Análise dos genes VP6 e VP7 de cepas de rotavírus identificadas em frangos de corte com síndrome da má absorção

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dc.contributor.advisorAlfieri, Amauri Alcindo
dc.contributor.authorGallego, Jéssica Cristhine
dc.contributor.bancaDall Agnol, Alaís Maria
dc.contributor.bancaLorenzetti, Elis
dc.contributor.bancaLunardi, Michele
dc.contributor.bancaTakiuchi, Elisabete
dc.coverage.extent131 p.
dc.coverage.spatialLondrina - PR
dc.date.accessioned2025-05-08T15:22:48Z
dc.date.available2025-05-08T15:22:48Z
dc.date.issued2023-02-28
dc.description.abstractRotavírus (RV) é uma das mais importantes etiologias de infecções entéricas em diferentes espécies de mamíferos e aves. RV é um vírus não envelopado, composto por 11 segmentos de RNA fita dupla que codificam seis proteínas estruturais (VP) e cinco a seis proteínas não estruturais. A VP mais abundante é a VP6 que define a espécie viral. VP4 e VP7 induzem anticorpos neutralizantes e, por isso, utilizadas para a classificação das cepas virais em genotipos P e G, respectivamente. Características antigênicas e moleculares de cepas de campo podem ser utilizadas para o conhecimento da evolução viral, rearranjos genômicos e a transmissão interespécies. RV identificados em aves são classificados em quatro espécies distintas, denominadas como RVA, RVD, RVF e RVG. Assim como em mamíferos, RVA também é a espécie mais descrita em aves. As espécies RVD, RVF e RVG, até o momento, foram identificadas exclusivamente em hospedeiros aviários. Estudos relacionados à caracterização molecular de cepas de RV identificados em espécies aviárias não são frequentes comparativamente às cepas provenientes de mamíferos. Este estudo teve por objetivo realizar a caracterização molecular em cepas de campo de RV aviário. Foram utilizadas 55 amostras individuais de conteúdo intestinal de frangos de corte com uma a duas semanas de idade que apresentavam quadro clínico de diarreia e síndrome da má absorção. Em estudo anterior, todas as amostras haviam sido previamente identificadas como positivas para RV por meio da técnica de eletroforese em gel de poliacrilamida. O objetivo do primeiro estudo foi determinar as espécies de RV aviário.Foi realizado por meio da amplificação parcial do gene VP6 com primers específicos para as espécies RVA, RVD, RVF e RVG. Posteriormente, foi realizado o sequenciamento dos amplicons com o objetivo de determinar a caracterização molecular e filogenética do gene VP6 (genotipo I) das cepas virais incluídas no estudo. Adicionalmente, no segundo estudo o objetivo foi determinar o gene VP7 (genotipo G) de 10 cepas de campo pertencentes ao RVA e de nove cepas ao RVD. Das 55 amostras positivas para RV incluídas no estudo em 10, 18 e 28 amostras foi possível à amplificação parcial do gene VP6 de RVA, RVD e RVF, respectivamente. Análises filogenéticas realizadas nos produtos do gene VP6 amplificados por RT-PCR possibilitaram classificar as 10 cepas de RVA no genotipo I11. Já as cepas de RVD e RVF apresentaram 89% e 93 a 98% de identidade de nucleotídeos (nt), respectivamente, com outras cepas disponíveis no GenBank descritas no Brasil e no mundo. Com relação às análises realizadas no produto da amplificação parcial do gene VP7 as cepas de RVA apresentaram 95 a 97% de identidade de nt com cepas que pertencem ao genotipo G19. A identidade de nt das nove cepas de RVD incluídas nas análises do gene VP7 apresentaram de 89 a 91% de identidade de nt com cepas de RV aviário descritas no Brasil e disponíveis no GenBank e 85% com a cepa protótipo 05V0049. Considerando as diversidades moleculares e antigênicas já descritas em cepas de RV, o monitoramento dos genotipos mais prevalentes em cepas de RV aviários é essencial para o desenvolvimento de ações em saúde animal e de biosseguridade para a avicultura nacional.
