01 - Doutorado - Microbiologia
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Navegando 01 - Doutorado - Microbiologia por Autor "Andrade, Diva de Souza"
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Item Caracterização polifásica de rizóbios microssimbiontes do feijoeiro (Phaseolus vulgaris L.) no Mato Grosso do SulCosta, Maira Rejane; Hungria, Mariangela [Orientador]; Andrade, Diva de Souza; Ribeiro, Renan Augusto; Delamuta, Jakeline Renata Marçon; Fagotti, Dáfila dos Santos Lima; Mercante, Fábio Martins [Coorientador]Resumo: O feijoeiro comum (Phaseolus vulgaris) é uma leguminosa importante do ponto de vista social e econômico No entanto, um dos fatores que limita a produção reside no cultivo em solos deficientes em nitrogênio Neste contexto, uma estratégia importante consiste no suprimento de nitrogênio via fixação biológica de nitrogênio (FBN), pela simbiose da planta com variedade de rizóbios Nos solos brasileiros existe grande diversidade de rizóbios capazes de nodular o feijoeiro, mas que apresentam, com frequência, baixa capacidade de fixar nitrogênio Nesse contexto, estudos de taxonomia e filogenia de bactérias fixadoras de nitrogênio são de fundamental importância, não só para entender os processos evolutivos e obter avanços no conhecimento sobre ecologia de rizóbios, como também para a produção de inoculantes microbianos Através das análises de perfil de DNA por BOX-PCR, sequências de 16S rRNA e análise de genes conservados (housekeeping) por MLSA (Multilocus Sequencing Analysis), além das características fenotípicas, o objetivo deste trabalho foi avaliar a diversidade de 73 bactérias capazes de nodular o feijoeiro, isoladas de 45 locais em 22 municípios do Mato Grosso do Sul, Brasil As relações evolutivas estabelecidas, tanto com base no sequenciamento do gene 16S, como na análise individual e concatenada de três genes conservados (glnII, gyrB and recA) indicaram elevada diversidade de rizóbios microssimbiontes do feijoeiro Os resultados obtidos também revelaram isolados que podem representar novas espécies de rizóbios simbiontes de feijoeiroItem Genômica e diversidade de Rhizobium Tropici, uma espécie tropical microssimbionte do feijoeiro Phaseolus Vulgaris LPinto, Fabiana Gisele da Silva; Hungria, Mariangela [Orientador]; Barcellos, Fernando Gomes; Furlaneto, Márcia Cristina; Andrade, Diva de Souza; Nicolás, Marisa FabianaResumo: O Brasil é o maior produtor e consumidor mundial de feijão (Phaseolus vulgaris L) O rendimento médio nacional é bastante baixo, devido, principalmente, ao baixo nível de tecnologia empregado na cultura, ao cultivo em solos de baixa fertilidade, especialmente pobres em N Conseqüentemente, o suprimento adequado de N pela simbiose com bactérias diazotróficas, representa uma alternativa para aumentar os rendimentos nacionais a um baixo custo, contudo, problemas relacionados à nodulação e fixação do N2 com as estirpes nativas dos solos são relatados com freqüência Neste trabalho foram conduzidos dois estudos, sendo que no primeiro foi realizada à caracterização de diversidade genética, pela avaliação de genes simbióticos e não simbióticos, de estirpes de Rhizobium tropici, com alta capacidade de fixação do N2 em condições tropicais e isoladas de quatro regiões brasileiras A técnica de PCR-RFLP dos genes ribossomais 16S e 23S e a análise do seqüenciamento do gene 16S rRNA permitiram a identificação de dois grupos, um relacionado às estirpes de R tropici tipo A e outro às de R tropici tipo B A diversidade dos genes ribossomais foi elevada, indicando que as estirpes do tipo A podem representar uma nova espécie Além disso, foi constatada diversidade genética intraespecífica elevada, pela análise por rep-PCR com os -primers" BOX, ERIC e REP Contudo, na análise de PCR-RFLP dos genes simbióticos, nifH e nodC, todas as estirpes de R tropici apresentaram uma única combinação de perfis, o que pode refletir uma estratégia evolucionária dessas estirpes para a maximização da fixação de N2 No segundo estudo foi realizado o seqüenciamento e a bioprospecção parcial de genes da estirpe PRF 81 (=SEMIA 48) de R tropici, altamente eficiente no processo de fixação do N2 e recomendada para o uso de inoculantes comerciais no Brasil O genoma dessa estirpe foi estimado em 7,85 Mb, pela técnica de eletroforese em campo