Estrutura, diversidade e distribuição cromossômica de LTR-retrotransposons em Coffea arabica e seus genomas parentais

dataload.collectionmapped01 - Doutorado - Genética e Biologia Molecularpt_BR
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dc.contributor.advisorVanzela, André Luis Laforga [Orientador]pt_BR
dc.contributor.authorNunes, Renata de Castropt_BR
dc.contributor.bancaGuyot, Romainpt_BR
dc.contributor.bancaDomingues, Douglas Silvapt_BR
dc.contributor.bancaPaschoal, Alexandre Rossipt_BR
dc.contributor.bancaPereira, Luiz Filipe Protasiopt_BR
dc.contributor.bancaDias, Ana Lúciapt_BR
dc.contributor.coadvisorGuyot, Romain [Coorientador]pt_BR
dc.coverage.spatialLondrinapt_BR
dc.date.accessioned2024-05-01T11:39:52Z
dc.date.available2024-05-01T11:39:52Z
dc.date.created2018.00pt_BR
dc.date.defesa23.02.2018pt_BR
dc.description.abstractResumo: LTR-retrotransposons (LTR-RT) são abundantes nos genomas das plantas, sendo Gypsy e Copia os mais representativos A região centromérica acumula diferentes arranjos de sequências repetitivas, como DNA satélite e retrotransposons Neste estudo foram triados LTR-RT da família CRM, baseado em domínios conservados da gag-POL nos genomas de Coffea canephora, C eugenioides e C arabica Essas sequências foram anotadas e comparadas para verificar a diversidade desses elementos nos três genomas, e entender a dinâmica dos CRM na formação do híbrido Adicionalmente, sondas foram preparadas para a localização física de CRM por FISH Gypsy representou a maioria dos retrotransposons (>5%), sendo que dessa fração, CRM representou ~2% A comparação dos domínios conservados da transcriptase reversa de CRM permitiu caracterizar dez grupos de retrotransposons centroméricos de Coffea (CRC), com >99% de identidade Esses foram chamados de A, B, C, D, E, F, G, H, X e Y A comparação da posição dos domínios conservados, usando a análise gráfica do Mauve, confirmou esses grupos Exceto pelo grupo A, os demais CRC não apresentaram cromodomínio, mas exibiram a cadeia poli-A e o CR motif Apenas o grupo D em C canephora e Y em C arabica foram espécie-específicos A FISH com a sonda da transcriptase reversa de CRM mostrou sinais acumulados preferencialmente nas regiões proximais nos três genomas Contudo, C eugenioides mostrou menos sinais intersticiais em relação às outras duas espécies Os sinais de hibridização foram heterogêneos nas três espécies, com diferenças na intensidade dos sinais centroméricos, distribuição dispersa, além de ausência de sinais em alguns cromossomos Em geral, os sinais de FISH foram colocalizados com a heterocromatina DAPI +, comum nas regiões proximais de C canephora e C arabica Nossos resultados mostram que a família CRM é diversa nos genomas de Coffea, seja do ponto de vista da estrutura do LTR-RT de cada CRC, como também da ocorrência e distribuição cariotípica, com sinais fora das regiões proximais, além de diferenças nos tamanhos Apesar dessa diversidade, os cromossomos com sinais proximais mais intensos observados em C canephora e C eugenioides, também foram vistos em C arabica, o que fortalece a hipótese da origem desse híbridopt_BR
dc.description.abstractother1Abstract: LTR-retrotransposons (LTR-RT) are abundant in plant genomes; Gypsy and Copia are the most representative The centromeric region accumulates different arrangements of repetitive sequences, such as satellite DNA and retrotransposons In this study, LTR-RT of the CRM family were screened based on the gag-POL conserved domains in Coffea canephora, C eugenioides and C arabica genomes These sequences were annotated and compared to assess the diversity of these elements in the three genomes, and understand CRM dynamics in the formation of the hybrid Additionally, probes were prepared for physically locating CRM using FISH Gypsy represented the majority of retrotransposons (>5%), from which CRM represented ~2% The comparison between the conserved domains of CRM reverse transcriptase allowed the characterization of ten groups of centromeric retrotranspons of Coffea (CRC) with >99% identity These groups were called A, B, C, D, E, F, G, H, X and Y Comparison between the conserved domain position, using graphic analysis in Mauve, confirmed these groups Except for group A, the remainder of the CRC did not possess chromodomain, but exhibited poli-A chain and CR motif Only group D in C canephora and Y in C arabica were species-specific FISH with CRM reverse transcriptase showed preferentially accumulated signals in the proximal regions in all three genomes However, C eugenioides showed less interstitial signals in relation to the other two species Hybridization signals were heterogeneous in the three species, with differences in the intensity of centromeric signals, dispersed distribution and signal absence in some chromosomes In general, FISH signals were colocalized with DAPI+ heterochromatin, commonly observed in the proximal regions of C canephora and C arabica These results show the CRM family is diverse in Coffea genomes whether regarding structure of each CRC LTR-RT or karyotypic occurence and distribution, with signals outside proximal regions as well as different in size Despite this diversity, chromosomes with more intense proximal signals, observed in C canephora and C eugenioides, were also seen in C arabica, which supports the hypothesis of this hybrid’s originpt_BR
dc.description.notesTese (Doutorado em Genética e Biologia Molecular) - Universidade Estadual de Londrina, Centro de Ciências Biológicas, Programa de Pós-Graduação em Genética e Biologia Molecularpt_BR
dc.identifier.urihttps://repositorio.uel.br/handle/123456789/8715
dc.languagepor
dc.relation.coursedegreeDoutoradopt_BR
dc.relation.coursenameGenética e Biologia Molecularpt_BR
dc.relation.departamentCentro de Ciências Biológicaspt_BR
dc.relation.ppgnamePrograma de Pós-Graduação em Genética e Biologia Molecularpt_BR
dc.subjectCafé arábicapt_BR
dc.subjectCafépt_BR
dc.subjectAnálisept_BR
dc.subjectCromovíruspt_BR
dc.subjectDiversidade genéticapt_BR
dc.subjectCoffea arabicapt_BR
dc.subjectCentromerespt_BR
dc.subjectChromoviruspt_BR
dc.subjectCoffee - Diversity genetic - Analysispt_BR
dc.titleEstrutura, diversidade e distribuição cromossômica de LTR-retrotransposons em Coffea arabica e seus genomas parentaispt_BR
dc.typeTesept_BR

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