata Atlântica no último máximo glacial (21 Ka a p) A cronologia da diversificação filogenética das espécies do grupo crassipunctata indica o aumento da atividade orogênica nos Andes à ~5-6 Ma a p como fator determinante para o surgimento de quatro das seis espécies atuais, e que as flutuações climáticas do Pleistoceno apenas influenciaram a separação entre o clado amazônico e atlântico Os resultados do presente estudo são inéditos e agregam uma importante contribuição para o entendimento dos padrões e processos geradores de diversidade na tribo Euglossini, bem como, na Mata AtlânticaItem Caracterização in silico e in vivo do promotor do gene galactinol sintase de Coffea sppGirotto, Larissa; Pereira, Luiz Filipe Protasio [Orientador]; Molinari, Hugo Bruno Correa; Vilas-Bôas, Laurival Antônio; Cação, Sandra Maria Bellodi; Ivamoto-Suzuki, Suzana Tiemi; Santos, Tiago Benedito dos [Coorientador]Resumo: O café, é uma das mais importantes commodities agrícolas, sendo o Brasil seu maior produtor e exportador As mudanças climáticas globais têm causados danos a produtividade agrícola cafeeira com impactos econômicos e sociais, incluindo a redução de áreas disponíveis para o plantio de café Uma das alternativas biotecnológicas para resolver esse problema é produção de cafeeiros geneticamente modificados e tolerantes a estresses abióticos Diante desse cenário foi investigado o potencial do promotor da galactinol sintase (GolS) do gênero Coffea, que catalisa a primeira etapa da via de síntese dos oligossacarídeos da família da Rafinose, cujo acúmulo ocorre em resposta a estresses abióticos Entender a arquitetura dos promotores de café, tornou-se fundamental para modular a regulação da expressão gênica em períodos de estresse abióticos 1 promotores de GolS foram encontrados nos genomas públicos disponíveis de Coffea spp Estes apresentaram 12 diferentes tipos de cis-elementos que regulam a resposta gênica e são induzidos por estresses ambientais Os que mais se destacaram foram ARE (indução anaeróbica), ABRE e MYB (resposta do Ácido abscísico - ABA) e STRE (presente nos promotores de genes que são regulados durante o estresse) Após a caracterização dos promotores, um promotor GolS, isoforma de Coffea canephora (Cc), foi selecionado e clonado com o objetivo de verificar a sua expressão em experimentos de estresse abiótico induzido O promotor CcGolS3 fusionado ao gene repórter da ß-glucuronidase (GUS) foi utilizado para transformar Arabidopsis thaliana Para analisar a atividade deste promotor, as plantas transformadas foram submetidas a estresses hídrico, salino e de temperatura A atividade do gene GUS foi analisada histoquimicamente e por RTqPCR A coloração histoquímica do gene repórter GUS foi verificada em todos os tecidos de A thaliana que possuiam a construção pCcGolS3::GUS, provavelmente devido a uma atividade leaky do promotor As análises de RT-qPCR do promotor de CcGolS3 evidenciou o aumento no número de transcritos de GUS em plantas sob estresse hídrico, salino e de frio, mesmo com a presença do leaky, comportando-se como um promotor do tipo estresse-induzido e demonstrando o potencial uso do mesmo em projetos futuros de transformação de plantasItem Alterações na resposta celular ao tratamento com clorofilina associada a agentes citotóxicos in vitroD’Epiro, Gláucia Fernanda Rocha; Mantovani, Mário Sérgio [Orientador]; Ribeiro, Lúcia Regina; Maistro, Edson Luís; Sartori, Daniele; Lepri, SandraResumo: A clorofilina (Chl) é um corante de alimentos derivado da clorofila que apresenta atividade quimioprotetora Entretanto, seus mecanismos de ação não estão totalmente elucidados O presente estudo teve como objetivo avaliar a atividade quimioprotetora da clorofilina em células expostas aos agentes antitumorais doxorrubicina (Dox) e edelfosina (EDLF) e ao mutágeno ambiental benzo(a)pireno (BaP) No primeiro capítulo, as células HepG2/C3A (linhagem metabolizadora de hepatoma humano) foram expostas à Chl (25, 5, 1 e 2 µM) associada à Dox (3 ou ,1 µM) ou ao BaP (2 µM) A análise do ciclo celular mostrou que a Chl (2 µM) foi capaz de restabelecer a distribuição normal do ciclo celular e de inibir a morte celular induzida pela Dox (,1 µM) e o BaP (2 µM) A Dox e o BaP reprimiram a expressão dos genes envolvidos na progressão do ciclo celular (CCNA2, CCNB1, CCND1 e CCNE1, CDK1 e CDK2) e apoptose (BAX, CASP7 e TP53), entretanto, a associação com clorofilina não causou alteração dessa resposta No segundo capítulo, a linhagem HeLa (linhagem não metabolizadora de câncer cervical humano) recebeu os tratamentos com a Chl (1 e 2 µM) combinada com a Dox (,1µM), EDLF (1µM) e BaP (2 µM) por 24, 48 e 72 h A Chl não apresentou citotoxicidade e nos tratamentos associados com os três agentes (Dox, EDLF e BaP) foi capaz de atenuar o efeito citostático e reduzir a população de células apoptóticas (subG1) Porém, a Chl não foi eficaz em inibir a expressão do marcador de autofagia, LC3-II, e do marcador de apoptose, PARP clivada, induzida pelos agentes citotóxicos Portanto, em ambos os casos, a Chl atenuou os efeitos citotóxicos e citostáticos dos agentes Dox, EDLF e BaP, o que sugere sua atividade quimioprotetora mediante à toxicidade induzida por diferentes compostosItem Estudos de associação genômica ampla em uma população F2 de Coffea arabica LBrito, Lívia Maria Nogueira; Pereira, Luiz Filipe Protasio [Orientador]; Silva, Bruna Silvestre Rodrigues da; Sant’Ana, Gustavo César; Sera, Gustavo Hiroshi; Maluf, Mirian PerezResumo: O café é uma das principais bebidas no mundo e um importante commodity para países tropicais Coffea arabica é uma das