VNBLAST : sistema de gerenciamento do NETBLAST
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Santos, Marcio Rodrigo
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Resumo
Resumo: O GenBank é um banco de dados público de sequências de nucleotídeos, atualmente gerido pelo NCBI - National Center for Biotechnology Information, que fornece mecanismos para o acesso e processamento de informações armazenadas Uma forma de acesso às informações do GenBank é através da suíte BLAST (Basic Local Alignment Search Tool) para busca de similaridade local entre sequências genéticas As informações do GenBank podem ser acessadas pelo website do NCBI ou localmente O website NCBI BLAST é uma maneira fácil de encontrar sequências, mas impõe algumas limitações na parametrização da consulta, e pesquisas em lote de larga escala não estão disponíveis Objetivando preencher esta lacuna, este trabalho irá apresentar a ferramenta VNBlast O VNBlast é uma aplicação web amigável que tem como base o NetBlast do NCBI, que oferece um número substancial de parâmetros para a busca e alinhamento de sequências que são efetuadas diretamente no GenBank através de webservices, evitando a necessidade de download dos conjuntos de dados e apresentando como resultado informações constantemente atualizadas O VNBlast foi capaz de executar alinhamentos de forma mais simplificada e intuitiva que o Netblast, apresentou maiores possibilidades de resultados que o site BLAST da NCBI, ofereceu mais parâmetros para busca direta que as ferramentas citadas e possibilitou a execução de buscas em lote
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Palavras-chave
Software, Desenvolvimento, Ferramentas de busca na Web, Bioinformática, Serviços da Web, Software, Web search engines, Bioinformatics, Web services, Software configuration management, Development