DNAs repetitivos em genomas de Solanaceas: Capsicum e Solanum como modelos de estudo

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dc.contributor.advisorVanzela, André Luis Laforga
dc.contributor.authorAssis, Rafael de
dc.contributor.bancaRosa, Renata da
dc.contributor.bancaSouza, Thaíssa Boldieri de
dc.contributor.bancaSilva, Paulo Roberto da
dc.contributor.bancaGuyot, Romain
dc.coverage.extent119 p.
dc.coverage.spatialLondrina
dc.date.accessioned2025-10-29T17:44:09Z
dc.date.available2025-10-29T17:44:09Z
dc.date.issued2023-03-09
dc.description.abstractOs genomas vegetais são compostos principalmente por sequências repetitivas. Elementos transponíveis (ETs), que formam a parte móvel dos genomas, são classificados de acordo com seu mecanismo de transposição (Classes I e II), estes podem acumular diferencialmente dependendo do grupo vegetal. A fração repetitiva não codificante, representada pelas sequências satélite tendem a se acumular em blocos ao longo dos cromossomos. Algumas regiões cromossômicas tendem a ser hotsposts para o acúmulo de sequências repetitivas, como por exemplo os centrômeros e as regiões terminais. A família Solanaceae apresenta distribuição cosmopolita, e espécies com grande valor econômico, como por exemplo as batatas, tomates, berinjelas, pimentas, tabaco, entre outras. Devido a esse grande impacto econômico, muitas das espécies já possuem seu sequenciamento genômico disponível em repositórios online. Os gêneros Capsicum L e Solanum L. são próximas filogeneticamente. As pimentas e pimentões pertencem ao gênero Capsicum L, enquanto o gênero Solanum L. possui a maior diversidade, com mais de 1.500 espécies descritas, as quais inclui o tomate cultivado e as espécies selvagens. Mesmo sendo espécies com grande valor comercial, alguns pontos ainda permanecem poucos explorados, como por exemplo as sequências de DNA satélite que compõe esses genomas e sua localização em espécies próximas, bem como a diversidade de sequências repetitivas presente nos centrômeros. Diante disso, o objetivo geral deste trabalho foi avaliar frações repetitivas em grupos distintos dentro da família Solanaceae, utilizando como organismos modelo as pimentas e os tomates. Para isso, foram utilizadas ferramentas de bioinformática para identificar essa fração em sequenciamento de alta cobertura e métodos de citogenética molecular para a localização física. Com base na mineração de sequências altamente repetitivas, foi possível identificar duas famílias de DNA satélite que se encontram acumuladas em regiões distais dos cromossomos de Capsicum, que previamente eram descritas como sendo compostas por sequencias derivadas de DNAr que formavam um megassatelite. Essas famílias de DNA satélite diferem entre si quanto ao número de sítios hibridizados nos cromossomos de Capsicum, bem como na sua provável origem. Foi possível também identificar os elementos de transposição e as sequências de DNA satélite que compõem as prováveis regiões centroméricas de espécies de Solanum que formam o clado das espécies de tomate. As análises mostraram que espécies de tomate apresentam poucas cópias da linhagem de retrotransposon CRM, que esta frequentemente associada a região centromérica, associada a essa região está o retrotransposon-like TGR4 e o elemento Jinling
dc.description.abstractother1Plant genomes are mainly composed of repetitive sequences. Transposable elements (TEs), which form the mobile part of the genomes, are classified according to their transposition mechanism (Classes I and II), these can accumulate differentially depending on the plant group. The non-coding repetitive fraction, represented by satellite sequences tend to accumulate in blocks along the chromosomes. Some chromosomal regions tend to be hotspots for the accumulation of repetitive sequences, for example, the centromeres and terminal regions. The Solanaceae family has a cosmopolitan distribution, and species with great economic value, such as potatoes, tomatoes, eggplants, peppers, tobacco, among others. Due to this great economic impact, many of the species already have their genome sequencing available in online repositories. The genus Capsicum L. and Solanum L. are phylogenetically close. The peppers belong to the genus Capsicum L., and Solanum L. is considered to have the greatest diversity, with more than 1,500 described species, which includes the commercial tomato and the wild species. Even being species with great commercial value, some points remain unexplored, such as the satellite DNA sequences that compose these genomes and their location in close species, as well as the diversity of repetitive sequences present in the centromeres. Given this, the overall objective of this work was to evaluate repetitive fractions in distinct groups within the Solanaceae family, using peppers and tomatoes as model organisms. To do so, bioinformatics tools were used to identify this fraction in high coverage sequencing and molecular cytogenetic methods for physical localization. Based on the mining of highly repetitive sequences, it was possible to identify two families of satellite DNA that are accumulated in distal regions of Capsicum chromosomes, which were previously described as being composed of rDNA-derived sequences forming a megasatellite. These families of satellite DNA differed in the number of hybridized sites on Capsicum chromosomes, as well as in their probable origin. It was also possible to identify the transposon elements and satellite DNA sequences that make up the probable centromeric regions of Solanum species that form the tomato species clade. The analyses showed that tomato species have few copies of the retrotransposon lineage CRM, which is frequently associated with the centromeric region, associated with this region is the retrotransposon-like TGR4 and the Jinling element
dc.identifier.urihttps://repositorio.uel.br/handle/123456789/18971
dc.language.isopor
dc.relation.departamentCCB - Departamento de Biologia Geral
dc.relation.institutionnameUniversidade Estadual de Londrina - UEL
dc.relation.ppgnamePrograma de Pós-Graduação em Genética e Biologia Molecular
dc.subjectCentrômero
dc.subjectFISH
dc.subjectGenomas
dc.subjectRetrotransposons
dc.subjectSatDNA
dc.subjectDNA satélite
dc.subjectSolanacea
dc.subjectCapsicum
dc.subjectSolanum
dc.subjectBioinformática
dc.subject.capesCiências Biológicas - Genética
dc.subject.cnpqCiências Biológicas - Genética
dc.subject.keywordsSatDNA
dc.subject.keywordsRetrotransposons
dc.subject.keywordsCentromere
dc.subject.keywordsFISH
dc.subject.keywordsGenomes
dc.subject.keywordsDNA, Satellite
dc.subject.keywordsSolanaceae
dc.subject.keywordsCapsicum
dc.subject.keywordsSolanum
dc.subject.keywordsBioinformatics
dc.titleDNAs repetitivos em genomas de Solanaceas: Capsicum e Solanum como modelos de estudo
dc.title.alternativeRepetitive DNA in Solanaceae genomes: Capsicum and Solanum as research models
dc.typeTese
dcterms.educationLevelDoutorado
dcterms.provenanceCentro de Ciências Biológicas

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