Avaliação da sensibilidade aos antimicrobianos e caracterização molecular de e. coli isoladas de uroculturas de mulheres atendidas em unidades básicas de saúde e pronto atendimento no município de Londrina

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dc.contributor.advisorPavanelli, Wander Rogério
dc.contributor.authorTano, Zuleica Naomi
dc.contributor.bancaKobayashi, Renata Katsuko Katayma
dc.contributor.bancaCarrilho, Cláudia Maria Dantas de Maio
dc.contributor.bancaPerugini, Márcia Regina Eches
dc.contributor.bancaCosta, Ivete Conchon
dc.contributor.coadvisorVespero, Eliana Carolina
dc.coverage.extent70 p.
dc.coverage.spatialLondrina
dc.date.accessioned2024-09-06T11:47:09Z
dc.date.available2024-09-06T11:47:09Z
dc.date.issued2021-01-29
dc.description.abstractIntrodução: A infecção do trato urinário (ITU) é uma das infecções mais comuns de procura ao serviço médico, acometendo milhões de pessoas no mundo todo, sendo a Escherichia coli o principal agente responsável. A resistência aos antimicrobianos tem aumentado expressivamente nos últimos anos, e o perfil de sensibilidade varia de região para região. Os principais antimicrobianos utilizados no tratamento de primeira escolha da ITU são: sulfametoxazol-trimetropim (SMX-TMP), nitrofurantoína, a fosfomicina e as quinolonas, além das cefalosporinas de primeira geração e a amoxicilina-clavulanato como escolha para gestantes. Estudos mostram que a sensibilidade ao SMX-TPM ultrapassa 30% em vários locais do mundo, sendo substituído por alternativas nos guidelines. A presença de bactérias produtoras de betalactamase é muito estudada em ambiente hospitalar, porém sabe-se que essas bactérias alcançaram também as infecções comunitárias, como as ITUs. E. coli Sequency Type (ST)131 e ST648 são responsáveis por ITUs recorrentes e de difícil tratamento com antibióticos de primeira escolha pela alta resistência aos antimicrobianos. A resistência às quinolonas, muito utilizadas em outras infecções, como as respiratórias e abdominais, tem alcançado níveis de alarme em muitos locais, principalmente pelo uso inadequado nas ITUs não complicadas. Objetivo: Caracterizar o perfil de sensibilidade aos antimicrobianos de E. coli de uroculturas de mulheres atendidas em Unidades Básicas de Saúde e de Pronto Atendimento no município de Londrina. Caracterizar os mecanismos moleculares de resistência de isolados resistentes à ciprofloxacina, norfloxacina e ácido nalidíxico e aos ß-lactâmicos, além de conhecer os sorogrupos, ST e a classificação filogenética das amostras resistentes às quinolonas. Metodologia: Foram estudadas as uroculturas realizadas pelo Laboratório Central da Prefeitura (Centrolab) de mulheres atendidas nas Unidades Básicas de Saúde e Pronto Atendimento do município de Londrina, de junho de 2016 a maio de 2017. As culturas positivas foram selecionadas para avaliação no Laboratório do Hospital Universitário. A identificação dos isolados e os testes de sensibilidade a antimicrobianos foram processados pelo Sistema Automatizado VITEK® 2 (bioMérieux). As amostras foram sequenciadas utilizando-se o kit Nextera® XT Sample Preparation (Illumina), no equipamento MiSeq® System (Illumina), pela plataforma NextSeq (Illumina). A classificação filogenética foi executada por PCR. Resultados: No período foram realizadas 56.555 uroculturas, das quais 8.832 foram positivas para E. coli, sendo 5.377 de mulheres. Dessas amostras, 4,7% eram enterobactérias produtoras de betalactamases de espectro estendido (ESBL) e 15,5% resistentes às quinolonas. O SMX-TMP se mostrou resistente em mais de 30% das amostras em todas as faixas etárias dos pacientes. Entre os isolados resistentes às quinolonas, também a resistência à cefalotina, ampicilina e sulfametoxazol-trimetoprim foi maior que 60%. Somente a nitrofurantoína apresentou resultados superiores a 90% de sensibilidade. Nas 33 amostras selecionadas de