Uso de painéis de marcadores SNP para teste de paternidade e avaliação genômica de embriões biopsiados de bovinos nelore

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dc.contributor.advisorRibeiro, Edson Luis de Azambuja
dc.contributor.authorMarestone, Bruna Silva
dc.contributor.bancaSimonelli, Sandra Maria
dc.contributor.bancaFernandes, Sergio Rodrigo
dc.contributor.bancaCamargo, Ana Claudia Ambiel Corral
dc.contributor.bancaMenezes, Gilberto Romeiro de Oliveira
dc.contributor.coadvisorMuniz, Carolina Amália de Souza Dantas
dc.coverage.extent91 p.
dc.coverage.spatialLondrina - PR
dc.date.accessioned2025-09-11T18:09:52Z
dc.date.available2025-09-11T18:09:52Z
dc.date.issued2023-02-27
dc.description.abstractTouros jovens podem ser selecionados através das avalições genômicas e utilizados como reprodutores, proporcionando melhorias na elaboração de estratégias para o melhoramento genético de bovinos. A seleção genômica tem o objetivo de utilizar SNPs (Single Nucleotide Polymorphism – Polimorfismos de Nucleotídeo Único) como ferramentas auxiliares na predição de valores genéticos mais acurados, contribuindo para um processo de seleção mais eficaz e auxiliando na identificação correta do parentesco e todo o pedigree. Assim, o objetivo do trabalho foi primeiramente avaliar diferentes densidades de painéis de marcadores SNPs na identificação da paternidade de bovinos da raça Nelore. Posteriormente, realizou-se outro estudo com o objetivo de avaliar a viabilidade da predição dos valores genéticos de embriões biopsiados, com painéis de moderada densidade e imputados para painéis com maiores densidades. No primeiro estudo foram genotipados, em painéis HD, 2027 animais, sendo 1883 produtos e 144 touros. Cinco painéis foram testados, sendo eles o painel desenvolvido pela International Society of Animal Genetics (ISAG) possuindo 166 SNPs (Painel ISAG), um painel contemplando 10K SNPs e três painéis customizados, contendo 98 (Painel 100), 206 (Painel 200) e 311 (Painel 300) SNPs selecionados, acrescidos de 166 SNPs provenientes do painel ISAG, para a avaliação da paternidade no software FImpute. No segundo estudo utilizou-se 93 embriões provenientes da coleta dos óvulos de 28 doadoras, que foram fertilizados in vitro utilizando sêmen de dois touros. Todos os embriões foram genotipados utilizando o chip 50K e posteriormente os genótipos foram imputados para o painel HD. Os embriões foram implantados nas vacas receptoras e, após o nascimento, a genotipagem de 10 bezerros foi realizada, assim como a estimativa dos seus valores genéticos genômicos. Entre os painéis customizados, o Painel 200 foi eficiente para validação do parentesco de todas as progênies. A qualidade da genotipagem dos embriões foi satisfatória, sendo o call rate médio das amostras de 93%, a média de heterozigosidade dos genótipos imputados (22,5%) foi maior do que nos genótipos observados (11,7%), e a correlação observada entre os índices de seleção de embrião e bezerro foi de 99,3%. Conclui-se que o painel ISAG não foi suficiente para avaliar a paternidade dos animais da raça Nelore, criados nacionalmente, sendo necessário acrescentar 206 SNPs ao painel para se obter a identificação entre touro e progênie. Os valores genéticos genômicos estimados a partir dos genótipos dos embriões biopsiados apresentaram alta correlação com os valores estimados posteriormente para os bezerros, demonstrando grande potencial de aplicação na produção animal, para seleção de animais ainda na fase embrionária.
dc.description.abstractother1Young bulls can be selected through genomic evaluations and used as breeders, providing improvements in the development of strategies for genetic improvement of cattle. Genomic selection aims to use SNPs (Single Nucleotide Polymorphism) as auxiliary tools in predicting more accurate genetic values, contributing to a more effective selection process and aiding in correct identification of parentage and pedigree. Thus, the aim of this study was firstly to evaluate different densities of SNP marker panels in identifying the paternity of Nelore cattle. Subsequently, another study was conducted to assess the feasibility of predicting genetic values of biopsied embryos with panels of moderate density and imputed for panels with higher densities. In the first study, 2,027 animals were genotyped on HD panels, with 1,883 offspring and 144 bulls. Five panels were tested, including the panel developed by the International Society of Animal Genetics (ISAG) with 166 SNPs (ISAG panel), a panel with 10K SNPs, and three custom panels containing 98 (Panel 100), 206 (Panel 200), and 311 (Panel 300) selected SNPs, plus 166 SNPs from the ISAG panel for paternity evaluation in the FImpute software. In the second study, 93 embryos from 28 donors were fertilized in vitro using semen from two bulls. All embryos were genotyped using the 50K chip, and subsequently genotypes were imputed to the HD panel. The embryos were implanted in recipient cows, and after birth, genotyping of 10 calves was performed, as well as estimation of their genomic genetic values. Among the custom panels, Panel 200 was efficient in validating the parentage of all progenies. The quality of the embryo genotyping was satisfactory, with a mean call rate of 93%, a mean heterozygosity of imputed genotypes (22.5%) higher than observed genotypes (11.7%), and a correlation of 99.3% between embryo and calf selection indices. It was concluded that the ISAG panel was not sufficient to evaluate the paternity of Nelore animals bred nationally, and that 206 SNPs needed to be added to the panel to obtain identification between bull and progeny. The genomic genetic values estimated from biopsied embryo genotypes showed a high correlation with values estimated later for the calves, demonstrating great potential for application in animal production for selecting animals still in the embryonic phase.
dc.identifier.urihttps://repositorio.uel.br/handle/123456789/18930
dc.languagepor
dc.language.isopor
dc.relation.departamentCCA - Departamento de Clínicas Veterinárias
dc.relation.institutionnameUniversidade Estadual de Londrina - UEL
dc.relation.ppgnamePrograma de Pós-Graduação em Ciência Animal
dc.subjectGado de corte
dc.subjectISAG
dc.subjectMarcadores moleculares
dc.subjectParentesco
dc.subjectValor genético
dc.subjectBovinos de corte
dc.subjectAnimais - Melhoramento genético
dc.subjectNelore (Zebu)
dc.subject.capesCiências Agrárias - Medicina Veterinária
dc.subject.cnpqCiências Agrárias - Medicina Veterinária
dc.subject.keywordsBeef cattle
dc.subject.keywordsISAG
dc.subject.keywordsMolecular markers
dc.subject.keywordsParentage
dc.subject.keywordsGenetic value
dc.subject.keywordsKinship
dc.subject.keywordsAnimals - Genetic improvement
dc.subject.keywordsNelore (Zebu)
dc.titleUso de painéis de marcadores SNP para teste de paternidade e avaliação genômica de embriões biopsiados de bovinos nelore
dc.title.alternativeUse of SNP marker panels for paternity testing and genomic evaluation of biopsied Nelore bovine embryos
dc.typeTese
dcterms.educationLevelDoutorado
dcterms.provenanceCentro de Ciências Agrárias

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