espécies mais importantes do gênero, conhecida pela produção de cafés com bebida de qualidade superior, aromas e sabores marcantes Entretanto apresenta uma baixa variabilidade genética o que torna relevante a busca por novas fontes de variabilidade em populações de melhoramento através da incorporação de linhagens provenientes de hibridos interespecíficos e/ou uso de genótipos selvagens do centro de origem Nesse trabalho realizamos análise genética e fenotípica de uma população F2 de Coffea arabica, composta por 189 indivíduos, e obtida a partir de um cruzamento entre plantas IAPAR 781-LiCi [[E335] x Catuai Vermelho IAC 46)] e IAPAR 8848-8-L3C3 (Sarchimor IAC 1669-33) No capítulo 1, descrevemos a genotipagem por sequencimanto (GBS) e analisamos a diversidade e estrutura genética presente em uma população F2 de C arabica Foram identificados 1966 SNPs após aplicação de filtros para callrate (,8) e MAF (>,5), que se mostraram eficientes na análise da estrutura e diversidade genética presente na população Pelo estudo de estrutura populacional e análise de coordenada principal (PCA), foram identificados de 2 a 4 grupos (k=2 e k=4) sendo possível verificar a variabilidade genética existente entre os indivíduos da população, além de um grupo Misto, denominado grupo M, que através das estimativas, demonstrou maior variabilidade genética presente no grupo, em comparação com os outros grupos formados Índices de Shannon (52), heterozigosidade esperada (35), heterozigosidade observada (46) e polimórfismo (1%) confirmaram uma maior diversidade genética presente no grupo M A análise molecular de variância (AMOVA) demonstrou maior variabilidade presente dentro dos grupos (89%) do que entre eles (11%) No capítulo 2, o objetivo do trabalho foi identificar SNPs associados a características bioquímicas relacionadas à qualidade da bebida na população Foram utilizados 79 indivíduos da população F2 para um estudo de associação genômica ampla (GWAS) A análise fenotípica foi realizada por meio de espectrometria de infra-vermelho próximo (NIRs) e os genótipos caracterizados para ácidos clorogênicos, açucares totais, cafeína, compostos fenólicos, cafestol, caveol, proteínas, lipídeos, açúcares redutores e sacarose, além de características agronômicas como altura da planta, largura de copa e tamanho de frutos Foram observadas correlações positivas significativas entre cafeína e proteína e entre sacarose e açúcares totais Análises de agrupamento hierárquico classificaram os genótipos em três grupos distintos, sendo o grupo número 3, evidenciado pelo baixo teor de cafestol e alto teor de caveol Um total de 11 SNPs foram identificados no estudo de associação pelos métodos pLARmEB, ISIS EM BLASSO e MrMLM, sendo associados aos compostos: ácidos clorogênicos (3), açcares redutores (1), cafestol (4) e largura da copa (3) Assim, através da fenotipagem e genotipagem da população, foi possível obter SNPs tanto para discriminação da população e estimar a variabilidade genética, bem como realizar estudos de associação relacionados a bioquímica dos grãos, permitindo a seleção de genótipos promissores para serem utilizados em programas de melhoramento de caféItem Citogenética de peixes das famílias Heptapteridae e Pseudopimelodidae (Siluriformes) : contribuição para estudos com DNAs repetitivosGouveia, Juceli Gonzalez; Dias, Ana Lúcia [Orientador]; Fenocchio, Alberto Sérgio; Silva, Carlos Roberto Maximiano da; Caetano, Lucia Giuliano; Vicari, Marcelo RicardoResumo: Os Peixes das famílias Heptapteridae e Pseudopimelodidae, são peixes de couro, endêmicos dos neotrópicos e possuem uma ampla distribuição nos cursos d’água na América Central e do Sul A família Heptapteridae apresenta cerca de 26 gêneros e 28 espécies válidas e Pseudopimelodidae com 5 gêneros e aproximadamente 37 espécies válidas Os estudos citogenéticos são escassos nessas duas famílias diante da quantidade de espécies, sendo que apenas 41 espécies de Heptapteridae e 7 espécies de Pseudopimelodidae apresentam dados com este tipo de análise, até o momento Em Heptapteridae os estudos estão voltados para os gêneros Imparfinis, Pimelodella e Rhamdia, e em Pseudopimelodidae apenas poucos gêneros possuem descrição cariotípica, onde a maioria dos estudos apresentam apenas dados de citogenética clássica, não possuindo muitas análises cito-moleculares como o mapeamento físico de DNAs repetitivos Neste estudo foram descritos os primeiros dados com isolamento e caracterização de sequências de um elemento transponível Tc1-Mariner do genoma de Imparfinis schubarti, além do mapeamento cromossômico deste e de outros DNAs repetitivos como DNAr 18S, 5S e microssatélites em duas espécies do gênero Imparfinis, da família Heptapteridae, com o objetivo de discutir a composição genômica desse gênero, que é considerado o mais diversificado dentro de Heptapteridae As sequências isoladas de Tc1-mariner mostraram similaridade de aproximedamente 7% com sequências não autônomas da superfamília Mariner, com domínios característicos deste transposon O mapeamento físico de Tc1- mariner nos cromossomos de Imparfinis borodini e I schubarti, mostrou que esse elemento ocorre em abundância no genoma dessas duas espécies, com localização em regiões heterocromáticas e com um padrão diferenciado de distribuição nos cromossomos entre essas duas espécies Esse transposon também apresentou marcação nos cromossomos portadores de sítios ribossômicos 18S e 5S, assim como sequências curtas de microssatélites, o que pode ser um indício que a dispersão e evolução de genes de DNAs ribossômicos podem ser mediadas por DNAs