01 - Doutorado - Genética e Biologia Molecular

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Navegando 01 - Doutorado - Genética e Biologia Molecular por Autor "Assis, Rafael de"

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    DNAs repetitivos em genomas de Solanaceas: Capsicum e Solanum como modelos de estudo
    (2023-03-09) Assis, Rafael de; Vanzela, André Luis Laforga; Rosa, Renata da; Souza, Thaíssa Boldieri de; Silva, Paulo Roberto da; Guyot, Romain
    Os genomas vegetais são compostos principalmente por sequências repetitivas. Elementos transponíveis (ETs), que formam a parte móvel dos genomas, são classificados de acordo com seu mecanismo de transposição (Classes I e II), estes podem acumular diferencialmente dependendo do grupo vegetal. A fração repetitiva não codificante, representada pelas sequências satélite tendem a se acumular em blocos ao longo dos cromossomos. Algumas regiões cromossômicas tendem a ser hotsposts para o acúmulo de sequências repetitivas, como por exemplo os centrômeros e as regiões terminais. A família Solanaceae apresenta distribuição cosmopolita, e espécies com grande valor econômico, como por exemplo as batatas, tomates, berinjelas, pimentas, tabaco, entre outras. Devido a esse grande impacto econômico, muitas das espécies já possuem seu sequenciamento genômico disponível em repositórios online. Os gêneros Capsicum L e Solanum L. são próximas filogeneticamente. As pimentas e pimentões pertencem ao gênero Capsicum L, enquanto o gênero Solanum L. possui a maior diversidade, com mais de 1.500 espécies descritas, as quais inclui o tomate cultivado e as espécies selvagens. Mesmo sendo espécies com grande valor comercial, alguns pontos ainda permanecem poucos explorados, como por exemplo as sequências de DNA satélite que compõe esses genomas e sua localização em espécies próximas, bem como a diversidade de sequências repetitivas presente nos centrômeros. Diante disso, o objetivo geral deste trabalho foi avaliar frações repetitivas em grupos distintos dentro da família Solanaceae, utilizando como organismos modelo as pimentas e os tomates. Para isso, foram utilizadas ferramentas de bioinformática para identificar essa fração em sequenciamento de alta cobertura e métodos de citogenética molecular para a localização física. Com base na mineração de sequências altamente repetitivas, foi possível identificar duas famílias de DNA satélite que se encontram acumuladas em regiões distais dos cromossomos de Capsicum, que previamente eram descritas como sendo compostas por sequencias derivadas de DNAr que formavam um megassatelite. Essas famílias de DNA satélite diferem entre si quanto ao número de sítios hibridizados nos cromossomos de Capsicum, bem como na sua provável origem. Foi possível também identificar os elementos de transposição e as sequências de DNA satélite que compõem as prováveis regiões centroméricas de espécies de Solanum que formam o clado das espécies de tomate. As análises mostraram que espécies de tomate apresentam poucas cópias da linhagem de retrotransposon CRM, que esta frequentemente associada a região centromérica, associada a essa região está o retrotransposon-like TGR4 e o elemento Jinling