Caracterização epidemiológica e molecular de Klebsiella Pneumoniae e providencia Stuartii de isolados de pacientes de um hospital de referência de COVID-19 do sul do Brasil

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dc.contributor.advisorVespero, Eliana Carolina
dc.contributor.authorMagalhães, Gerusa Luciana Gomes
dc.contributor.bancaPerugini, Márcia Regina Eches
dc.contributor.bancaCarrara, Floristher Elaine
dc.contributor.bancaTano, Zuleica Naomi
dc.contributor.bancaRechenchoski, Daniele Zendrini
dc.coverage.extent88 p.
dc.coverage.spatialLondrina
dc.date.accessioned2024-11-27T17:52:29Z
dc.date.available2024-11-27T17:52:29Z
dc.date.issued2023-04-20
dc.description.abstractA emergência e disseminação de resistência às polimixinas em Klebsiella pneumoniae está aumentando em todo o mundo, tornando–se um sério problema de saúde pública. Também, durante a pandemia de COVID-19, Providencia stuartii resistentes aos carbapenêmicos (PsCR) tornou-se um sério problema na terapia antimicrobiana. Neste contexto, este trabalho teve como objetivos caracterizar K.pneumoniae isoladas da corrente sanguinea (ICS) resistentes aos carbapenêmicos e às polimixinas (KpnCRPR) de 2015 à 2020 e investigar o aumento de cepas de PsCR de abril a setembro de 2021 de pacientes do Hospital Universitário de Londrina (HU-UEL). Foram estudados 44 isolados de KpnCRPR e 21 isolados de PsCR. As amostras foram identificadas pelo sistema de automação Vitek2®. O sequenciamento completo do genoma foi realizado de acordo com os protocolos e a plataforma Illumina. As bases de dados Enterobase, MLST, NCBI e GenBank foram utilizadas para a análise do sequenciamento. O sequenciamento de KpnCRPR mostrou que todos os isolados apresentaram blaKPC-2, blaTEM 1D e blaSHV-11 e resistência às polimixinas devido o gene mrgB. O sequence Type (ST) 11 foi identificado em 40 (91%) e ST 258 em 4 (9%) isolados. KpnCRPR apresentaram 5 grupamentos principais, com pequenas variabilidades genéticas nos grupos D e E. O índice de comorbidade de Charlson mostrou que 68,1% dos pacientes com ICS tinham pontuação > 2. Todos os pacientes foram submetidos a algum tipo de procedimento invasivo, como: cateter venoso central (CVC) 77,3%, ventilação mecânica (VM) 72,7%, sonda vesical de demora (SVD) 34,1% e hemodiálise (HD) 22,7%. O uso prévio de polimixinas foi observado em 72,7% dos pacientes e 59% evoluíram para óbito. Os isolados de PsCR apresentaram a enzima NDM-1 e relação clonal acima de 87% de similaridade genética entre os isolados, determinada pelo ERIC-PCR. Quando comparados os dados clínicos dos pacientes com infecção por P. stuartii NDM-1 com P. stuartii não NDM-1, os resultados significativos foram: COVID-19 positivo (p = 0,013); uso de procedimentos invasivos como: CVC (p = 0,012), VM (p= 0,006), HD (p= 0,033) e SVD (p= <001). O uso prévio de aminoglicosídeos (p= 0,025), polimixinas (p= 0,038), tigeciclina (p= 0,033), vancomicina (p= 0,045); e o desfecho clínico óbito (p= 0,021). Diante dos resultados obtidos, concluímos que estudos moleculares de isolados de interesse clínico fornecem uma compreensão da diversidade genética da população bacteriana, contribuindo com informações importantes para controle da disseminação destes mecanismos de resistência no ambiente hospitalar
dc.description.abstractother1The emergence and spread of polymyxin resistance in Klebsiella pneumoniae is increasing worldwide, becoming a serious public health problem. Also, during the COVID-19 pandemic, carbapenem-resistant Providencia stuartii (PsCR) has become a serious problem in antimicrobial therapy. In this context, this study aimed to characterize K.pneumoniae isolated from the bloodstream (BSI) resistant to carbapenems and polymyxins (KpnCRPR) from 2015 to 2020 and to investigate the increase in PsCR strains from April to September 2021 in patients at Hospital University of Londrina (HU-UEL). 44 KpnCRPR and 21 PsCR isolates were studied. The samples were identified by the Vitek2® automation system. Whole genome sequencing was performed according to the Illumina platform and protocols. Enterobase, MLST, NCBI and GenBank databases were used for sequencing analysis. KpnCRPR sequencing results showed that all isolates showed blaKPC-2, blaTEM 1D and blaSHV-11 and polymyxin resistance due to the mrgB gene. Sequence Type (ST) 11 was identified in 40 (91%) and ST 258 in 4 (9%) isolates. KpnCRPR had 5 main clusters, with small genetic variability in groups D and E. Charlson's comorbidity index showed that 68.1% of patients with BSI had a score > 2. All patients underwent some type of invasive procedure such as: central venous catheter (CVC) 77.3%, mechanical ventilation (MV) 72.7%, indwelling urinary catheter (SVD) 34.1% and hemodialysis (HD) 22.7%. Previous use of polymyxins was observed in 72.7% of patients and 59% died. PsCR isolates showed NDM-1 enzyme and clonal relationship above 87% of genetic similarity between isolates, determined by ERIC-PCR. When comparing the clinical data of patients with P. stuartii NDM-1 infection with non-NDM-1 P. stuartii, the significant results were: positive COVID-19 (p= 0.013); use of invasive procedures such as: CVC (p= 0.012), MV (p= 0.006), HD (p= 0.033) and SVD (p= <001). Previous use of aminoglycosides (p= 0.025), polymyxins (p= 0.038), tigecycline (p= 0.033), vancomycin (p= 0.045); and the clinical outcome death (p= 0.021). In view of the results obtained, we conclude that molecular studies of isolates of clinical interest provide an understanding of the genetic diversity of the bacterial population, contributing with important information to control the dissemination of these resistance mechanisms in the hospital environment
dc.identifier.urihttps://repositorio.uel.br/handle/123456789/18485
dc.language.isopor
dc.relation.departamentCCS - Departamento de Clínica Médica
dc.relation.institutionnameUniversidade Estadual de Londrina - UEL
dc.relation.ppgnamePrograma de Pós-Graduação em Fisiopatologia Clínica e Laboratorial
dc.subjectProvidencia stuartii
dc.subjectKlebsiella pneumoniae
dc.subjectCarbapenemases
dc.subjectNDM
dc.subjectKPC
dc.subjectFisiopatologia clínica
dc.subjectTerapia antimicrobiana
dc.subjectBactérias
dc.subject.capesCiências da Saúde - Medicina
dc.subject.cnpqCiências da Saúde - Medicina
dc.subject.keywordsProvidencia stuartii
dc.subject.keywordsKlebsiella pneumoniae
dc.subject.keywordsCarbapenemases
dc.subject.keywordsNDM
dc.subject.keywordsKPC
dc.subject.keywordsClinical pathophysiology
dc.titleCaracterização epidemiológica e molecular de Klebsiella Pneumoniae e providencia Stuartii de isolados de pacientes de um hospital de referência de COVID-19 do sul do Brasil
dc.title.alternativeEpidemiological and molecular characterization of Klebsiella Pneumoniae and providencia Stuartii of isolates from patients at a covid-19 reference hospital in southern Brazil
dc.typeTese
dcterms.educationLevelDoutorado
dcterms.provenanceCentro de Ciências da Saúde

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