repetitivos, devido a organização desses elementos no genoma de peixes Entre essas duas espécies de Imparfinis, também foi obsevada diferente localização das AgRONS, sítios de DNAr 18S e 5S em seus genomas, além de apresentarem uma grande diferença no número diplóide, onde I borodini mostrou o primeiro 2n=5 entre os Heptapterídeos e I schubarti com 2n=58, que é o mais comum nas espécies desse gênero Os dados sugerem que I borodini e I schubarti mostram uma evolução cromossômica mais divergente do que conservativa Foi realizado também um estudo com diferentes gêneros e espécies de heptapterídeos e pseudopimelodídeos, com a utilização de diferentes marcadores cromossômicos, visando discutir as relações citogenéticas entre essas duas famílias, juntamente com dados da literatura Foram analisadas três espécies de heptapterídeos (Cetopsorhamdia iheringi, Phenacorhamdia tenebrosa e Pimelodella meeki) e duas de pseudopimelodídeos (Microglanis cibelae e Microglanis cottoides) Os resultados revelaram o primeiro 2n=48 para a família Heptapteridae em Phenacorhamdia tenebrosa já em Microglanis cibelae que apresenta o primeiro dado citogenético neste trapabalho, mostrou o 2n=54 que é característico de Pseudopimelodidae Foram observadas características citogenéticas compartilhadas entre esses dois grupos como a presença de cromossomos com dois braços, a localização das RONs em região terminal de 1 par de cromossomos, na maioria das espécies estudadas, com uma variação de sítios de DNAr 18S e 5S em diferentes populações, inclusive da mesma espécie, como em Microglanis cottoides Os dados apresentados mais os da literatura confirmam a proximidade entre essas duas famílias por meio de diferentes marcadores citogenéticos e também revelam que existem características específicas de cada grupo, como a variabilidade cariotípica de Heptapteridae e o conservado 2n em Pseudopimelodidae Este trabalho também corrobora com a hipótese de que rearranjos cromossômicos estão ocorrendo nas espécies de Heptapteridae e Pseudopimelodidae, podendo ser mediada por diferentes mecanismos, o que reflete a organização genômica dentro deste grupoItem "Respostas moleculares de genótipos de soja em condição de hipóxia"Marin, Silvana Regina Rockenbach; Nepomuceno, Alexandre Lima [Orientador]; Lopes, Fabrício Martins; Moraes, Larissa Alexandra Cardoso; Henning, Liliane Marcia Mertz; Corte, Lígia Erpen-Dalla; Pagliarini, Renata Fuganti [Coorientadora]Resumo: A soja figura entre as quatro culturas de maior importância para a agricultura e economia mundial, devido a composição do grão que permite uma ampla aplicabilidade em diversos setores da indústria Mas o sucesso da produção depende de condições ideais de cultivo, que podem ser severamente prejudicadas por uma série de fatores abióticos, entre eles se destaca as condições de alagamento do solo que podem ocorrer em decorrência de modificações climáticas que alteram o regime de chuvas ou por características específicas dos solos hidromórficos A condição de alagamento ou encharcamento do solo provoca a deficiência de oxigênio levando a hipóxia ou anóxia, que promove alterações na composição e estrutura do solo e comprometem a absorção de água e nutrientes pela planta e assim, o desenvolvimento e produção Para se adaptar à esta condição, as plantas desenvolvem respostas complexas que envolvem a regulação da expressão gênica tanto no nível transcricional como pós transcricional Assim, o objetivo deste estudo foi analisar as respostas fisiológicas, agronômicas e moleculares de genes relacionados à condição de hipóxia em genótipos de soja tolerantes e sensíveis à condição de encharcamento, e também analisar o perfil de expressão de miRNAs e seus potenciais genes alvos Foram conduzidos dois experimentos em casa de vegetação um em vaso contendo substrato e simulando a condição de encharcamento para determinar a expressão de genes envolvidos nas respostas a essa condição e outro em sistema hidropônico para identificar os miRNAs expressos em resposta a hipóxia Como resultado, constatamos que a hipóxia gerada pelo encharcamento teve consequências não apenas para o metabolismo do carbono, mas também para o metabolismo do nitrogênio Em síntese os genótipos responderam ao encharcamento inicialmente com estratégias de adaptações anatômicas e morfológicas como a formação de raízes adventícias Os genótipos tolerantes apresentaram um mecanismo envolvendo prioritariamente a mudança de expressão de genes relacionados ao ajuste metabólico regulando a alteração da respiração aeróbica para anaeróbica Em relação ao possível mecanismo de controle pós transcricional mediado por miRNAs em resposta a condição de hipóxia, sugerimos que os miRNAs potencialmente regulam a expressão de genes de fatores de transcrição, genes de sinalização e genes de ajuste do metabolismo primário envolvidos na indução da fermentação, glicólise e degradação do amido, de modo tratamento e genótipo dependentes Nosso estudo forneceu importantes informações sobre as respostas adaptativas de diferentes genótipos de soja à condição de alagamento e também dados inéditos da composição e do perfil de expressão de miRNAs de soja sob hipóxia em cultivares tolerante e sensível ao alagamentoItem "Mapeamento físico de diferentes DNAs repetitivos em peixes da família Cichlidae : citogenética comparativa e evolutiva"Usso, Mariana Campaner; Dias, Ana Lúcia [Orientador]; Vênere, Paulo Cesar; Lui, Roberto Laridondo; Vanzela, André Luís Laforga; Jerep, Fernando CamargoResumo: No presente trabalho foram analisadas onze espécies de peixes da família Cichlidae, pertencentes