Diversidade e distribuição de retrotransposons nos genomas e cromossomos de Eleocharis (Cyperaceae)

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dataload.collectionmapped02 - Mestrado - Genética e Biologia Molecularpt_BR
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dc.contributor.advisorVanzela, André Luis Laforga [Orientador]pt_BR
dc.contributor.authorSouza, Thaíssa Boldieri dept_BR
dc.contributor.bancaVicari, Marcelo Ricardopt_BR
dc.contributor.bancaRosa, Renata dapt_BR
dc.coverage.spatialLondrinapt_BR
dc.date.accessioned2024-05-01T12:52:43Z
dc.date.available2024-05-01T12:52:43Z
dc.date.created2017.00pt_BR
dc.date.defesa22.02.2017pt_BR
dc.description.abstractResumo: As sequências repetitivas são os principais componentes dos genomas das plantas Elementos transponíveis (ETs), que constituem a parte móvel dos genomas, são divididos em duas classes principais (Classe I e Classe II) de acordo com seu modo de transposição Elementos de Classe I, ou retrotransposons, são sintetizados e transpostos usando um RNA intermediário Devido ao seu modo de replicação, os retrotransposons aparecem mais acumulados nos genomas e as suas linhagens podem acumular-se diferencialmente dependendo do grupo vegetal As espécies de Eleocharis possuem cromossomos holocêntricos, que tornam os cariótipos mais tolerantes aos eventos de disploidia, e que podem estar associados ao estresse genômico e à expressão dos elementos transponíveis Nosso objetivo foi comparar a ocorrência e a distribuição cromossômica de diferentes linhagens Copia e Gypsy em cariótipos de espécies de Eleocharis, e asssociá-las com os valores de conteúdo de DNA Foram selecionadas amostras com condições genômicas diferentes, considerando os níveis de ploidia, o valor do conteúdo de DNA e a presença de rearranjos cromossômicos Para isso, foram utilizadas técnicas de quantificação de DNA por citometria de fluxo, análises genômicas e de citogenética molecular Os genomas de E elegans e E geniculata foram parcialmente sequenciados por Illumina, os quais serviram como fonte para buscar proteínas conservadas de retrotransposons com LTR (LTR-RTs) Domínios de transcriptase reversa foram utilizados para reconhecer e comparar linhagens desses elementos e, juntamente com os domínios proteicos da integrase e RnaseH, foram utilizados para a construção de gráficos de aproximação genética e desenho de primers para a produção de sondas Os dados do sequenciamento mostraram que as LTR-RTs foram a fração repetitiva mais abundante, com predominância dos membros dos clados Athila/Tat e Sirevirus Os dados de citogenômica mostraram uma correlação positiva entre o aumento dos níveis de ploidia e a quantidade de DNA nuclear, atribuída principalmente à poliploidia, e não pelo efeito dos retrotransposons O resultado da FISH mostrou uma distribuição predominantemente dispersa dos retrotransposons nos cromossomos, mas com diferenças claras na quantidade e localização física das linhagens de Copia e Gypsy entre espécies Apesar desse estudo ter sido baseado em um sequenciamento de baixa cobertura, nossa estratégia foi útil para estudar a diversidade de LTR-RTs Nossos resultados mostraram que, embora os retrotransposons apareçam diferentemente acumulados nesses genomas, não há uma distribuição atípica de LTR-RTs devido à condição holocinética,exceto para membros da linhagem CRM que apareceram distribuídos ao longo de cromátides holocentroméricas Do mesmo modo, as diferenças no conteúdo de DNA podem ser atribuídas em menor intensidade à atividade e/ou ocorrência de retrotransposons, e de modo mais efetivo pela poliploidiapt_BR
dc.description.abstractother1Abstract: Repetitive sequences are main plant genomes components Transposable elements (TEs) constitute the mobile part of the genomes, and are divided into two principal classes (Class I and Class II) according to their transposition modes Class I elements, or retrotransposons, are synthesized and transposed using an intermediate RNA Due their replication mode, the retrotransposons can appear more amplified in the genomes and their lineages can accumulate differentially depending on the plant group Eleocharis species have holocentic chromosomes, which make the karyotypes more tolerant to dysploidy events, and they may be associated whith genomic stress and transposable elements expression Our objective was to compare the occurrence and chromosomal distribution of different Copia and Gypsy lineages in Eleocharis species It was choose samples with different genome conditions, considering ploidy levels, DNA C-value and chromosomal rearrangements For this, DNA quantification techniques were used by flow cytometry, genomic and molecular cytogenetic analyzes The genomes of Eleocharis elegans and E geniculata were partially sequenced using Illumina sequencing which served as source for searching for conserved proteins of restrotranposons with LTR (LTS-RTs) Reverse transcriptase domains were used for recognizing and comparing lineages and, along with integrase and RNaseH protein domains, they were used to construction of genetic approximation graphs and primers design for probes production of different Copia and Gypsy lineages Sequencing data has shown that LTR-RTs were the most abundant repetitive fraction, with predominance of Athila/Tat and Sirevirus clade members Cytogenomic data has shown a positive correlation between ploidy levels increase and nuclear DNA amount, attributed mainly by polyploidy and not due to retrotransposons effects FISH exhibited predominantly dispersed distribution of retrotransposon probes in the chromosomes, but with evident differences in the quantity and physical location of the Copia and Gypsy lineages between species This strategy was useful to study LTR-RTs diversity using low coverage sequencing Our results showed that, although retrotransposons appear differently accumulated in these genomes, there is not an atypical distribution of LTR-RTs due to holokinetic condition, except to CRM lineage members that appeared distributed along holocentromeric chromatids Similarly, differences in DNA content in this comparison can be attributed modestly by the retrotransposons activity and/or occurrence, and most effectively polyploidypt_BR
dc.description.notesDissertação (Mestrado em Genética e Biologia Molecular) - Universidade Estadual de Londrina, Centro de Ciências Biológicas, Programa de Pós-Graduação em Genética e Biologia Molecularpt_BR
dc.identifier.urihttps://repositorio.uel.br/handle/123456789/10921
dc.languagepor
dc.relation.coursedegreeMestradopt_BR
dc.relation.coursenameGenética e Biologia Molecularpt_BR
dc.relation.departamentCentro de Ciências Biológicaspt_BR
dc.relation.ppgnamePrograma de Pós-Graduação em Genética e Biologia Molecularpt_BR
dc.subjectCitometria de fluxopt_BR
dc.subjectHibridização in situpt_BR
dc.subjectGenomaspt_BR
dc.subjectHolocêntricospt_BR
dc.subjectElementos de transposiçãopt_BR
dc.subjectFlow cytofluorometrypt_BR
dc.subjectIn situ hybridizationpt_BR
dc.subjectGenomespt_BR
dc.titleDiversidade e distribuição de retrotransposons nos genomas e cromossomos de Eleocharis (Cyperaceae)pt_BR
dc.typeDissertaçãopt_BR

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