01 - Doutorado - Fisiopatologia Clínica e Laboratorial

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Navegando 01 - Doutorado - Fisiopatologia Clínica e Laboratorial por Assunto "Antimicrobial resistance"

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    Caracterização molecular de Escherichia coli de origem humana e alimentar, exposição a bacteriófagos do clone ST131 e sua resposta evolutiva
    (2025-07-29) Soncini, João Gabriel Material; Vespero, Eliana Carolina; Nakazato, Gerson; Perugini, Marcia Regina Eches; Kobayashi, Renata Katsuko Takayama; Tano, Zuleica Naomi
    Escherichia coli é um importante microrganismo, com alta capacidade de adquirir genes associados a fatores de virulência e de resistência a antimicrobianos, o que representa um risco alarmante à saúde pública. Nesse contexto, este estudo teve como objetivos: (i) caracterizar genotipicamente 135 isolados de E. coli isoladas de culturas de urina de pacientes da comunidade (n = 59) e de carnes de frango (n = 52) e suína (n = 24) para consumo; e (ii) avaliar a resposta evolutiva do clone ST131 à exposição ao seu bacteriófago lítico. As amostras foram coletadas, entre 2016 e 2019, de pacientes atendidos em Unidades Básicas de Saúde e Pronto Atendimentos, no município de Londrina. A identificação e o teste de sensibilidade foram realizados pelo sistema automatizado VITEK® 2. Os isolados selecionados tiveram seus genomas sequenciados pela plataforma NextSeq (Illumina) e submetidos a análises bioinformáticas para tipagem, identificação de resistoma e viruloma. Posteriormente, foi conduzido um experimento de coevolução entre o isolado E. coli ST131 e seu bacteriófago por 30 dias, com transferências seriadas em meio nutritivo, monitorando-se a contagem bacteriana, a atividade fágica e a resistência bacteriana. A contagem bacteriana e a suscetibilidade a fagos foram avaliadas por spot tests em ágar, enquanto a suscetibilidade a drogas antimicrobianas foi realizada por testes padrão de diluição em ágar. No estudo de vigilância, os principais sequence types encontrados foram ST131 (n = 14), ST38 (n = 10), ST648 (n = 9) e ST354 (n = 7). O ST131 (filogrupo B2) predominou em isolados humanos, enquanto o ST38 (filogrupo D) predominou em amostras de carne. A mutação do gene gyrA (n = 106) foi o mais frequente entre as amostras, enquanto a ESBL mais prevalente foi blaCTX-M-55 (n = 38). Genes de virulência, como gad (n = 107) e iss (n = 101) foram mais comuns entre os isolados. Durante o experimento de coevolução, um total de 40 isolados de E. coli e seus respectivos 40 fagos coevoluídos foram analisados. Entre os principais achados, observou-se o aumento progressivo da resistência ao fago, entretanto, os isolados mantiveram ou aumentaram a suscetibilidade às drogas antimicrobianas. Em 72,7% dos isolados, o perfil de suscetibilidade aos antimicrobianos foi mantido, e em 17,6% houve diminuição, sugerindo um custo adaptativo da resistência fágica. Esses achados ressaltam a complexa epidemiologia de E. coli resistente em ambientes comunitários e alimentares, além de destacar a importância de compreender a interação bactéria-fago. Estudos futuros são necessários para elucidar esses mecanismos e avançar na aplicação clínica da fagoterapia
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    Staphylococcus Aureus em crianças: uma análise integrada de epidemiologia e clínica no decorrer de uma década
    (2025-05-06) Casonatto, Alexandre; Perugini, Marcia Regina Eches; Vespero, Eliana Carolina; Lopes, Gilselena Kerbauy; Capobiango, Jaqueline Dario; Tano, Zuleica Naomi
    As infecções de corrente sanguínea por Staphylococcus aureus em crianças possuem significativa importância epidemiológica, clínica e genômica, devido ao aumento da disseminação, à dificuldade no tratamento e à elevada morbimortalidade, além da presença de numerosos genes relacionados à resistência e à virulência. O objetivo deste estudo foi analisar a epidemiologia, o perfil de resistência e o sequenciamento genômico de cepas de Staphylococcus aureus isoladas do sangue de crianças internadas entre 2010 e 2022, bem como estabelecer sua correlação com os aspectos clínicos do paciente. A identificação dos isolados, bem como a determinação do perfil de sensibilidade aos antimicrobianos, foi realizada por metodologia manual, de acordo com o CLSI, 2021, e automatizada utilizando os sistemas Vitek® 2 (bioMeriéux-USA), e o sequenciamento genômico foi realizado na plataforma Illumina NextSeq, com leituras de 150 bp. Dos 192 isolados, 73,7% das crianças apresentaram MSSA e 26,3% MRSA. Entre os adolescentes, 66,7% apresentaram MSSA, enquanto 33,3% apresentaram MRSA. A faixa etária mais prevalente entre infecções por MRSA foi abaixo de um ano de idade (mediana: 0; IIQ: 0-6; mín.