a seis gêneros e três tribos, Chaetobranchini, Cichlasomatini e Geophagini, das sete existentes, coletadas em quatro bacias hidrográficas, do Rio Paraguai-MS, Rio Paraná-PR, sistema hidrográfico Laguna dos Patos-RS e do Rio Tramandaí-RS Os dados citogenéticos revelaram que a maioria das espécies possuem 2n=48, com exceção de Bujurquina vittata que apresentou 2n=44, característica cromossômica dos Ciclídeos Africanos Apesar de um número diploide conservado na maioria das espécies analisadas, diferentes formulas cariotípicas foram observadas: Bujurquina vittata apresentou 3m+8sm+6st-a (NF=82), Chaetobranchopsis australis 48st-a (NF=48), Cichlasoma portalegrense 14m-sm+34st-a (NF=62), Crenicichla jaguarensis 4m+4sm+4st-a(NF=56), C lepidota e C maculata 6m+42st-a (NF=54), Geophagus brasiliensis 4m+44st-a (NF=52) Para as quatro espécies de Gymnogeophagus as constituições cromossômicas foram: 2m+46st-a (NF=5) para G balzani, G gymnogenys da população do saco da Alemoa com 4m+44st-a (NF=52) e 6m+42st-a (NF=54) para a população do Gasômetro, G labiatus com 4m+4sm+4st-a (NF=58) e G rhabdotus 4m+2sm+42st-a (NF=52) Para uma melhor compreensão da evolução cromossômica entre as diferentes espécies de Ciclideos foi realizado um mapeamento cromossômico com diferentes DNAs repetitivos, sendo os pequenos DNAs nucleares (snDNA) U1 e U2 e os DNAs ribossômicos 18S e 5S, bem como um levantamento de dados nas sete tribos da subfamília Cichlinae, relacionado aos número diploide, fórmula cariotipica, distribuição da heterocromatina e DNAs ribossômicos Os diferentes DNAs repetitivos analisados no presente estudo evidenciaram uma plasticidade na distribuição cariotípica dessas sequênicas, podendo ser encontrados em diferentes posições e em diferentes cromossomos Em cinco espécies da tribo Geophagini, Crenicichla jaguarensis, C lepidota, C maculata, Gymnogeophagus balzani e G labiatus, foi observada a interação do cluster de DNAr 18S com DNAsn U2, indicando uma aparente homeologia do primeiro par, um cromossomo metacêntrico, e uma possível interação entre famílias de DNA repetitivos distintas Rearranjos cromossômicos parecem ser responsáveis pela diversidade cariotípica entre os ciclídeos, como observado em Gymnogeophagus gymnogenys aqui analisada e em outras espécies, como evidenciado pelo levantamento de dados da literatura no grupo As sequências de DNA repetitivos parecem desempenhar um importante papel na ocorrência desses eventos O maior número de dados cariotípicos ainda se restrige às tribos Geophagini, Cichlasomatini e Heroini que, apesar de terem aumentado nos últimos anos, não refletem a real diversidade da família, principalmente quando são relacionados às sequencias de DNAs repetitivos, mas já é possível inferir que rearranjos cromossômicos estão ocorrendo de forma independente entre as espéciesItem Análise funcional de proteínas Cry e Vip de Bacillus thuringiensisRicietto, Ana Paula Scaramal; Vilas-Bôas, Gislayne Fernandes Lemes Trindade [Orientador]; Monnerat, Rose; Silva, Everton Ricardi Lozano da; Sartori, Daniele; Neves, Pedro Manoel Oliveira JaneiroResumo: Bacillus thuringiensis é uma bactéria entomopatogênica, gram-positiva e formadora de esporos, pertencente ao grupo do Bacillus cereus que possui atividade inseticida principalmente ligada às proteínas inseticidas Cry, além da produção de outros fatores de virulência como fosfolipases, enterotoxinas, metaloproteases, hemolisinas e citotoxinas Proteínas Cry são produzidas durante a fase de esporulação, enquanto as proteínas Vip são sintetizadas durante o crescimento vegetativo Estas proteínas apresentam modo de ação e interação com receptores de membrana distintos, permitindo o uso de ambas às proteínas para o controle de insetos A revisão desta tese aborda a descrição e o emprego de B thuringiensis no controle biológico de insetos, as principais proteínas entomopatogênicas, interações e modos de ação destas O primeiro artigo relata o uso das toxinas de B thuringiensis no controle de Grapholita molesta e os efeitos antagônicos observados entre Cry e Vip para este inseto No segundo trabalho, a clonagem e expressão de proteínas Vip1Bb3 e Vip2Bb4 são descritos Estas proteínas são toxinas binárias com atividade frente a coleópteros E ao final, uma terceira publicação que analisa o genoma da linhagem de B thuringiensis BR145 A toxicidade desta linhagem foi avaliada para Helicoverpa armigera (LC5 ,294 µgcm-2) e Chrysodeixis includens (LC5 ,277 µgcm-2), importantes pragas agrícolas Os estudos desenvolvidos nesta tese contribuem para melhor compreensão destas proteínas e contribuirão para a contínua utilização destas proteínas nas tecnologias Bt visando um controle mais efetivo de insetos-pragasItem Caracterizacão molecular e morfo-cultural de Colletotrichum scovillei e estudos de herança da resistência em Capsicum sppGiacomin, Renata Mussoi; Ruas, Claudete de Fátima [Orientador]; Gonçalves, Leandro Simões Azeredo; Resende, Juliano Tadeu Vilela de; Sumida, Ciro Hideki; Nunes, Maria Paula Barion Alves; Leite Junior, Rui Pereira; Ruas, Paulo Maurício; Gonçalves, Leandro Simões Azeredo [Coorientador]Resumo: A antracnose é considerada uma das principais doenças fúngicas nas culturas do pimentão e da pimenta Causada por espécies do gênero Colletotrichum, esta doença pode provocar lesões em todas as partes das plantas, causando danos principalmente nos frutos em pré e pós colheita Existem diferentes metodologias a posteriori para o controle e manejo da antracnose, porém a estratégia mais eficiente é o uso de cultivares resistentes, uma vez que além de minimizar as