Estudo epidemiológico e molecular de Acinetobacter baumannii, em um hospital universitário, no período da pandemia de COVID-19

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dc.contributor.advisorVespero, Eliana Carolina
dc.contributor.authorTakahashi, Fernanda Martelli
dc.contributor.bancaPerugini, Marcia Regina Eches
dc.contributor.bancaKobayashi, Renata Katsuko Takayama
dc.coverage.extent75 p.
dc.coverage.spatialLondrina
dc.date.accessioned2026-08-05T20:22:32Z
dc.date.available2026-08-05T20:22:32Z
dc.date.issued2025-01-28
dc.description.abstractAcinetobacter baumannii é um cocobacilo não fermentador da glicose conhecido por sua elevada resistência aos antimicrobianos (RAM) e por causar infecções relacionadas à assistência à saúde (IRAS), principalmente pneumonias associadas à ventilação mecânica (PAV) e infecções da corrente sanguínea (ICS). Além de possuir resistência intrínseca a algumas classes de antimicrobianos, também tem grande capacidade em adquirir novos mecanismos, tornando-se uma grade ameaça em ambiente hospitalar como uma bactéria panresistente difícil de tratar. O objetivo deste estudo foi realizar uma investigação epidemiológica e molecular de A. baumannii isolado de culturas de sangue periférico de pacientes internados no Hospital Universitário da Universidade Estadual de Londrina (HU/UEL) durante o período da pandemia de COVID-19 (março de 2020 a maio de 2023). Neste período, 317 culturas de sangue periférico apresentaram crescimento de A. baumannii, sendo selecionada uma cultura por paciente, totalizando 261 pacientes. Dados clínicos e epidemiológicos foram coletados do prontuário eletrônico Medview. Das 261 amostras, 69 foram selecionadas para a pesquisa dos genes codificadores de resistência aos carbapenêmicos, utilizando a técnica de Reação em Cadeia da Polimerase (PCR), simples e multiplex. Destas, 19 amostras de A. baumannii resistentes a polimixina B (PBRAB) tiveram seus genomas sequenciados, e a similaridade genética entre os 19 isolados PBRAB foi avaliada por Reação em Cadeia da Polimerase Baseada em Sequências Repetitivas Intergênicas em Enterobactérias (ERIC-PCR). Observou-se que 93,4% (296/317) dos pacientes apresentaram cultura positiva para A. baumannii resistente aos carbapenêmicos (CRAB) e 9,1% (29/317) para PBRAB. As infecções causadas por isolados CRAB foram associadas ao grupo de pacientes não sobreviventes (p-valor = 0,044). Houve diferença estatisticamente significativa entre os grupos de pacientes que receberam alta hospitalar e os que foram a óbito, relacionada às comorbidades de diabetes (p-valor = 0,006) e/ou hipertensão arterial sistêmica (p-valor = 0,025) .O uso de cateter vesical de demora, sonda de nutrição enteral, intubação orotraqueal e realização de hemodiálise também mostraram diferença estatística significativa (p-valor < 0,001), com associação ao óbito. A pesquisa dos genes codificadores de resistência aos carbapenêmicos mostrou que o gene de carbapenemase adquirido mais comum foi blaOXA-23, seguido de blaNDM e blaOXA-143. As amostras de PBRAB apresentaram 98% ou mais de similaridade genética. O sequenciamento do genoma dessas amostras revelou que todas pertencem ao sequence type 2 (ST2), com a presença do gene blaOXA-23 e 63,1% com coprodução blaOXA-23 e blaNDM. Além disso, foram detectados genes de resistência a aminoglicosídeos, fenicóis, sulfonamidas, macrolídeos, várias famílias de sistemas de efluxo e mutações genéticas associadas à resistência às polimixinas em lpxA, lpxC, lpxD, pmrB e pmrC. A resistência à colistina mediada por plasmídeo, como a presença de mcr-1, não foi encontrada em nenhum isolado. As ICS associadas à crescente RAM configuram um problema global de saúde pública. Estes achados fornecem informações sobre a transmissão clonal de PBRAB e oferecem informações valiosas para a prevenção da transmissão e terapia antimicrobiana
