Ressequenciamento de genomas de cultivares brasileiras de soja: análise estrutural e associativa

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dc.contributor.advisorAbdelnoor, Ricardo Vilela
dc.contributor.authorSantos, João Vitor Maldonado dos
dc.contributor.bancaValliyodan, Babu
dc.contributor.bancaBarros, Everaldo Gonçalves de
dc.contributor.bancaCarvalho, Mayra Costa da Cruz Gallo de
dc.contributor.bancaMarcelino-Guimarães, Francismar Corrêa
dc.contributor.bancaDomingues, Douglas Silva
dc.contributor.coadvisorNguyen, Henry T.
dc.coverage.extent113 p.
dc.coverage.spatialLondrina
dc.date.accessioned2024-09-24T17:50:44Z
dc.date.available2024-09-24T17:50:44Z
dc.date.issued2015-03-12
dc.description.abstractA soja [Glycine max (L.) Merrill] é uma das mais importantes leguminosas cultivadas no mundo devido sua importância na alimentação humana, animal e produção de biocombustíveis. Desde que seu genoma foi sequenciado, aumentou-se o interesse por estudos de variações alélicas e estruturais ligadas a importantes características agronômicas e associadas à resistência a patógenos. Neste trabalho, foram ressequenciados 28 cultivares brasileiras com o objetivo de investigar sua base genética e análise de associação ampla do genoma para identificar importantes variações alélicas ligadas a resistência contra nematoide de cisto, nematoide de galha e cancro da haste. Foram identificados 1.329.844 indels e 5.868.344 SNPs, sendo 10.079 SNPs relacionados à resistência as três doenças. Uma estrutura homogênea foi observada na base genética nacional, com a presença de possíveis regiões sob processo de seleção positiva. Ainda, regiões contendo CNVs foram identificadas no genoma da soja. Os resultados indicam que apesar da base genética nacional estar se diversificando, ainda continua estreita, o que aumenta a necessidade de utilização de acessos de outras localidades para aumentar a variabilidade da base genética da soja brasileira. As variações alélicas relacionadas à resistência a doenças possuem aplicação direta para programas de melhoramento, devendo ser validadas futuramente. Por fim, os CNVs detectados podem contribuir significativamente no aumento da produtividade, e ainda estar relacionados à seleção de combinações que levam a uma resistência maior dos genótipos analisados contra as doenças estudadas. Uma análise mais aprofundada de tais variações estruturais torna-se importante em futuros trabalhos.
dc.description.abstractother1Worldwide, soybean [Glycine max (L) Merrill] is one of the most important crops due to the major importance in human food, animal feed and biofuel production. Since its reference genome was sequenced, interest has grown on structural and allelic variation that can be related to important agronomical traits and resistance against pathogens. In this study, we re-sequenced 28 Brazilian soybean cultivars to investigate the genetic base and a GWA analysis to identify important allelic variation related to resistance against soybean cyst nematode, root-knot nematode and stem canker. We identified 1,329,844 indels and 5,868,344 SNPs, being 10,079 SNPs related to resistance mechanisms against the three diseases analyzed in this work. A homogeneous structure can be observed in the Brazilian genetic basis, with the presence of possible regions under positive selection processes. Additionally, CNVs regions were also detected on soybean genome. The results suggested that despite the fact that Brazilian soybeans are diversifying, the genetic base is still narrow, which underline the need to introduce new exotic alleles from other germplasm in Brazilian genetic basis. Furthermore, allelic variations related to resistance against diseases have directly application for breeding programs and should be validated. Finally, the CNVs detected in this work could play a key role for increase the Brazilian soybean production, and may also be related to resistance mechanisms against the analyzed diseases.
dc.identifier.urihttps://repositorio.uel.br/handle/123456789/17729
dc.language.isopor
dc.relation.departamentCCB - Departamento de Biologia Geral
dc.relation.institutionnameUniversidade Estadual de Londrina - UEL
dc.relation.ppgnamePrograma de Pós-Graduação em Genética e Biologia Molecular
dc.subjectGlycine max
dc.subjectVariação alélica
dc.subjectGWAS
dc.subjectDiversidade genética
dc.subjectSeleção positiva desequilíbrio de ligação
dc.subjectCNVs
dc.subject.capesCiências Biológicas - Genética
dc.subject.cnpqCiências Biológicas - Genética
dc.subject.keywordsGlycine max
dc.subject.keywordsAllelic variation
dc.subject.keywordsGWAS
dc.subject.keywordsGenetic diversity
dc.subject.keywordsPurifying selection
dc.subject.keywordsLinkage disequilibrium
dc.subject.keywordsCNVs
dc.titleRessequenciamento de genomas de cultivares brasileiras de soja: análise estrutural e associativa
dc.title.alternativeReassessment of genomes of Brazilian soybean cultivars: structural and associative analysis
dc.typeTese
dcterms.educationLevelDoutorado
dcterms.provenanceCentro de Ciências Biológicas

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