perdas, contribui também para a redução no uso de fungicidas químicos Entretanto, a utilização de cultivares resistentes enfrenta grandes desafios em virtude da variabilidade do patógeno associado a diferentes respostas de resistência em relação a maturação dos frutos de Capsicum Um dos primeiros passos para manejo da doença é a identificação e caracterização do patógeno, para a partir dessas informações definir estratégias efetivas de controle, buscar fontes de resistência e desenvolver genótipos com características desejadas Os objetivos desse trabalho envolveram: i) identificar e caracterizar 11 isolados de Colletotrichum spp coletados no estado do Rio de Janeiro; ii) avaliar a resposta de resistência à antracnose, em frutos imaturos e maduros de Capsicum baccatum e identificar fontes de resistência para o uso em programas de melhoramento e iii) analisar a herança de resistência a antracnose em frutos imaturos e maduros de Capsicum annuum A caracterização dos isolados foi realizada por meio de caracteres morfológicos, moleculares e características de colonização Para a identificação dos isolados foi realizado o sequenciamento de cinco regiões gênicas: ITS, gliceraldeído-3-fosfatodesidrogenase (GAPDH), actina (ACT), ß-tubulina (TUB2) e calmodulina (CAL) A resposta da resistência em C baccatum foi visualizada em frutos imaturos e maduros de 51 acessos que foram avaliados quanto a severidade dos sintomas da antracnose aos 35 e 5 dias após a antese, respectivamente Para analisar a herança genética da resistência, frutos nos dois estádios de desenvolvimento de seis gerações de C annuum foram inoculados com Colletotrichum scovillei Os sintomas foram avaliados durante oito dias por uma escala de notas, que foram submetidas a testes estatísticos para identificar os parâmetros genéticos, o padrão de segregação e o efeito dos genes envolvidos Os resultados da caracterização e sequenciamento multilocus permitiram identificar os isolados como pertencentes a espécie Colletotrichum scovillei Os acessos de C baccatum apresentaram uma ampla variabilidade na resposta à infecção e comportamento diferenciado destes frente aos estádios de maturação dos frutos Frutos maduros apresentaram maior resistência à antracnose em relação aos frutos imaturos Dos 51 acessos testados, quatro deles apresentaram-se resistentes nos dois estádios de maturação dos frutos A análise da herança da resistência nas gerações de C annuum mostrou expressão independente em frutos imaturos e maduros Entretanto, em ambos os casos a resistência é controlada por dois genes principais, sendo esses associados a efeitos de poligenes de efeito menor Estes resultados fortalecem estudos futuros e fornecem apoio ao desenvolvimento de tecnologias e estratégias que tragam benefícios a produção de pimentas e pimentões principalmente em relação ao controle da antracnose e utilização de fontes de resistência em programas de melhoramentoItem Transcriptoma in planta de Phakopsora pachyrhizi e caracterização funcional de genes envolvidos em mecanismos basais de sobrevivência e patogenicidadeRincão, Michelle Pires; Abdelnoor, Ricardo Vilela; Carvalho, Mayra da Cruz Costa Gallo de; Andrade, Eduardo Chumbinho de; Godoy, Cláudia Vieira; Vilas-Bôas, Laurival Antônio; Marcelino-Guimarães, Francismar Corrêa [Coorientadora]Resumo: O Brasil é o segundo maior produtor mundial de soja (Glycine max (L) Merrill), produto responsável por metade da produção agrícola nacional Entretanto, a produção dessa importante oleaginosa é afetada, dentre outros fatores, pela ação do fungo Phakopsora pachyrhizi (Sydow & P Sydow), causador da doença conhecida como ferrugem-asiática da soja (FAS) Por ser um fungo biotrófico obrigatório, o estudo de P pachyrhizi é limitado ao seu contato com o hospedeiro durante o processo de infecção Neste sentido, este trabalho utilizou a técnica de microdissecção a laser da lesão foliar, associada ao sequenciamento de alto desempenho, para a obtenção de sequências de transcritos do patógeno durante a interação com genótipos resistente e suscetível de soja (PI561356 e BRS 231, respectivamente) Os resultados obtidos através do sequenciamento do transcriptoma do fungo compreendem a identificação de 3635 unisequências de P pachyrhizi, que forneceram uma visão geral dos mecanismos moleculares e rotas biológicas ativas no patógeno aos dez dias após a infecção em soja, como metabolismo energético e de ácidos nucleicos, síntese proteica, além de processos de transcrição, biossíntese e transporte Transcritos relacionados a processos de exocitose, sinalização de vias metabólicas, dentre outros, se apresentaram enriquecidos entre os genótipos resistente e suscetível utilizados neste trabalho em relação ao transcriptoma obtido de P pachyrhizi Adicionalmente, transcritos relacionados a processos de metilação, transporte de sulfato, e resposta a espécies reativas de oxigênio, entre outros, também foram enriquecidos entre diferentes estruturas e fases de infecção do fungo como esporos germinados, apressório, haustório e lesão foliar Análises OrthoMCL comparando as unisequências geradas a partir do genoma de outras 15 espécies de fungos e oomicetos, incluindo outras espécies de ferrugens, identificaram famílias multigênicas conservadas entre as espécies analisadas, bem como famílias comuns a fungos causadores de ferrugens, e famílias encontradas exclusivamente em P pachyrhizi, com destaque para famílias relacionadas a sinalização de vias metabólicas e transportadores de membrana A predição de elementos de transposição ativos entre os 3635 transcritos, identificou diferentes