dc.description.abstractother1Rotavirus (RV) is one of the most important etiologies of enteric infections in different species of mammals and birds. RV is a non-enveloped virus composed of 11 segments of double-stranded RNA that encode six structural proteins (VP) and five to six nonstructural proteins. The most abundant VP is the VP6 that defines the viral species. VP4 and VP7 induce neutralizing antibodies and are therefore used to classify RV strains into P and G genotypes, respectively. Antigenic and molecular characteristics of RV field strains can be used to understand viral evolution, genomic rearrangements, and interspecies transmission. Avian RV is classified into four distinct species identified as RVA, RVD, RVF, and RVG. As in mammals, RVA is also the most described RV in avian species. The RVD, RVF, and RVG species have so far been identified exclusively in avian hosts. Studies related to the molecular characterization of RV strains identified in avian species, in comparison with RV strains from mammals, are not frequent. This study aimed to perform molecular studies on field strains of avian RV. In a previous study, all fecal samples were previously identified as RV-positive using the polyacrylamide gel electrophoresis technique. Fifty-five samples of individual intestinal contents from 1 to 2 weeks old broiler chickens with clinical signs of diarrhea and malabsorption syndrome were evaluated. The aim of the first study was to determine the presence of RV species through the partial amplification of the VP6 gene with specific primers for the avian RVA, RVD, RVF, and RVG species. Next, the sequencing analysis of the amplicons was carried out to determine the molecular and phylogenetic characterization of the VP6 gene (genotype I). Additionally, in the second study, the VP7 gene (genotype G) of 10 RV strains classified as RVA and 9 strains as RVD was partially amplified and sequenced. Of the 55 RV-positive samples in 10, 18, and 28 samples it was possible to partially amplify by RT-PCR assay the VP6 gene of RVA, RVD, and RVF, respectively. Phylogenetic analyzes performed on the VP6 amplicons enable the classification of the 10 RVA strains in genotype I11. The RVD and RVF strains showed 89% and 93 to 98% nucleotide (nt) identity, respectively, with other RV strains available on GenBank described in Brazil and worldwide. Regarding the analysis performed on the product of the partial amplification of the VP7 gene, the RVA strains showed 95 to 97% nt identity with RV strains belonging to the G19 genotype. The nt identity of the nine RVD strains included in the VP7 gene analyzes showed 89 to 91% nt identity with other RVD strains from Brazil available on GenBank and 85% with the prototype strain 05V0049. Considering the molecular and antigenic diversities already described in RV strains, the monitoring of most prevalent genotypes in avian RV strains is essential for the development of actions in animal health and biosecurity for the national poultry industry.
dc.identifier.urihttps://repositorio.uel.br/handle/123456789/18745
dc.languagepor
dc.language.isopor
dc.relation.departamentCCA - Departamento de Clínicas Veterinárias
dc.relation.institutionnameUniversidade Estadual de Londrina - UEL
dc.relation.ppgnamePrograma de Pós-Graduação em Ciência Animal
dc.subjectDiarreia
dc.subjectRotavírus aviário
dc.subjectGenotipo
dc.subjectGenotipo I
dc.subjectGenotipo G
dc.subject.capesCiências Agrárias - Medicina Veterinária
dc.subject.cnpqCiências Agrárias - Medicina Veterinária
dc.subject.keywordsRunt
dc.subject.keywordsDiarrhea
dc.subject.keywordsAvian rotavirus
dc.subject.keywordsGenotype
dc.subject.keywordsI genotype
dc.subject.keywordsG genotype
dc.titleAnálise dos genes VP6 e VP7 de cepas de rotavírus identificadas em frangos de corte com síndrome da má absorção
dc.title.alternativeVP6 and VP7 genes analysis from rotavirus strains identified at broiler chickens with runting stunting syndrome
dc.typeTese
dcterms.educationLevelDoutorado
dcterms.provenanceCentro de Ciências Agrárias

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