Diversidade dos genes VP6, VP7 e VP4 de cepas de rotavírus C identificadas em rebanhos suínos brasileiros

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dc.contributor.advisorAlfieri, Amauri Alcindo [Orientador]pt_BR
dc.contributor.authorPossatti, Fláviapt_BR
dc.contributor.bancaVidotto, Marilda Carlospt_BR
dc.contributor.bancaTakiuchi, Elisabetept_BR
dc.coverage.spatialLondrinapt_BR
dc.date.accessioned2024-05-01T13:50:24Z
dc.date.available2024-05-01T13:50:24Z
dc.date.created2014.00pt_BR
dc.date.defesa04.04.2014pt_BR
dc.description.abstractResumo: O rotavírus C (RVC) suíno é uma importante causa de enterite, principalmente em leitões lactentes e elevada incidência desta infecção tem sido demonstrada em rebanhos suínos brasileiros Para investigar a diversidade genética do RVC suíno em rebanhos de seis estados das três principais regiões brasileiras produtoras de suíno, os genes VP6, VP7 e VP4 de 15 amostras de fezes diarreicas positivas para RVC foram amplificados, sequenciados e a filogenia foi analisada em comparação com outras sequências de RVC disponíveis em bases públicas de dados A análise do gene VP6 demonstrou heterogeneidade considerável entre as 15 amostras, que apresentaram 83,2-1% de identidade de nucleotídeo (nt) entre elas e 82,6-98% de identidade com outras cepas de RVC suíno Na árvore filogenética as cepas de campo do RVC suíno agruparam em duas linhagens distintas (Porcine I e Porcine II) do genotipo suíno I1 A análise do gene VP7 revelou que a maioria das amostras (n = 14) pertence ao genotipo G6 e demonstrou alta identidade de nt entre elas (88,2-1%) No entanto, a amostra de RVC BRA57/11 não apresentou alta similaridade (74,5-76,7% de identidade de nt) com as demais amostras e agrupou com a cepa protótipo Cowden, que representa o genotipo G1 Na análise do gene VP4 as 15 amostras de RVC demonstraram grande heterogeneidade genética, com 6,7-1% de identidade de nt entre elas Com base em um ponto de corte de =8%, além do genotipo P[1] representado pela cepa Cowden, outros três genotipos suínos podem ser descritos Sugerimos nomear como genotipo P[4] as cepas sul-coreanas (CUK-5 e CUK-6) anteriormente identificadas e como genotipo P[5] a cepa norte-americana RV143/1 recentemente identificada Na árvore filogenética a amostra brasileira BRA77/11 agrupou no mesmo ramo das cepas P[4], CUK-5 e CUK-6 A amostra BRA57/11 agrupou no mesmo ramo da cepa Cowden, mas apresentou menos de 8% de identidade nt (74,4%), representando um possível novo genotipo, provisoriamente denominado P[6] As outras 13 amostras agruparam com a cepa RV143/11, com identidade de nt de 83,3-87,3%, indicando que a maioria das cepas de RVC suíno deste estudo pertence ao genotipo provisoriamente denominado P[5] Esses resultados evidenciam grande diversidade nos genes VP6, VP7 e VP4 de cepas de campo de RVC suíno no Brasil, incluindo a descrição de um potencial novo genotipo VP4 Esse estudo contribui com informações moleculares para o estabelecimento de um sistema formal de classificação e para obtenção de conhecimento sobre a ecologia e evolução das cepas de RVC circulantes em todo o mundopt_BR
dc.description.abstractother1Abstract: Porcine C rotavirus (RVC) is an important cause of enteritis, mainly in nursing piglets, and a high incidence of this infection has been demonstrated in Brazilian pig herds To investigate the genetic diversity of porcine RVC in herds from six states from three major Brazilian pig-producing regions, the VP6, VP7, and VP4 genes of 15 RVC-positive diarrheic fecal samples were amplified, sequenced, and the phylogeny was analyzed in comparison with other RVC sequences available in public databases The VP6 gene analysis demonstrated a considerable heterogeneity between the 15 RVC samples, that showed 832 to 1% of nucleotide (nt) identity to each other and 826 to 98% nt identity to other porcine RVC strains In the phylogenetic tree the Brazilian porcine RVC field strains clustered in two distinct lineages (Porcine I and Porcine II), of the porcine genotype I1 Analysis of the VP7 gene, revealed that most samples (n = 14) were G6 genotype and shared high nt identity with each other (882-1%) However, the RVC sample BRA57/11 were not closely related (745-767% nt identity) with the other samples, and clustered with the prototype Cowden strain, which represent the G1 genotype In the VP4 gene analysis the 15 RVC samples demonstrated a high genetic heterogeneity, with 67 to 1% nt identity with each other Based on a cutoff value of 8%, three porcine genotypes can be described besides of Cowden P[1] We suggest to nominate the previous identified South Korean strains (CUK-5 and CUK-6) as P[4] genotype and the recently described North American RV143/11 strain as P[5] genotype In the phylogenetic tree the Brazilian sample BRA77/11 grouped in the same branch of P[4] CUK-5 and CUK-6 strains The sample BRA57/11 grouped in the same branch of Cowden strain, but shared less than 8% of nt identity (744%), representing a possible new genotype, tentatively named P[6] The others 13 samples grouped together with RV143/11 strain, with a nt similarity of 833 to 873%, indicating that most of porcine RVC strains from this study were from the putative P[5] genotype The results show the occurrence of the wide diversisity in VP6, VP7, and VP4 genes in porcine RVC Brazilian field strains, including the description of a potencial new VP4 genotype This study contributes with molecular information to establishment of a formal classification system and to obtain information on ecology and evolution of the RVC strains circulating throughout the worldpt_BR
dc.description.notesDissertação (Mestrado em Ciência Animal) - Universidade Estadual de Londrina, Centro de Ciências Agrárias, Programa de Pós-Graduação em Ciência Animalpt_BR
dc.identifier.urihttps://repositorio.uel.br/handle/123456789/12225
dc.languagepor
dc.relation.coursedegreeMestradopt_BR
dc.relation.coursenameCiência Animalpt_BR
dc.relation.departamentCentro de Ciências Agráriaspt_BR
dc.relation.ppgnamePrograma de Pós-graduação em Ciência Animalpt_BR
dc.subjectSuínopt_BR
dc.subjectDoençaspt_BR
dc.subjectDiarréia em suínopt_BR
dc.subjectRotavíruspt_BR
dc.subjectVirologia veterináriapt_BR
dc.subjectSwinept_BR
dc.subjectDiarrhea in swinept_BR
dc.subjectVeterinary virologypt_BR
dc.subjectDiseasespt_BR
dc.titleDiversidade dos genes VP6, VP7 e VP4 de cepas de rotavírus C identificadas em rebanhos suínos brasileirospt_BR
dc.typeDissertaçãopt_BR

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