famílias de retrotransposons e de transposons de DNA, e análises de RT-qPCR confirmaram os níveis de expressão de genes específicos observados no sequenciamento de alto desempenho Adicionalmente, sete genes potencialmente envolvidos em processos de sobrevivência e patogenicidade de P pachyrhizi, selecionados a partir do transcriptoma do fungo e de análises in silico, foram caracterizados funcionalmente via silenciamento gênico por RNA interferente Mediante a utilização da tecnologia de silenciamento gênico induzido pelo hospedeiro (Host-Induced Gene Silencing - HIGS), construções utilizando plasmídeos baseados no genoma do vírus do mosqueado do feijoeiro (Bean pod mottle vírus - BPMV) foram obtidas para os sete genes do fungo previamente selecionados As construções HIGS-BPMV foram inseridas em plantas suscetíveis de soja, e posteriormente inoculadas com P pachyrhizi Os resultados obtidos revelaram redução significativa nos níveis de transcritos e na patogenicidade do fungo para três dos sete genes silenciados Os resultados obtidos neste trabalho contribuem com o aumento do conhecimento sobre o transcriptoma do fungo P pachyrhizi, demostram a existência de uma maquinaria de silenciamento ativa nesse patógeno, e, consequentemente, que o silenciamento gênico baseado na técnica de HIGS-BPMV constitui uma ferramenta viável na caracterização funcional de genes do fungo, sendo identificados pelo menos três genes que ocasionaram reduções significativas na patogenicidade quando silenciadosItem Caracterização citogenômica de espécies de Ctenidae (Araneae) : a importância do DNA repetitivo na diversificação cariotípica da famíliaRincão, Matheus Pires; Dias, Ana Lúcia [Orientador]; Caetano, Lucia Giuliano; Portela-Castro, Ana Luiza de Brito; Araujo, Douglas de; Schneider, Marielle CristinaResumo: Aranhas são um dos mais diversos grupos de animais do planeta, presentes em praticamente todos os continentes, exceto na Antártida Contudo, citogeneticamente ainda existe uma grande lacuna dentro de Araneae, pois menos de 2% de todas as aranhas foram estudadas do ponto de vista cromossômico, somando um total de 867 espécies, em 74 das 12 famílias da Ordem Uma dessas famílias é Ctenidae, composta por algumas das maiores aranhas do mundo, com 519 espécies e 48 gêneros presentes em todas as florestas tropicais Apesar de serem amplamente conhecidas, com espécies de interesse médico, dentro de Ctenidae apenas 11 espécies tiveram seus cariótipos publicados Reconhecendo a necessidade de se ampliar os estudos citogenéticos nessa família, não apenas em número de espécies, mas também em número de marcadores cromossômicos, o presente estudo teve como objetivo analisar citogeneticamente 1 espécies distribuídas em quatro gêneros diferentes dentro de Ctenidae, sendo eles Ancylometes, Ctenus, Guasuctenus e Isoctenus Para isso foram utilizadas coloração com Giemsa, CMA3 e DAPI, bandeamento C, e a FISH com sondas de DNAr 18S e histona H3 Todas as espécies analisadas apresentaram 2n?=28 (26+X1X2), com exceção de Ancylometes concolor, com 2n?=26 (24+X1X2), o primeiro relato desse número diploide na família A morfologia cromossômica também se mostrou conservada, predominantemente composta por cromossomos acrocêntricos/telocêntricos, entretanto, três espécies, Isoctenus janeirus, I ordinario e I strandi, apresentaram cromossomos subtelocêntricos, o que sugere a ocorrência de inversões pericêntricas durante a evolução desses cariótipos, uma vez que apenas a morfologia dos cromossomos se alteram, e não o número diploide da espécie Em relação ao DNAr 18S, sete das nove espécies hibridizadas apresentaram apenas um par autossômico como portador dessa sequência, somente G longipes e I ordinario apresentaram dois pares portadores o que sugere, devido a posição basal dessas duas espécies na filogenia do clado que abriga Isoctenus, que este seja um padrão ancestral para o gênero Além disso, o presente estudo trouxe os primeiros dados de FISH com sondas de histona H3 em aranhas, hibridazadas em 9 das 1 espécies aqui analisadas, evidenciando esta sequência como um potencial marcador cromossômico para este grupo de animaisItem Caracterização citogenética e genômica do gênero Brachiaria utilizando DNAs repetitivosSantos, Fabíola Carvalho; Vanzela, André Luis Laforga [Orientador]Resumo: O gênero Brachiaria pertence à tribo Paniceae e compreende cerca de 1 espécies A maioria das espécies é poliploide, sendo preferencialmente tetraploides (2n = 4x = 36) e apomíticas facultativas, tais como B decumbens e B brizantha Apesar de existirem ecótipos apomíticos de outras espécies, Brachiaria ruziziensis é a única de reprodução sexual e diploide (2n = 2x = 18), utilizada em cruzamentos para seleção de novas cultivares A localização de marcas cromossômicas com DNAs repetitivos e não repetitivos constitui uma importante ferramenta para o esclarecimento da organização dos genomas As técnicas citomoleculares permitem localizar desde regiões de DNA repetitivo até sequências específicas de DNA nos cromossomos e núcleos O principal foco genético dos estudos em Brachiaria é elucidar o tipo de ploidia e a origem dos poliploides no gênero Para isso, é necessário buscar genomas e complementos monoploides que ofereçam informações acerca das combinações que deram origem a esses poliploides O objetivo foi contrastar informações obtidas dos cariótipos convencionais, conteúdo C de DNA e a ocorrência de sequências de LTR-RTs gypsy em Brachiaria Nosso maior avanço obtido neste trabalho envolveu o reconhecimento de elementos de transposição a partir de uma coleção de sequências