E. coli para a realização do sequenciamento, obteve-se os seguintes resultados: o ST131”serotype”O25:H4 (n=8) e o ST648”serotype” 01:H6 (n=6) foram os mais frequentes, o gene blaCTX M15 foi o mais encontrado. As mutações nas regiões Gyr A e ParC (QRDR) e o gene aca(6´)-ib-cr na resistência à quinolona mediada por plasmídio (PMQR) foram os mecanismos mais frequentes, produzindo resistência às quinolonas. O grupo filogenético B2 foi o mais encontrado com 54,5% (n=18), seguido pelo grupo B19% (n=3); o grupo não identificado foi responsável por 12,1% (n=4) e os grupos A, C, E e F foram responsáveis por 6,1%. Entre as 33 amostras estudadas, todas tinham pelo menos um fator de virulência, sendo os mais frequentes o iss (n=24), seguido pelo pfA (n=17), gag (n=16), iha (n=12), eilA (n=11) e air (n=10). Conclusão: O SMX-TMP apresentou resistência superior a 30% e a nitrofurantoína manteve altas taxas de sensibilidade, maiores do que 90%. A maioria dos isolados apresentava mutações nas regiões gyrA e parC (QRDR) e os genes aca(6´)-ib-cr e blaCTX M15, pertenciam ao grupo filogenético B2, aos ST131 e ST648 de grande importância epidemiológica, presentes em ITU na comunidade de Londrina. A combinação de genes de resistência a quinolonas associada a genes ESBL diminui o arsenal de antimicrobianos a serem usados em infecções urinárias não complicadas, principalmente na comunidade. Demonstra, assim, a necessidade de estabelecer sistemas de monitoramento locais e nacionais da resistência antimicrobiana no Brasil para fornecer dados às diretrizes de tratamento de ITU na comunidade.
dc.description.abstractother1Background: Urinary tract infection (UTI) is one of the most common causes of visit to medical care. It affects millions of people worldwide. Although the prevalence among elderly men and women is similar, young, sexually active women have a high risk of developing UTI. It is considered uncomplicated cystitis when it affects young women, without functional or structural changes in the urinary tract.E. coli is the causative agent of UTI. Antimicrobial resistance has increased significantly in recent years, and the sensitivity profile varies from region to region. The first-choice antimicrobials treatment used for UTI are sulfamethoxazole-trimetropim (SMX / TMP), nitrofurantoin, fosfomycin and quinolones, in addition to first-generation cephalosporins, and amoxicillin-clavulanate as a choice for pregnant women.Studies show that the sensitivity to SMX-TPM exceeds 30% in several places in the world, being replaced by alternatives in the guidelines.The presence of extended producing beta lactamase bacteria is widely studied in a hospital environment, however, it is known that these bacteria also reached community infections, such as UTI. E. coli ST131 and ST648 are responsible for recurrent UTI that are difficult to treat with antibiotics of first choice due to their high resistance to antimicrobials. Quinolones resistance has reached alarm levels in many places, mainly due to the inappropriate use in uncomplicated UTI.Objective: To characterize the profile of antimicrobials sensitivity to E. coli in urocultures of women treated at Basic Health Units and Emergency Care Units in the city of Londrina. To characterize the molecular resistance mechanisms of isolates resistant to ciprofloxacin, norfloxacin and nalidixic acid and ß-lactams, in addition to knowing the serogroups, ST and the phylogenetic classification of samples resistant to quinolone. Methodology: Urocultures performed by the Central Laboratory (laboratory responsible for performing all urocultures in the municipality) of women attended in the Basic Health and Emergency Care Units of the city of Londrina, were selected over a period of 12 months (June 1, 2016 to may 2017). Positive cultures were selected for evaluation at the University Hospital Laboratory. The identification of