VNBLAST : sistema de gerenciamento do NETBLAST

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dc.contributor.advisorAttrot, Wesley [Orientador]pt_BR
dc.contributor.authorSantos, Marcio Rodrigopt_BR
dc.contributor.bancaVenâncio, Emerson Josépt_BR
dc.contributor.bancaFelinto, Alan Salvanypt_BR
dc.contributor.bancaBrancher, Jacques Duíliopt_BR
dc.coverage.spatialLondrinapt_BR
dc.date.accessioned2024-05-01T14:05:24Z
dc.date.available2024-05-01T14:05:24Z
dc.date.created2011.00pt_BR
dc.date.defesa18.11.2011pt_BR
dc.description.abstractResumo: O GenBank é um banco de dados público de sequências de nucleotídeos, atualmente gerido pelo NCBI - National Center for Biotechnology Information, que fornece mecanismos para o acesso e processamento de informações armazenadas Uma forma de acesso às informações do GenBank é através da suíte BLAST (Basic Local Alignment Search Tool) para busca de similaridade local entre sequências genéticas As informações do GenBank podem ser acessadas pelo website do NCBI ou localmente O website NCBI BLAST é uma maneira fácil de encontrar sequências, mas impõe algumas limitações na parametrização da consulta, e pesquisas em lote de larga escala não estão disponíveis Objetivando preencher esta lacuna, este trabalho irá apresentar a ferramenta VNBlast O VNBlast é uma aplicação web amigável que tem como base o NetBlast do NCBI, que oferece um número substancial de parâmetros para a busca e alinhamento de sequências que são efetuadas diretamente no GenBank através de webservices, evitando a necessidade de download dos conjuntos de dados e apresentando como resultado informações constantemente atualizadas O VNBlast foi capaz de executar alinhamentos de forma mais simplificada e intuitiva que o Netblast, apresentou maiores possibilidades de resultados que o site BLAST da NCBI, ofereceu mais parâmetros para busca direta que as ferramentas citadas e possibilitou a execução de buscas em lotept_BR
dc.description.abstractother1Abstract: GenBank is a public database of nucleotide sequences built by the National Center for Biotechnology Information (NCBI) that provide mechanisms for accessing and processing stored information A way to access information on GenBank is BLAST (Basic Local Alignment Search Tool) a program to search for local similarity between sequences GenBank information can be accessed through NCBI website or locally NCBI BLAST website is an easy way to find sequences, but imposes some limitations in the parameterization of the query, and batch searches in large-scale are not available In order to fill this gap, this paper will introduce the VNBlast tool VNBlast is a user-friendly web application based on NCBI NetBlast, which offers a substantial number of parameters for search and alignment of sequences directly on GenBank, avoiding the need of manual download of datasets and always presenting as result updated information VNBlast was able to perform alignments in an easier and more intuitive way than Netblast, it presented more possibilities of results than the NCBI BLAST website, offered more parameters for direct search that the mentioned tools and allowed the execution of batch searchespt_BR
dc.description.notesDissertação (Mestrado em Ciência da Computação) - Universidade Estadual de Londrina, Centro de Ciências Exatas, Programa de Pós-Graduação em Ciência da Computaçãopt_BR
dc.identifier.urihttps://repositorio.uel.br/handle/123456789/13003
dc.languagepor
dc.relation.coursedegreeMestradopt_BR
dc.relation.coursenameCiência da Computaçãopt_BR
dc.relation.departamentCentro de Ciências Exataspt_BR
dc.relation.ppgnamePrograma de Pós-Graduação em Ciência da Computaçãopt_BR
dc.subjectSoftwarept_BR
dc.subjectDesenvolvimentopt_BR
dc.subjectFerramentas de busca na Webpt_BR
dc.subjectBioinformáticapt_BR
dc.subjectServiços da Webpt_BR
dc.subjectSoftwarept_BR
dc.subjectWeb search enginespt_BR
dc.subjectBioinformaticspt_BR
dc.subjectWeb servicespt_BR
dc.subjectSoftware configuration managementpt_BR
dc.subjectDevelopmentpt_BR
dc.titleVNBLAST : sistema de gerenciamento do NETBLASTpt_BR
dc.typeDissertaçãopt_BR

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