-máx.: 0-18). As taxas de infecções por MRSA foram mais frequentes no sexo feminino (35,4%) em relação ao sexo masculino (17,7%). Não houve associação entre infecção por MRSA e tempo de internação, mas os óbitos foram mais frequentes que altas hospitalares. Ao longo de 12 anos, os isolados de S. aureus mostraram 100% de sensibilidade à linezolida e tigeciclina, mas alta resistência à penicilina (>90%). A sensibilidade à oxacilina variou entre 59,6% e 81,0% nos grupos analisados, e houve aumento significativo da resistência à eritromicina entre os anos de 2020 e 2022. Uma cepa de S. aureus ST8/USA300 isolada da corrente sanguínea de uma criança foi selecionada para o sequenciamento genômico e caracterizada como MRSA. A análise revelou a presença de genes associados à resistência, como femC, FmtA, norB/C, ErmB, BceA, BceB, SceD-like e TcaA, além de genes de virulência, como lukS-PV e icaA. Este estudo destaca dados que podem contribuir para maior precisão nas condutas terapêuticas
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    Staphylococcus aureus Oxacilina-sensível mecA-positivo (OS-MRSA): revisão e análise genômica
    (2024-08-20) Danelli, Tiago; Perugini, Marcia Regina Eches; Rechenchoski, Daniele Zendrini; Vespero, Eliana Carolina; Lopes, Gilselena Kerbauy; Tano, Zuleica Naomi
    Staphylococcus aureus é um microrganismo que apresenta grande variabilidade genética e tem ocorrência mundial. Tem em um grande potencial patogênico, pois possui um extenso arsenal de fatores de virulência, que promovem diferentes efeitos biológicos no hospedeiro. Dentre estes, podemos destacar a leucocidina de Panton-Valentine, a toxina da síndrome do choque tóxico 1 e a capacidade de formar biofilme. S. aureus pode invadir e infectar diversos órgãos e tecidos e também replicar-se e disseminar-se para muitos locais diferentes, causando infecções graves, podendo levar à sepse. Pode apresentar resistência a vários antibióticos, dentre estas, a principal é a resistência a meticilina, mediada pelo gene mecA. Entretanto, outra população de MRSA tem despertado atenção, uma vez que os isolados se apresentam como sensíveis à meticilina em testes fenotípicos, mas possuem o gene mecA. Estudos genéticos demonstraram a presença de genes que não estavam relacionados com mecA, mas que ainda assim influenciavam no nível de resistência a meticilina, os genes femXAB. Foi realizada a extração do DNA bacteriano e realizado o sequenciamento do genoma da cepa S. aureus 549 isolada de infecção de corrente sanguínea de paciente com choque séptico. Posteriormente, foi realizada a montagem e análise do genoma para a identificação do cassete cromossômico estafilocócico mec (SCCmec), spa type, presença de plasmídeos, presença de genes de resistência antimicrobiana e de virulência e busca por mutações nos genes femXAB. Foi possível evidenciar que S. aureus 549 pertencia ao ST1 e spa type t922, que possuía o SCCmec tipo IVa e também possuía genes de virulência para a leucocidina de Panton-Valentine e para formação de biofilme. Embora tenha se mostrado sensível à meticilina, portava o gene mecA, sendo resistente aos ß-lactâmicos e classificada como S. aureus oxacilina-sensível mecA-positivo (OS-MRSA). Também foram identificadas mutações em femX (I51V) e femA (Q36E e Y195F), genes relacionados com a formação do peptidoglicano. Mutações em femX sugerem fortemente que a cepa 549 OS-MRSA também poderia ter a expressão de femX diminuída. Mutações em femA podem estar associadas a OS-MRSA ou à restauração da sensibilidade a oxacilina em MRSA. Pesquisas focadas em fatores adjacentes a mecA podem revelar possíveis alvos farmacológicos, como as proteínas resultantes dos genes fem