dc.description.abstractother1Acinetobacter baumannii is a glucose non-fermenting coccobacillus known for its high antimicrobial resistance (AMR) and its association with healthcare-associated infections (HAIs), primarily ventilator-associated pneumonia (VAP) and bloodstream infections (BSIs). In addition to intrinsic resistance to certain classes of antimicrobials, it has a remarkable ability to acquire new resistance mechanisms, making it a significant threat in hospital settings as a pan-resistant bacterium difficult to treat. The objective of this study was to conduct an epidemiological and molecular analysis of A. baumannii isolated from peripheral blood cultures of patients hospitalized at University Hospital of the State University of Londrina (HU/UEL) during the COVID-19 pandemic (March 2020 to May 2023). During this period, 317 peripheral blood cultures showed growth of A. baumannii, with one culture selected per patient, totaling 261 patients. Clinical and epidemiological data were collected from the Medview electronic medical records system. Of the 261 samples, 69 were selected for the research of carbapenem-resistance encoding genes using simple and multiplex Polymerase Chain Reaction (PCR). Of these, 19 samples of A. baumannii resistant to polymyxin B (PBRAB) had their genomes sequenced, and genetic similarity among the 19 PBRAB isolates was assessed using Enterobacterial Repetitive Intergenic Consensus PCR (ERIC-PCR). It was found that 93.4% (296/317) of the patients had positive cultures for carbapenem-resistant A. baumannii (CRAB), and 9.1% (29/317) for PBRAB. Infections caused by CRAB isolates were associated with the group of non-surviving patients (p-value = 0.044). A statistically significant difference was observed between patients who were discharged and those who died, related to comorbidities of diabetes (p-value = 0.006) and/or systemic arterial hypertension (p-value = 0.025). The use of urinary catheters, enteral feeding tubes, orotracheal intubation, and hemodialysis also showed a significant statistical difference (p-value < 0.001), associated with death. The research on carbapenem-resistance encoding genes showed that the most common acquired carbapenemase gene was blaOXA-23, followed by blaNDM and blaOXA-143. PBRAB samples showed 98% or more genetic similarity. Genome sequencing of these samples revealed that all belong to the sequence type 2 (ST2), with the presence of the blaOXA-23 gene and 63.1% with coproduction of blaOXA-23 and blaNDM. Additionally, genes responsible for resistance to aminoglycosides, phenicols, sulfonamides, macrolides, various efflux systems, and genetic mutations associated with polymyxin resistance in lpxA, lpxC, lpxD, pmrB, and pmrC were detected. Plasmid-mediated colistin resistance, such as the presence of mcr-1, was not found in any of the isolates. The HAIs associated with the growing AMR constitute a global public health problem. These findings provide insights into the clonal transmission of PBRAB and offer valuable information for the prevention of transmission and antimicrobial therapy
dc.identifier.urihttps://repositorio.uel.br/handle/123456789/19408
dc.language.isopor
dc.relation.departamentCCS - Departamento de Saúde Coletiva
dc.relation.institutionnameUniversidade Estadual de Londrina - UEL
dc.relation.ppgnamePrograma de Pós-Graduação em Fisiopatologia Clínica e Laboratorial
dc.subjectAcinetobacter baumannii
dc.subjectCarbapenemase
dc.subjectPolimixina
dc.subjectResistência aos antimicrobianos
dc.subjectAcinetobacter baumannii - epidemiologia
dc.subjectAcinetobacter baumannii - agente antimicrobiano
dc.subjectInfecção hospitalar - epidemiologia
dc.subject.capesCiências da Saúde - Saúde Coletiva
dc.subject.cnpqCiências da Saúde - Saúde Coletiva
dc.subject.keywordsAcinetobacter baumannii
dc.subject.keywordsCarbapenemase
dc.subject.keywordsPolymyxin
dc.subject.keywordsAntimicrobial resistance
dc.subject.keywordsAcinetobacter baumannii - epidemiology
dc.subject.keywordsAcinetobacter baumannii - antimicrobial agents
dc.subject.keywordsHospital infection
dc.titleEstudo epidemiológico e molecular de Acinetobacter baumannii, em um hospital universitário, no período da pandemia de COVID-19
dc.title.alternativeEpidemiological and molecular study of Acinetobacter baumannii in a university hospital during the COVID-19 pandemic period
dc.typeDissertação
dcterms.educationLevelMestrado Acadêmico
dcterms.provenanceCentro de Ciências da Saúde

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