Genes diferencialmente expressos no carcinoma hepatocelular: abordagem in silico para o reposicionamento de fármacos

Página do item simplificado
dc.contributor.advisorSeiva, Fábio Rodrigues Ferreira
dc.contributor.authorCaputo, Wesley Ladeira
dc.contributor.bancaFernandes, Glaura Scantamburlo Alves
dc.contributor.bancaGarcia, Vitor Augusto dos Santos
dc.coverage.extent85 p.
dc.coverage.spatialLondrina
dc.date.accessioned2024-10-16T12:05:09Z
dc.date.available2024-10-16T12:05:09Z
dc.date.issued2024-03-01
dc.description.abstractO reposicionamento de medicamentos é uma estratégia que complementa a abordagem convencional no desenvolvimento de novos fármacos. O carcinoma hepatocelular (CHC) é uma doença prevalente e agressiva, necessitando de uma compreensão mais detalhada das alterações moleculares envolvidas para o tratamento adequado. Nesse estudo, buscamos em banco de dados experimentais de microarray e RNA-seq por genes diferencialmente expressos (DEGs) em células de CHC e saudáveis. Por meio de distintos processos de filtragem, identificamos e enriquecemos DEGs, bem como classes distintas de possíveis novos medicamentos capazes de atuar sobre esses genes. A análise de enriquecimento funcional revelou características biológicas distintas: Processos químicos associados a íons metálicos, incluindo zinco, cádmio e cobre, potencialmente implicando exposição crônica a íons metálicos na tumorigenese, foram eventos associados aos genes que estão regulados negativamente no CHC. Por outro lado, genes regulados positivamente foram associados com eventos mitóticos e atividades de quinase, alinhando-se com a relevância das quinases no CHC. Para investigar redes de interação entre os DEGs, empregamos métodos de análise topológica, identificando 25 genes centrais e seus fatores de transcrição. Na busca de potenciais opções terapêuticas, exploramos estratégias de reaproveitamento de medicamentos com base em abordagens computacionais, analisando seu potencial para reverter os padrões de expressão de genes-chave, incluindo AURKA, CCNB1, CDK1, RRM2 e TOP2A. Potenciais candidatos farmacológicos foram alvocidib, AT-7519, kenpaullone, PHA-34 793887, JNJ-7706621, danusertiba, doxorrubicina e análogos, mitoxantrona, podofilox, teniposide e amonafide. Este estudo in silico ofereceu uma visão abrangente dos DEGs no CHC, lançando luz sobre potenciais alvos terapêuticos como os genes CDK1, RRM2 e TOP2A e oportunidades para experimentações futuras com o reposicionamento de medicamentos
dc.description.abstractother1Drug repurposing is a strategy that complements the conventional approach of developing new drugs. Hepatocellular Carcinoma (HCC) is a highly prevalent and aggressive liver cancer, necessitating an in-depth understanding of the underlying molecular alterations for improved treatment. methods: we searched for a vast microarray experiment in addition to Rna-seq data. Through rigorous filtering processes, we have identified highly representative differentially expressed genes (DEGs) between tumor and non-tumor liver tissues and identify distinct class of possible new candidate drugs. Functional enrichment analysis revealed distinct biological processes associated with metal ions, including zinc, cadmium, and copper, potentially implicating chronic metal ion exposure in tumorigenesis. Conversely, up- regulated genes are associated with mitotic events and kinase activities, aligning with the relevance of kinases in HCC. To unravel the regulatory networks governing these DEGs, we employed topological analysis methods, identifying 25 hubs genes and their regulator transcription factors. In the pursuit of potential therapeutic options, we explored drug repurposing strategies based on computational approaches, analyzing their potential to reverse the expression patterns of key genes, including AURKA, CCNB1, CDK1, RRM2, and TOP2A. Potential therapeutic chemicals are alvocidib, AT- 7519, kenpaullone, PHA-793887, JNJ-7706621, danusertibe, doxorubicin and analogues, mitoxantrone, podofilox, teniposide, and amonafide. This multi-omic study offers a comprehensive view of DEGS in HCC, shedding light on potential therapeutic targets and drug repurposing opportunities
dc.identifier.urihttps://repositorio.uel.br/handle/123456789/18074
dc.language.isopor
dc.relation.departamentCCB - Departamento de Ciências Patológicas
dc.relation.institutionnameUniversidade Estadual de Londrina - UEL
dc.relation.ppgnamePrograma de Pós-Graduação em Patologia Experimental
dc.subjectCâncer de fígado
dc.subjectReaproveitamento de medicamentos
dc.subjectGenes drogáveis
dc.subjectExpressão reversa
dc.subjectBioinformática
dc.subjectPatologia experimental
dc.subject.capesCiências Biológicas - Biologia Geral
dc.subject.cnpqCiências Biológicas - Biologia Geral
dc.subject.keywordsLiver cancer
dc.subject.keywordsDrug repurposing
dc.subject.keywordsdruggable genes
dc.subject.keywordsReverse expression
dc.subject.keywordsBioinformatic
dc.titleGenes diferencialmente expressos no carcinoma hepatocelular: abordagem in silico para o reposicionamento de fármacos
dc.title.alternativeComprehensive profiling and therapeutic insights into differentially expressed genes in hepatocellular carcinoma
dc.typeDissertação
dcterms.educationLevelMestrado Acadêmico
dcterms.provenanceCentro de Ciências Biológicas

Arquivos

Pacote Original
Agora exibindo 1 - 2 de 2
Imagem de Miniatura
Nome:
CB_PAT_Me_2024_Caputo_Wesley_L.pdf
Tamanho:
2.65 MB
Formato:
Adobe Portable Document Format
Descrição:
Texto completo ID. 192296
Baixar
Nenhuma Miniatura disponível
Nome:
CB_PAT_Me_2024_Caputo_Wesley_L_TERMO.pdf
Tamanho:
105.84 KB
Formato:
Adobe Portable Document Format
Descrição:
Termo de autorização
Baixar
Licença do Pacote
Agora exibindo 1 - 1 de 1
Nenhuma Miniatura disponível
Nome:
license.txt
Tamanho:
555 B
Formato:
Item-specific license agreed to upon submission
Descrição:
Baixar

Coleções

02 - Mestrado - Patologia Experimental