Caracterização do transcriptoma de folhas e frutos de Coffea eugenioides e identificação de polimorfismos de acessos de Coffea arabica da Etiópia

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dc.contributor.advisorPereira, Luiz Filipe Protasio [Orientador]pt_BR
dc.contributor.authorYuyama, Priscila Marypt_BR
dc.contributor.bancaCaixeta, Eveline Teixeirapt_BR
dc.contributor.bancaMondego, Jorge Mauricio Costapt_BR
dc.contributor.bancaVieira, Luiz Gonzaga Estevespt_BR
dc.contributor.bancaAbdelnoor, Ricardo Vilelapt_BR
dc.coverage.spatialLondrinapt_BR
dc.date.accessioned2024-05-01T11:49:56Z
dc.date.available2024-05-01T11:49:56Z
dc.date.created2014.00pt_BR
dc.date.defesa21.03.2014pt_BR
dc.description.abstractResumo: O café é uma das principais commodities agrícolas do mundo e o Brasil ocupa a posição de maior produtor e exportador de café mundial Coffea arabica e C canephora respondem pela maior parte dessa produção As espécies do gênero são diplóides, exceto C arabica, um alotetraplóide formado de uma recente hibridação de duas espécies diplóides, C canephora e C eugenioides C arabica apresenta uma estreita base genética, principalmente pelas suas características biológicas, recente história evolutiva e origem das espécies cultivadas O RNA-Seq tem sido utilizado em trabalhos de anotação e identificação de polimorfismos de nucleotídeo único (SNP) em plantas, com obtenção de um grande volume de dados e resultados robustos Neste trabalho, foram obtidos 98635514 reads em Coffea a partir da tecnologia de sequenciamento Illumina As sequências foram obtidas de folhas e frutos a partir de genótipos selvagens de C arabica originários da Etiópia, C arabica cv Mundo Novo e C eugenioides No primeiro trabalho, foi feita a caracterização do transcriptoma de C eugenioides a partir de 36935 contigs, obtidos de uma montagem de novo As sequências foram anotadas baseadas em bancos de dados de proteínas não-redundantes (nr) do GenBank, Swiss-Prot, Gene Ontology (GO), InterproScan, PlantCyc e KEGG Além disso, 1 contigs com maior expressão em órgãos de folha e fruto de C eugenioides foram selecionados para validar a sua expressão por qPCR O segundo trabalho desenvolveu análises de RNA-Seq de todos os genótipos sequenciados Foi possível identificar 141 SNPs potenciais em cinco genótipos de C arabica a partir de uma referência de novo de C canephora Um total de 311 SNPs foram validados em 128 genótipos selvagens de C arabica e cinco cultivares de C arabica através do Sequenom MassARRAY A análise da estrutura da coleção com o programa Strucutre demonstrou quatro sub-populações Assim, foi desenvolvido um atlas do transcriptoma de C eugenioides como potencial referência para estudos futuros em Coffea e foram obtidos um grupo de SNPs validados Esses resultados podem beneficiar o desenvolvimento de estudos de associação genética e auxiliar nos trabalhos de melhoramento de cafeeirospt_BR
dc.description.abstractother1Abstract: Coffee is one of the most important agricultural commodities worldwide and Brazil stands out as the main coffee productor and exporter Coffea arabica and C canephora account with the most part of this production The genus species are diploid, except C arabica which is an allotetraploid from a recent hybridization of two diploid species or related species, C canephora and C eugenioides C arabica presents a narrow genetic diversity, mainly due its biological characteristics, recent evolutionary history and origin of cultivated genotypes RNA-seq has been done in several works of annotation and SNPs identification in plants, with the production of large volume of data and robust results In this work, we report the generation of a total of 98,635,514 reads in Coffea using Illumina sequencing Sequences were obtained from leaves and fruits using wild C arabica genotypes from Ethiopia, C arabica cv Mundo Novo and C eugenioides The C eugenioides transcriptome was characterized from 36,935 contigs, obtained of a de novo assembled Sequences were successfully annotated based on the Genbank non-redundant (Nr), Swiss-Prot, Gene Ontology (GO), InterproScan, PlantCyc and KEGG protein database Furthermore, 1 highly expressed contigs from leaf and fruit were selected to confirm their expression by qPCR Second work developed RNA-seq analysis of all genotypes sequenced and it was possible discovered 1,41 potential SNPs in five C arabica genotypes using a C canephora reference de novo assembled They were validated 311 SNPs in 128 wild genotypes and five cultivars of C arabica on the Sequenom MassARRAY system Structure analysis of collection demonstrated four sub-populations Thus, we present an overview of C eugenioides transcriptome as a potential reference for future studies in Coffea and we obtained a set of SNPs to genotyping These results may benefit the development of genetic association and support future studies in coffee breedingpt_BR
dc.description.notesTese (Doutorado em Genética e Biologia Molecular) - Universidade Estadual de Londrina, Centro de Ciências Biológicas, Programa de Pós-Graduação em Genética e Biologia Molecularpt_BR
dc.identifier.urihttps://repositorio.uel.br/handle/123456789/9192
dc.languagepor
dc.relation.coursedegreeDoutoradopt_BR
dc.relation.coursenameGenética e Biologia Molecularpt_BR
dc.relation.departamentCentro de Ciências Biológicaspt_BR
dc.relation.institutionnameInstituto Agronômico do Paranápt_BR
dc.relation.ppgnamePrograma de Pós-Graduação em Genética e Biologia Molecularpt_BR
dc.subjectCafépt_BR
dc.subjectMelhoramento genéticopt_BR
dc.subjectSequência de nucleotídeospt_BR
dc.subjectPolimorfismo (Genética)pt_BR
dc.subjectMarcadores biológicospt_BR
dc.subjectBreedingpt_BR
dc.subjectGenetic polymorphismspt_BR
dc.subjectCoffeept_BR
dc.titleCaracterização do transcriptoma de folhas e frutos de Coffea eugenioides e identificação de polimorfismos de acessos de Coffea arabica da Etiópiapt_BR
dc.typeTesept_BR

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