de ESTs de B decumbens As sondas produzidas servirão como base para comparações com mapas moleculares e melhorar a definição dos mecanismos de diferenciação dos genomas e cariótipos no gêneroItem Mapeamento físico de genes ribossomais e pequenos DNAs nucleares em Bryconamericus (Characidae)Santos, Angélica Rossotti dos; Dias, Ana Lúcia [Orientador]; Portela-Castro, Ana Luiza de Brito; Lui, Roberto Laridondo; Swarça, Ana Cláudia; Almeida, Fernanda Simões deResumo: Characidae compreende cerca de 11 espécies válidas de peixes extremamente diversificados e distribuídos por toda região neotropical O gênero Bryconamericus é conhecido por não apresentar relações filogenéticas bem definidas e, atualmente, esse gênero está inserido na subfamília Stevardiinae Sondas de DNAs repetitivos vem sendo cada vez mais aplicadas no estudo de peixes com a finalidade de auxiliar na compreensão de problemas taxonômicos, bem como na diferenciação de populações Apesar de poucas espécies de Bryconamericus terem sido analisadas citogeneticamente, o número diploide parece estar bem estabelecido nesse grupo de peixes, entretanto a presença de variações na macro e micro-estrutura cariotípica tem sido comum em várias populações A maioria dos estudos relacionados ao mapeamento de sítios de DNAs repetitivos no genêro, se restringe ao mapeamento de DNAr 18S e, até o momento, apenas três espécies apresentam resultados para o DNAr 5S É característico a presença de AgRONs múltiplas nesse gênero, sendo estas regiões confirmadas com o mapeamento dos sítios de DNAr 18S todavia, já foram relatadas espécies com presença de cístrons ribossômicos 18S em apenas 1 par cromossômico Dessa forma, no presente trabalho, foi realizada a caracterização citogenética e mapeamento de sítios de DNAs repetitivos em Bryconamericus ecai do rio Forquetinha-RS, Bryconamericus sp ribeirão vermelho, Bryconamericus sp rio Cambuta e Bryconamericus aff iheringii do ribeirão Três Bocas, visando melhor entendimento da estrutura e evolução cariotípica desse grupo de peixes Em todas as populações foi observado o número diploide igual a 52, com variação nas suas fórmulas cariotípicas Bryconamericus ecai apresentou três novos citótipos: citótipo V com fórmula cariotípica (FC) =8m+16sm+14st+14a e número fundamental (NF) igual a 9; citótipo VI com FC=1m+16sm+8st+18a e NF= 86 e citótipo VII com FC=8m+18sm+1st+16a e NF=88, sendo então caracterizados sete citótipos nesse população Nestes três citótipos foram observadas AgRONs múltiplas, confirmadas pela hibridação fluorescente in situ, com sonda de DNAr 18S, assim como sítios múltiplos de DNAr 5S no entanto, apenas um par de cromossomos portador do de DNAsn U2 (pequenos DNA nucleares) foi observado Os exemplares de Bryconamericus sp, ribeirão Vermelho, não apresentaram variação intrapopulacional mantendo a FC=16m+14sm+1st+12a e NF igual a 92 para todos os indivíduos No entanto, diferenças entre os indivíduos foram observadas quando aplicadas as técnicas de impregnação de nitrato de prata e a hibridação in situ com sondas de DNAr 18S e 5S e de DNAsn U2, separando essa população em dois grupos Bryconamericus sp rio Cambuta apresentou FC=2m+12sm+2st+2a e NF=88, com sítios múltiplos de DNAr 18S e apenas um par portador dos cístrons de DNAr 5S e DNAsn U2 Estes são os primeiros dados utilizando esta sonda de DNAsn U2 em Characidae Com a utilização da ferramenta de identificação molecular CO1, pela construção da árvore filogenética, foi possível observar diferença genética significativa entre essas populações de Bryconamericus, formando dois diferentes grupos: um formado pelas duas populações de Bryconamericus sp, subdivididos em espécimes ribeirão Vermelho e rio Cambuta e um segundo grupo, mais distante, formado pelos indivíduos de B ecai No entanto, não foi possível separar os dois grupos do ribeirão Vermelho, onde foi observada variação intrapopulacional nas análises citogenéticas Em Bryconamericus aff iheringii do ribeirão Três Bocas foi realizado o mapeamento dos sítios de DNAr 5S, dando continuidade aos dados anteriormente obtidos para essa população apresentou cinco citótipos: citótipo II FC= 18m+14sm+1st+1a e NF = 94; citótipo III FC=2m+18sm+4st+1a e NF = 94; citótipo IV com 2m+14sm+12st+6a e NF = 98; citótipo V com 22m+18sm+8st+4a e NF = 1 e citótipo VI com FC= 18m+24sm+6st+4a e NF = 1 Foram observados sítios múltiplos de DNA ribossômico 5S para os cinco citótipos analisados, sendo que em todos foram observadas marcações terminais, além de um par com marcação intersticial nos citótipos II, IV e V Todos os resultados confirmaram a grande diversidade cariotípica estrututral em Bryconamericus evidenciando ainda um polimorfismo de sítios de DNAs ribossômicos Dessa forma pode-se inferir que, está ocorrendo um processo evolutivo divergente ou mesmo que essa variabilidade seja devido à natureza polimórfica desse grupo de peixesItem "Identificação e análise da expressão de genes de soja responsivos ao déficit hídrico e ao ciclo circadiano"Gomes, Juliana Marcolino; Nepomuceno, Alexandre Lima; Abdelnoor, Ricardo Vilela; Domingues, Douglas Silva; Vieira, Luiz Gonzaga Esteves; Molinari, Hugo Bruno Correa; Harmon, Frank G. [Coorientador]Resumo: Em todo o mundo, o déficit hídrico é o fator abiótico com mais impacto na produção de grandes culturas, como a soja O ciclo circadiano desempenha um papel crítico na resposta e adaptação das plantas às diferentes condições ambientais Recentemente, as oscilações circadianas foram associadas às respostas ao déficit hídrico, em nível transcricional Todavia, pouco se sabe sobre a relação entre o