01 - Doutorado - Genética e Biologia Molecular
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Navegando 01 - Doutorado - Genética e Biologia Molecular por Autor "Abdelnoor, Ricardo Vilela"
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Item Caracterização do transcriptoma de folhas e frutos de Coffea eugenioides e identificação de polimorfismos de acessos de Coffea arabica da EtiópiaYuyama, Priscila Mary; Pereira, Luiz Filipe Protasio [Orientador]; Caixeta, Eveline Teixeira; Mondego, Jorge Mauricio Costa; Vieira, Luiz Gonzaga Esteves; Abdelnoor, Ricardo VilelaResumo: O café é uma das principais commodities agrícolas do mundo e o Brasil ocupa a posição de maior produtor e exportador de café mundial Coffea arabica e C canephora respondem pela maior parte dessa produção As espécies do gênero são diplóides, exceto C arabica, um alotetraplóide formado de uma recente hibridação de duas espécies diplóides, C canephora e C eugenioides C arabica apresenta uma estreita base genética, principalmente pelas suas características biológicas, recente história evolutiva e origem das espécies cultivadas O RNA-Seq tem sido utilizado em trabalhos de anotação e identificação de polimorfismos de nucleotídeo único (SNP) em plantas, com obtenção de um grande volume de dados e resultados robustos Neste trabalho, foram obtidos 98635514 reads em Coffea a partir da tecnologia de sequenciamento Illumina As sequências foram obtidas de folhas e frutos a partir de genótipos selvagens de C arabica originários da Etiópia, C arabica cv Mundo Novo e C eugenioides No primeiro trabalho, foi feita a caracterização do transcriptoma de C eugenioides a partir de 36935 contigs, obtidos de uma montagem de novo As sequências foram anotadas baseadas em bancos de dados de proteínas não-redundantes (nr) do GenBank, Swiss-Prot, Gene Ontology (GO), InterproScan, PlantCyc e KEGG Além disso, 1 contigs com maior expressão em órgãos de folha e fruto de C eugenioides foram selecionados para validar a sua expressão por qPCR O segundo trabalho desenvolveu análises de RNA-Seq de todos os genótipos sequenciados Foi possível identificar 141 SNPs potenciais em cinco genótipos de C arabica a partir de uma referência de novo de C canephora Um total de 311 SNPs foram validados em 128 genótipos selvagens de C arabica e cinco cultivares de C arabica através do Sequenom MassARRAY A análise da estrutura da coleção com o programa Strucutre demonstrou quatro sub-populações Assim, foi desenvolvido um atlas do transcriptoma de C eugenioides como potencial referência para estudos futuros em Coffea e foram obtidos um grupo de SNPs validados Esses resultados podem beneficiar o desenvolvimento de estudos de associação genética e auxiliar nos trabalhos de melhoramento de cafeeirosItem "Identificação e análise da expressão de genes de soja responsivos ao déficit hídrico e ao ciclo circadiano"Gomes, Juliana Marcolino; Nepomuceno, Alexandre Lima [Orientador]; Abdelnoor, Ricardo Vilela; Domingues, Douglas Silva; Vieira, Luiz Gonzaga Esteves; Molinari, Hugo Bruno Correa; Harmon, Frank G. [Coorientador]Resumo: Em todo o mundo, o déficit hídrico é o fator abiótico com mais impacto na produção de grandes culturas, como a soja O ciclo circadiano desempenha um papel crítico na resposta e adaptação das plantas às diferentes condições ambientais Recentemente, as oscilações circadianas foram associadas às respostas ao déficit hídrico, em nível transcricional Todavia, pouco se sabe sobre a relação entre o ciclo circadiano e as respostas das plantas ao déficit hídrico, principalmente em culturas como a soja Neste estudo, examinamos como o déficit hídrico interfere na oscilação diurna dos principais genes do ciclo circadiano e de resposta ao déficit hídrico em soja Nossos resultados mostraram que o déficit hídrico causa mudanças marcantes na expressão gênica de componentes do ciclo circadiano, como LCL1-, GmELF4- e PRR-like, reduzindo sua expressão As mesmas condições resultaram no avanço de fase na expressão dos genes GmTOC1-like, GmLUX-like e GmPRR7-like O déficit hídrico também resultou em alterações significativas no padrão rítmico de expressão dos genes seca-responsivos tais como DREB-, bZIP-, GOLS-, RAB18- e Remorin-like A fim de selecionar genes referência para a normalização da expressão gênica relativa em estudos sobre o déficit hídrico e as oscilações diurnas, nós validamos experimentalmente um conjunto inédito de genes referência de soja Os genes Fyve, NUDIX e Golgin-84 apresentaram expressão mais estável do que os genes normalizadores, convencionalmente utilizados, ELF1-ß e ß-actina, e foram considerados adequados para a normalização de dados de expressão em estudos sobre as respostas das plantas ao déficit hídrico em diferentes períodos do dia Nossos resultados indicaram a existência de conexão entre as respostas ao déficit hídrico e o ciclo circadiano de soja, uma vez que (i) o estresse afetou a expressão de componentes do ciclo circadiano e que (ii) genes responsivos ao estresse apresentaram oscilação diurna Esses resultados certamente irão incentivar estudos futuros sobre as implicações dessa conexão nas respostas das plantas a estas condições