Predição, análise e validação de RNAs não codificadores (ncRNAs) em Bacillus thuringiensis

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dc.contributor.advisorVilas-Bôas, Gislayne Fernandes Lemes Trindade [Orientador]pt_BR
dc.contributor.authorAppel, Renan José Casarottopt_BR
dc.contributor.bancaRodrigues, Elisete Painspt_BR
dc.contributor.bancaRicietto, Ana Paula Scaramalpt_BR
dc.contributor.coadvisorSouza, Rogério Fernandes de [Coorientador]pt_BR
dc.coverage.spatialLondrinapt_BR
dc.date.accessioned2024-05-01T14:08:54Z
dc.date.available2024-05-01T14:08:54Z
dc.date.created2018.00pt_BR
dc.date.defesa06.08.2018pt_BR
dc.description.abstractResumo: A visão clássica do dogma central da biologia molecular passou por mudanças de paradigma na virada deste século, quando avanços, principalmente em análises de bioinformática, contribuíram para a descoberta de que muito do que era transcrito nos organismos eram regiões não traduzidas em proteínas, e que apresentariam função biológica Tais transcritos foram denominados como RNAs não codificadores (ncRNAs) Motivados por tais descobertas, novos métodos computacionais dedicados à ncRNAs foram propostos, possibilitando estudos de ocorrência e distribuição em genomas de diversos microrganismos Bacillus thuringiensis (Bt), uma bactéria com características entomopatogênicas, é utilizada em todo o mundo no controle de pragas e vetores de doenças e ainda não foi analisada com respeito a estas moléculas A maioria dos processos ligados à virulência, capacidade necrotrófica e esporulação desta bactéria dependem de sistemas quorum sensing, porém, estas vias não estão totalmente elucidadas e ncRNAs podem estar atuando junto às mesmas Desta forma, este trabalho objetivou identificar, analisar e validar ncRNAs em três linhagens dessa espécie As sequências completas de cromossomos e plasmídeos dos genomas das linhagens Bt47, HD-1 e HD73 foram selecionados Ao todo, foram identificados 27111 possíveis ncRNAs; sendo 1874 candidatos considerados significativos, distribuídos em 177 famílias distintas encontradas principalmente em regiões presentes nas três linhagens As moléculas identificadas estão envolvidas em processos regulatórios complexos principalmente relacionados à virulência, patogenicidade, resistência e sobrevivência da bactéria A família epsC teve sua expressão validada no genoma Os resultados alcançados evidenciam que mesmo bactérias muito relacionadas filogeneticamente podem apresentar diferentes respostas às modificações ambientais, apresentando diferentes padrões de expressão; e ainda levam a uma nova linha de investigação para a compreensão de mecanismos fisiológicos em B thuringiensispt_BR
dc.description.abstractother1Abstract: The classic view of the central dogma of molecular biology has undergone paradigm shifts at the turn of this century, when advances, especially in bioinformatics analyzes, have contributed to the discovery that much of what was transcribed in organisms was regions not translated into proteins, and would have biological function These transcripts were designated as non-coding RNAs (ncRNAs) Motivated by such discoveries, new computational methods dedicated to the ncRNAs were proposed, enabling the occurrence and distribution studies in genomes of several microorganisms Bacillus thuringiensis (Bt), a bacterium with entomopathogenic characteristics, is used worldwide in the control of pests and disease vectors and has not been analyzed with respect to these molecules Most of the processes related to the virulence, necrotrophism and sporulation of this bacterium depend on quorum sensing systems, however, these pathways are not elucidated and ncRNAs may be acting next to them In this way, this work aimed to identify, analyze and validate ncRNAs in three strains of this specie The complete chromosome and plasmid sequences of the genomes of the Bt47, HD-1 and HD73 strains were selected In all, 27,111 potential ncRNAs; being 1874 candidates considered significant, distributed in 177 different families found mainly in regions present in the three strains The molecules identified are involved in complex regulatory processes mainly related to the virulence, pathogenicity, resistance and survival of the bacterium The epsC family had the expression validated in the genome The results show that even highly phylogenetically related bacteria may present different responses to environmental modifications, presenting different expression standards; and still lead to a new line of investigation for the understanding of physiological mechanisms in B thuringiensispt_BR
dc.description.notesDissertação (Mestrado em Genética e Biologia Molecular) - Universidade Estadual de Londrina, Centro de Ciências Biológicas, Programa de Pós-Graduação em Genética e Biologia Molecularpt_BR
dc.identifier.urihttps://repositorio.uel.br/handle/123456789/13182
dc.languagepor
dc.relation.coursedegreeMestradopt_BR
dc.relation.coursenameGenética e Biologia Molecularpt_BR
dc.relation.departamentCentro de Ciências Biológicaspt_BR
dc.relation.ppgnamePrograma de Pós-Graduação em Genética e Biologia Molecularpt_BR
dc.subjectBioinformáticapt_BR
dc.subjectGenômicapt_BR
dc.subjectControle biológicopt_BR
dc.subjectBacillus thuringiensispt_BR
dc.subjectGenética molecularpt_BR
dc.subjectBioinformaticspt_BR
dc.subjectGenomicspt_BR
dc.subjectBacillus thurigiensispt_BR
dc.subjectMolecular geneticspt_BR
dc.titlePredição, análise e validação de RNAs não codificadores (ncRNAs) em Bacillus thuringiensispt_BR
dc.typeDissertaçãopt_BR

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