ciclo circadiano e as respostas das plantas ao déficit hídrico, principalmente em culturas como a soja Neste estudo, examinamos como o déficit hídrico interfere na oscilação diurna dos principais genes do ciclo circadiano e de resposta ao déficit hídrico em soja Nossos resultados mostraram que o déficit hídrico causa mudanças marcantes na expressão gênica de componentes do ciclo circadiano, como LCL1-, GmELF4- e PRR-like, reduzindo sua expressão As mesmas condições resultaram no avanço de fase na expressão dos genes GmTOC1-like, GmLUX-like e GmPRR7-like O déficit hídrico também resultou em alterações significativas no padrão rítmico de expressão dos genes seca-responsivos tais como DREB-, bZIP-, GOLS-, RAB18- e Remorin-like A fim de selecionar genes referência para a normalização da expressão gênica relativa em estudos sobre o déficit hídrico e as oscilações diurnas, nós validamos experimentalmente um conjunto inédito de genes referência de soja Os genes Fyve, NUDIX e Golgin-84 apresentaram expressão mais estável do que os genes normalizadores, convencionalmente utilizados, ELF1-ß e ß-actina, e foram considerados adequados para a normalização de dados de expressão em estudos sobre as respostas das plantas ao déficit hídrico em diferentes períodos do dia Nossos resultados indicaram a existência de conexão entre as respostas ao déficit hídrico e o ciclo circadiano de soja, uma vez que (i) o estresse afetou a expressão de componentes do ciclo circadiano e que (ii) genes responsivos ao estresse apresentaram oscilação diurna Esses resultados certamente irão incentivar estudos futuros sobre as implicações dessa conexão nas respostas das plantas a estas condiçõesItem Estudos em transplantados renais : avaliação da instabilidade genômica, expressão gênica e análise de variantes polimórficas associadas ao risco de rejeição do enxerto e ao desenvolvimento de câncerCilião, Heloísa Lizotti; Cólus, Ilce Mara de Syllos [Orientador]; Tavares, Denise Crispim; Oliveira, Jaqueline Carvalho de; Sartori, Daniele; Serpeloni, Juliana MaraResumo: O transplante renal é a melhor opção terapêutica para pacientes com doença renal crônica Após a realização do transplante, é necessário o uso constante de drogas imunossupressoras para evitar a rejeição do enxerto Porém, o uso prolongado destes medicamentos acarreta alguns efeitos adversos Entre os pacientes transplantados é observada uma grande variabilidade da concentração plasmática dos imunossupressores, o que se deve à influência de diversos fatores, entre eles, a presença de variantes alélicas que pode levar a respostas distintas ao tratamento Os objetivos do presente estudo foram estudar pacientes transplantados renais para: (i) avaliar se o uso prolongado de imunossupressores pode induzir efeitos mutagênicos; (ii) associar a presença de polimorfismos de nucleotídeo único (SNPs) em genes do metabolismo, transporte de drogas e sistema imunológico com a ocorrência de episódios de rejeição; (iii) associar SNPs com a concentração plasmática de tacrolimo; (iv) avaliar se a presença de SNPs em genes de reparo e sistema imunológico está associada com a ocorrência de câncer Os resultados obtidos não demonstraram associação entre a frequência de micronúcleos em linfócitos com o tempo decorrido após o transplante Por outro lado, os danos observados no ensaio do cometa aumentaram com o tempo de imunossupressão Na análise de associação dos SNPs com episódios de rejeição em 246 pacientes foi observada associação de SNPs em genes do metabolismo rs766229 (UGT2B7) com proteção (1,85 vezes) e rs6714486 (UGT1A9) com aumento de risco de rejeição de 1,6 vezes Entre os genes de transportadores de drogas, apenas o rs2231142 (ABCG2) demonstrou diminuição em 1,92 vezes no risco de rejeição O rs1889677 do gene do sistema imune IL-23R foi associado com o aumento de 1,9 vezes no risco de rejeição do enxerto Entre os pacientes, 145 faziam uso do imunossupressor micofenolato de mofetil (MMF) Foram avaliados neste grupo SNPs em genes que influenciam a farmacocinética deste medicamento e observou-se associação do rs117652 (IMPDH2) com proteção de 4,2 vezes, e do rs7438135 (UGT2B7) com proteção de 2,4 vezes contra episódios de rejeição O rs224149 (CES2) foi associado com o aumento de risco à rejeição de 7,2 vezes Dos 246 pacientes avaliados 1,2 % desenvolveram câncer após 15±8,9 anos de transplante, sendo que destes, 68% eram constituídos por carcinoma de pele não melanoma O rs18872 (IL-1) foi associado com o risco de 3,5 vezes de desenvolver câncer Foi avaliada a associação de 11 SNPs em genes do metabolismo e transporte de drogas com a concentração plasmática de tacrolimo em 55 pacientes transplantados renais que faziam uso, nos três primeiros meses de transplante, deste medicamento associado com MMF e corticóide, sendo observado que apenas os SNPs rs4646437 (CYP3A4) e rs776746 (CYP3A5) influenciaram a farmacocinética deste imunossupressor Este estudo demonstrou que os pacientes tranplantados renais apresentam maior quantidade de dano no material genético em comparação com controles saudáveis e que o uso prolongado dos medicamentos imunossupressores pode induzir instabilidade genética Os SNPs nos genes UGT2B7, UGT1A9, ABCG2, IL-23R, IMPDH2 e CES2 podem ser usados como marcadores candidatos para a triagem do risco de rejeição e o SNP no gene IL-1 pode ser utilizado para a triagem do risco de desenvolvimento de câncer em pacientes transplantados renais Também foi confirmado o impacto dos SNPs rs4646437 (CYP3A4), rs776746 (CYP3A5) na farmacocinética do imunossupressor tacrolimo
- «
- 1 (current)
- 2
- 3
- »