Taxonomia bacteriana na era genômica e a descrição de dez novas espécies de Bradyrhizobium

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dc.contributor.advisorHungria, Mariangela [Orientador]pt_BR
dc.contributor.authorKlepa, Milena Serenatopt_BR
dc.contributor.bancaBatista, Jesiane Stefânia da Silvapt_BR
dc.contributor.bancaNogueira, Marco Antoniopt_BR
dc.contributor.bancaRibeiro, Renan Augustopt_BR
dc.contributor.bancaHelene, Luisa Caroline Ferrazpt_BR
dc.coverage.spatialLondrinapt_BR
dc.date.accessioned2024-05-01T12:09:43Z
dc.date.available2024-05-01T12:09:43Z
dc.date.created2022.00pt_BR
dc.date.defesa30.08.2022pt_BR
dc.description.abstractResumo: Os rizóbios são bactérias amplamente difundidas nos solos e contribuem significativamente para o aporte de nitrogênio em ambientes naturais e agrícolas pela simbiose com plantas leguminosas No entanto, a magnitude da diversidade desses microrganismos, juntamente com suas propriedades metabólicas e evolutivas, ainda está longe de ser totalmente decifrada Identificar, classificar e nomear bactérias seguindo critérios específicos é tarefa da taxonomia, uma ciência que é realizada desde a década de 187, mas que tem sido revolucionada com o progresso tecnológico Os objetivos deste trabalho foram estudar como a taxonomia bacteriana evoluiu e as implicações na taxonomia de rizóbios, além da descrição de dez novas espécies de Bradyhrizobium, um gênero amplamente conhecido pela interação bem-sucedida com a soja, além de várias outras espécies de leguminosas, particularmente nos trópicos O capítulo I se refere a uma revisão bibliográfica na qual são detalhados os caminhos que a taxonomia bacteriana percorreu até chegar à era genômica São abordados ainda os requisitos necessários para a descrição de novas espécies bacterianas, desde as técnicas comumente utilizadas, até as regras estabelecidas por comitês de taxonomia bacteriana Para finalizar, analisa-se como isso impactou no número de espécies bacterianas e na compreensão da diversidade e evolução dos rizóbios Os capítulos II, III e IV envolvem a descrição de dez novas espécies de Bradyrhizobium, nomeadas como B archetypum, B australiense, B murdochi, B agreste, B diversitatis, B glycinis, B australafricanum, B cenepequi, B hereditatis e B semiaridum, as quais foram isoladas de nódulos radiculares de leguminosas da Austrália e da África do Sul As estirpes estudadas foram diferenciadas das demais espécies do gênero por uma abordagem polifásica, incluindo aspectos filogenéticos, genômicos e fenotípicos Além disso, foi possível identificar a existência de três novos simbiovares no gênero, grupos de estirpes que podem se assemelhar por filogenia de genes simbióticos ou planta hospedeira, os quais foram nomeados como sv cenepequi, sv glycinis, e sv cajani, de acordo com o nome da espécie da estirpe que ocupava a posição central no ramo da filogenia dos genes de nodulação nodC e de fixação de nitrogênio nifH O primeiro capítulo revela a importância da taxonomia bacteriana como uma ciência colaborativa e dinâmica, que vem sendo alterada com o passar do tempo Além disso, a reunião de informações acerca da taxonomia bacteriana e descrição de novas espécies podem servir como um guia para microbiologistas e taxonomistas Os resultados obtidos nos capítulos II, III e IV, contribuem com informações sobre a diversidade do gênero Bradyrhizobium, mais especificamente, sobre aspectos metabólicos, evolutivos e genômicos Destaca-se a importância de tais estudos na microbiologia do solo para a compreensão de quem são os habitantes do solo, a sua variabilidade genética, seus aspectos evolutivos e quais interações realizam, de modo a revelar estirpes que possam ser exploradas biotecnologicamentept_BR
dc.description.abstractother1Abstract: Rhizobia are globally widespread bacteria in soils and contribute significantly to the nitrogen input into the biosphere via symbiosis with leguminous plants However, the magnitude of the rhizobial diversity and their metabolic and evolutionary properties are still far from being fully known Taxonomy is the science responsible for identifying, classifying and naming organisms following specific rules; it has been carried out since the 187s and has been revolutionized by technological progress This thesis aimed to study how the taxonomy of bacteria evolved and the implications on the taxonomy of rhizobia; in addition, ten new species of Bradyhrizobium were described, a genus widely known for its successful interaction with the soybean crop and several other legumes, with an emphasis on the tropics The first chapter is a review where we detail the evolution of the taxonomy of bacteria until the genomic era We also address requirements and techniques commonly used for the description of new species, and the rules established by bacterial taxonomy committees Finally, the impact on the number of bacterial species and on the diversity and evolution of rhizobia were analyzed Chapters II, III and IV involved the description of ten new species of Bradyrhizobium named as B archetypum, B australiense, B murdochi, B agreste, B diversitatis, B glycinis, B australafricanum, B cenepequi, B hereditatis and B semiaridum, which were isolated from root nodules of leguminous plants from Australia and South Africa The strains under study were separated from the other species of the genus using a polyphasic approach based on phylogenetic, genomic and phenotypic aspects In addition, three new symbiovars were identified in the genus, representing groups of strains that may resemble each other by the phylogeny of symbiotic genes or host range The new symbiovars were named as sv cenepequi, sv glycinis, and sv cajani, according to the name of the species with a central position in the branch of the nodulation nodC and nitrogen fixation nifH genes phylogenies The first chapter points out the importance of the taxonomy of bacteria as a collaborative and dynamic science, which has changed over time In addition, the information about taxonomy and description of new species can be used as a guide for microbiologists and taxonomists Chapters II, III and IV provide information about the diversity of the genus Bradyrhizobium; more specifically, on metabolic, evolutionary and genomic aspects Such studies are important in soil microbiology to show the soil bacterial population, their genetic variability, evolutionary aspects and interactions, in order to reveal strains that can be explored for biotechnological purposespt_BR
dc.description.notesTese (Doutorado em Microbiologia) - Universidade Estadual de Londrina, Centro de Ciências Biológicas, Programa de Pós-Graduação em Microbiologiapt_BR
dc.identifier.urihttps://repositorio.uel.br/handle/123456789/9686
dc.languagepor
dc.relation.coursedegreeDoutoradopt_BR
dc.relation.coursenameMicrobiologiapt_BR
dc.relation.departamentCentro de Ciências Biológicaspt_BR
dc.relation.ppgnamePrograma de Pós-Graduação em Microbiologiapt_BR
dc.subjectMicrobiologiapt_BR
dc.subjectSequenciamento de genomaspt_BR
dc.subjectLeguminosapt_BR
dc.subjectRizóbiospt_BR
dc.subjectTaxonomia bacterianapt_BR
dc.subjectMicrobiologypt_BR
dc.subjectBacterial taxonomypt_BR
dc.subjectGenome sequencingpt_BR
dc.titleTaxonomia bacteriana na era genômica e a descrição de dez novas espécies de Bradyrhizobiumpt_BR
dc.typeTesept_BR

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