01 - Doutorado - Microbiologia

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Navegando 01 - Doutorado - Microbiologia por Autor "Alves, Viviane Sandra"

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    Análise do genoma e da expressão gênica diferencial de entomotoxinas de Photorhabdus asymbiotica subsp. paranaensis subsp. nov.
    (2025-04-25) Silva, Leandro Afonso da; Andrade Filho, Galdino; Alves, Viviane Sandra; Souza, Emanuel Maltempi de; Gonçalves, Leandro Simões Azeredo; Yamada-Ogatta, Sueli Fumie
    O gênero Photorhabdus é composto por bactérias bacilares Gram-negativas simbiontes de nematoides entomopatogênicos do gênero Heterorhabditis, nos quais são encontradas colonizando seus intestinos. Na última década, a taxonomia de Photorhabdus tem sido revisitada pela aplicação de dados oriundos de sequenciamento do genoma total, aperfeiçoando o posicionamento taxonômico e intensificando a identificação de características desejáveis para aplicação biotecnológica. Nesta pesquisa, caracterizamos a cepa de Photorhabdus UENP 3, obtida a partir de um nematoide Heterorhabditis não descrito, isolado a partir de amostras de solo do sul do Brasil, a fim de determinar sua posição taxonômica e também avaliamos o efeito da variação fásica sobre a produção de entomotoxinas por meio da análise da expressão gênica diferencial. A filogenia baseada em 16S rRNA reiterou seu pertencimento ao gênero Photorhabdus, mas apresentou ambiguidades quanto à espécie devido a indicação de altas similaridades com P. australis subsp. australis (97,34%) e P. heterorhabditis subsp. aluminescens (96,75%). A reconstrução filogenética utilizando o genoma core delimitou que a cepa UENP 3 pertence a espécie P. asymbiotica; entretanto, forma um novo clado dentro deste grupo. Comparações genômicas foram realizadas para potencializar a circunscrição taxonômica, e os maiores valores de ANI e dDDH foram obtidos para P. asymbiotica ATCC 43950, sendo 97,30%, e 75,30%, respectivamente. Os valores obtidos encontram-se abaixo do ponto de corte para delimitação de subespécies (ANI > 98,00; dDDH > 79,00%). Portanto, UENP 3 representa uma nova subespécie dentro de P. asymbiotica e propomos o nome Photorhabdus asymbiotica subsp. paranaensis subsp. nov. com UENP 3 como cepa-tipo. A análise da expressão gênica diferencial revelou a presença de 631 genes downregulated e 158 upregulated (p < 0,05). Entre os 22 genes relacionados às entomotoxinas da classe Tc, apenas 9 apresentavam-se diferencialmente expressos, indicando moderada regulação transcricional entre as fases. Nossos dados corroboram a exploração de Photorhabdus como uma fonte de proteínas inseticidas e indicam um impacto limitado sobre a produção de entomotoxinas frente à variação de fase de curto prazo.