Caracterização do transcriptoma de folhas e frutos de Coffea eugenioides e identificação de polimorfismos de acessos de Coffea arabica da Etiópia
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Resumo
Resumo: O café é uma das principais commodities agrícolas do mundo e o Brasil ocupa a posição de maior produtor e exportador de café mundial Coffea arabica e C canephora respondem pela maior parte dessa produção As espécies do gênero são diplóides, exceto C arabica, um alotetraplóide formado de uma recente hibridação de duas espécies diplóides, C canephora e C eugenioides C arabica apresenta uma estreita base genética, principalmente pelas suas características biológicas, recente história evolutiva e origem das espécies cultivadas O RNA-Seq tem sido utilizado em trabalhos de anotação e identificação de polimorfismos de nucleotídeo único (SNP) em plantas, com obtenção de um grande volume de dados e resultados robustos Neste trabalho, foram obtidos 98635514 reads em Coffea a partir da tecnologia de sequenciamento Illumina As sequências foram obtidas de folhas e frutos a partir de genótipos selvagens de C arabica originários da Etiópia, C arabica cv Mundo Novo e C eugenioides No primeiro trabalho, foi feita a caracterização do transcriptoma de C eugenioides a partir de 36935 contigs, obtidos de uma montagem de novo As sequências foram anotadas baseadas em bancos de dados de proteínas não-redundantes (nr) do GenBank, Swiss-Prot, Gene Ontology (GO), InterproScan, PlantCyc e KEGG Além disso, 1 contigs com maior expressão em órgãos de folha e fruto de C eugenioides foram selecionados para validar a sua expressão por qPCR O segundo trabalho desenvolveu análises de RNA-Seq de todos os genótipos sequenciados Foi possível identificar 141 SNPs potenciais em cinco genótipos de C arabica a partir de uma referência de novo de C canephora Um total de 311 SNPs foram validados em 128 genótipos selvagens de C arabica e cinco cultivares de C arabica através do Sequenom MassARRAY A análise da estrutura da coleção com o programa Strucutre demonstrou quatro sub-populações Assim, foi desenvolvido um atlas do transcriptoma de C eugenioides como potencial referência para estudos futuros em Coffea e foram obtidos um grupo de SNPs validados Esses resultados podem beneficiar o desenvolvimento de estudos de associação genética e auxiliar nos trabalhos de melhoramento de cafeeiros
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Palavras-chave
Café, Melhoramento genético, Sequência de nucleotídeos, Polimorfismo (Genética), Marcadores biológicos, Breeding, Genetic polymorphisms, Coffee