Validação de marcadores microssatélites e diversidade genética de acessos de Coffea arabica provenientes da Etiópia
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Resumo
Resumo: O café é uma valiosa commodity agrícola, sendo sua bebida a mais popular do mundo Em Coffea arabica, o desenvolvimento de novas cultivares é demorado podendo levar mais de 2 anos Além disso, a estreita base genética de C arabica dificulta a obtenção de cultivares resistentes a pragas e a doenças, ou tolerantes a estresses abióticos Sabe-se que o uso de germoplasmas exóticos em programas de melhoramento pode aumentar a variabilidade genética das variedades cultivadas Os acessos selvagens de C arabica geneticamente distantes das variedades cultivadas proporcionam novos alelos para enriquecer sua variabilidade genética Assim, a utilização de marcadores moleculares para análise da diversidade e seleção de genótipos representa uma importante ferramenta para auxiliar o melhoramento e tentar diminuir esses problemas Visando aumentar o número de marcadores moleculares disponíveis, neste trabalho foi realizada uma análise in silico para a busca de marcadores microssatélites (SSR) a partir de dados de RNA-seq de Iapar 59 e de sequências de BACs de Hibrido de Timor 832/2 A análise in silico resultou em 23 motivos SSR que foram classificados quanto à natureza e frequência Os motivos di-, tri- e tetranucleotídeos juntamente com as classes (AT)n, (TA)n, (GA)n e (TC)n foram identificados como os mais frequentes para ambos os genótipos Junto aos 58 novos SSR, 77 SSR foram selecionados a partir de uma extensa revisão bibliográfica sobre SSR em C arabica e/ou C canephora Foram construídos primers iniciadores para 135 SSR, dos quais 122 resultaram em produtos de amplificação e 31 foram polimórficos em um painel de 24 acessos do centro primário de origem da espécie Desses, 2 SSR foram altamente informativos com valores de PIC acima de ,7, e sete foram descritos pela primeira vez Um total de 165 alelos foram obtidos com média de 5,3 alelos por loco O estudo de diversidade e estrutura genética dos acessos da Etiópia separou os genótipos em três grupos, não havendo separação geográfica dos acessos entre as regiões Sudeste e Sudoeste do Vale do Rift
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Palavras-chave
Café, Melhoramento genético, Café, Mapeamento cromossômico, Café, Agricultural biotechnology, Coffee, Coffee, Coffee, Biotechnology, Breeding, Gene mapping