pulsado (PFGE) Foram obtidas 2192 CDSs, sendo classificadas como válidas (1255), hipotéticas conservadas (668) ou hipotéticas (269) A estratégia de panorama genômico, para a obtenção de genoma parcial, mostrou-se viável e eficiente, uma vez que foram identificados genes putativos na maioria das classes funcionais dos bancos de dados KEGG e COG Foram identificados genes do metabolismo de aminoácidos, carboidratos e lipídeos, bem como relacionados à biodegradação, quimiotaxia e, provavelmente, a mecanismos de infecção, com ênfase em genes relacionados aos sistemas de secreção dos tipos II e III Além disso, foram identificados genes relacionados à capacidade competitiva, saprofítica e ao processo de fixação biológica do N2 A estratégia de panorama genômico utilizada na estirpe PRF 81 indicou um mosaico de similaridade com diversos outros rizóbios Além disso, foram identificados alguns genes promissores para manipulações futuras visando obter incrementos no processo de fixação biológica do N2, não só com o feijoeiro, como em outras leguminosasItem Taxonomia e filogenia molecular de rizóbios microssimbiontes de feijoeiro (Phaseolus vulgaris L.)Ribeiro, Renan Augusto; Cunha, Mariangela Hungria da [Orientador]; Pavanelli, Pâmela Menna Pereira; Nogueira, Marco Antônio; Andrade, Diva de Souza; Barcellos, Fernando GomesResumo: O feijão comum (Phaseolus vulgaris L) é uma leguminosa que foi originalmente domesticada nas Américas Central e do Sul Os rizóbios são bactérias que vivem em simbiose com algumas leguminosas, resultando em um complexo processo denominado fixação biológica de nitrogênio Apesar da alta diversidade procariótica presente no solo, o grande desafio consiste em identificar e classificar um número cada vez maior de microrganismos, de modo que se consiga extrair ao máximo o potencial tecnológico dessas bactérias em favor de um incremento no rendimento das culturas e na sustentabilidade da agricultura Os estudos taxonômicos possuem um papel fundamental para a classificação dessa biodiversidade Atualmente, a filogenia dos procariotos é baseada principalmente no gene 16S RNAr, embora alguns estudos tenham demonstrado que os genes ribossomais podem, ocasionalmente, sofrer transferência horizontal e recombinação genética, fazendo com que os resultados nem sempre possam refletir a verdadeira filogenia procariótica Além disso, o gene 16S RNAr apresenta um nível elevado de conservação, dificultando a identificação e classificação taxonômica para grupos de microrganismos intimamente relacionados Com isso, a técnica de MLSA (Multilocus Sequencing Analysis), que consiste na análise concatenada de pelo menos cinco genes conservados e que estejam presentes em todos os organismos em análise, vem sendo empregada para conferir maior confiabilidade a estudos taxonômicos e de filogenia No primeiro trabalho desta tese foi realizado um estudo polifásico, incluindo caracterização morfo-fisiológica, genética por rep-PCR e MLSA e hibridização DNA-DNA, com o objetivo de reclassificar as estirpes hoje denominadas como R tropici tipo A, em um nova espécie, R leucaenae, sendo a estirpe CFN 299T proposta como estirpe tipo da nova espécie No segundo trabalho, foram utilizadas quinze estirpes de rizóbios microssimbiontes do feijoeiro provenientes do México, Equador e Brasil, com o objetivo de correlacioná-las taxonomicamente e filogeneticamente, através da técnica de MLSA As análises dos cinco genes (recA, rpoA, gltA, glnII, gyrB), além do 16S RNAr indicaram a formação de três grupos principais envolvendo essas estirpes Oito estirpes ficaram agrupadas com R etli e R leguminosarum, que por serem duas espécies intimamente relacionadas evolutivamente, só foram claramente separadas e identificadas na árvore concatenada com os cinco genes Três estirpes agruparam com R tropici, com nítida separação entre os tipos A (agora proposto como R leucaenae) e B, principalmente na árvore concatenada Outras quatro estirpes foram posicionadas no grupo de R radiobacter, mas pela grande distância evolutiva apresentada, podem ser representantes de uma nova espécie Em ambos os trabalhos a técnica de MLSA demonstrou ser uma ferramenta rápida e confiável para a identificação precisa e consistente quando comparada à utilização de apenas um gene, principalmente dentro do grupo dos rizóbios