isolates and antimicrobial sensitivity tests were performed by the VITEK® 2 Automated System (bioMérieux, France), The samples were characterized by molecular methodologies; the Multiplex Polymerase Chain Reaction (PCR) for qnr genes, molecular typing by ERIC-PCR; Phylogenetic profile and complete sequencing of the genome. Results: 56,555 urine cultures were performed in the period, of which 8,832 were positive, of which 5,377 were women. Of these samples, 4.7% were enterobacteria producing extended- spectrum beta-lactamases (ESBL) and 15.5% resistant to quinolones. SMX-TMP was resistant in more than 30% of the samples in all age groups. Among quinolone-resistant isolates, resistance to cephalothin, ampicillin and sulfamethoxazole-trimethoprim was greater than 60%. Nitrofurantoin was the only antimicrobial that showed 90% of sensitivity. In the thirty- three samples E.coli selected to perform the sequencing, ST131 serotype O25: H4 (n = 8) and ST648 serotype”01: H6 (n = 6) were found more frequently and among the ESBL producing genes, blaCTX M15was the most frequent.The most frequent mechanism of resistance to quinolones were mutations in the Gyr A and Par C (QRDR) regions and the aca(6´)-ib-cr gene in plasmid-mediated quinolone resistance (PMQR). Phylogenetic group B2 was the most found with 54.5% (n = 18), followed by group B19% (n = 3), the unidentified group was responsible for 12.1% (n = 4) and groups A , C, E and F were responsible for 6.1%. Among the thirty-three samples studied, all had at least one virulence factor, the most frequent was iss (n = 24), followed by pfA (n = 17), gag (n = 16), iha (n = 12), eilA (n = 11) and air (n = 10). Conclusion: SMX-TMP resistance was greater than 30% in the study samples. Nitrofurantoin maintains high sensitivity rates greater than 90%. Resistance to quinolones increases proportionally with age, as well ESBL. Most of the isolates had mutations in the gyrA and parC (QRDR) regions and the genes aca(6´)-ib-cr and blaCTX M15, belonged to the phylogenetic group B2, to ST 131 and ST648. his study demonstrated the presence of E.coli ST131 CTX-M-15 strains, of great epidemiological importance, present in ITU in the community of Londrina. The combination of quinolone resistance genes associated with ESBL genes decreases the arsenal of antimicrobials to be used in uncomplicated urinary infections, especially in the community. Thus demonstrating the need to establish local and national monitoring systems for antimicrobial resistance in Brazil to provide data for the treatment guidelines for UTI in the community.
dc.identifier.urihttps://repositorio.uel.br/handle/123456789/17443
dc.language.isopor
dc.relation.departamentCCS - Departamento de Clínica Médica
dc.relation.institutionnameUniversidade Estadual de Londrina - UEL
dc.relation.ppgnamePrograma de Pós-Graduação em Ciências da Saúde
dc.subjectInfecção do trato urinário
dc.subjectBacteriúria
dc.subjectResistência
dc.subjectEscherichia coli
dc.subjectUropatogênica
dc.subjectInfecção urinária
dc.subjectInfecção urinária - Tratamento
dc.subjectE. coli - Caracterização
dc.subjectQuinolomas - Resistência
dc.subject.capesCiências da Saúde - Medicina
dc.subject.keywordsUrinary Tract Infection
dc.subject.keywordsBacteriuria
dc.subject.keywordsDrug resistance
dc.subject.keywordsUropathogenic
dc.subject.keywordsEscherichia coli
dc.subject.keywordsUrinary infection
dc.subject.keywordsUrinary infection - Treatment
dc.subject.keywordsE. coli - Characterization
dc.subject.keywordsQuinolomas - Resistance
dc.titleAvaliação da sensibilidade aos antimicrobianos e caracterização molecular de e. coli isoladas de uroculturas de mulheres atendidas em unidades básicas de saúde e pronto atendimento no município de Londrina
dc.typeTese
dcterms.educationLevelDoutorado
dcterms.provenanceCentro de Ciências da Saúde

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