Detecção molecular de espécies de Candida por semi-nested PCR

Página do item simplificado
dataload.collectionmapped01 - Doutorado - Patologia Experimentalpt_BR
dataload.filenamenourau6088.pdfpt_BR
dataload.handlemapped123456789/20pt_BR
dataload.idpergamum182790pt_BR
dataload.idvirtuanourauvtls000217880pt_BR
dataload.idvirtuapergamumvtls000217880pt_BR
dataload.idvirtuapergamum.sameurlnourauSIMpt_BR
dataload.linknourauhttp://www.bibliotecadigital.uel.br/document/?code=vtls000217880pt_BR
dataload.linknourau.regularSIMpt_BR
dataload.linknourau.retificadohttp://www.bibliotecadigital.uel.br/document/?code=vtls000217880pt_BR
dataload.linknourau.size64.00pt_BR
dc.contributor.advisorVenâncio, Emerson José [Orientador]pt_BR
dc.contributor.authorPitz, Amanda de Fáveript_BR
dc.contributor.bancaLioni, Lucy Megumi Yamauchipt_BR
dc.contributor.bancaSilva, Carla Cristiane dapt_BR
dc.contributor.bancaCarrara, Floristher Elainept_BR
dc.contributor.bancaPanagio, Luciano Aparecidopt_BR
dc.coverage.spatialLondrinapt_BR
dc.date.accessioned2024-05-01T15:03:33Z
dc.date.available2024-05-01T15:03:33Z
dc.date.created2017.00pt_BR
dc.date.defesa28.04.2017pt_BR
dc.description.abstractResumo: O diagnóstico da candidemia é complexo, e a confirmação da infecção por meio de diagnósticos laboratoriais é fundamental A técnica padrão para o diagnóstico é a hemocultura com o isolamento de fungos, entretanto, devido ao longo tempo requerido para a obtenção do resultado, confere-se a candidemia como uma infecção fúngica sistêmica com alta taxa de mortalidade Visando agilizar o diagnóstico laboratorial, nos quesitos de tempo de obtenção do resultado, aumento da especificidade e da sensibilidade, bem como a monitorização epidemiológica das candidemias, o uso de testes baseados em PCR para detectar o DNA de Candida spp é atualmente considerado promissor na investigação em amostras clínicas, considerando baixas concentrações em pequenos volumes de sangue Neste trabalho investigamos a utilização da técnica de semi-nested PCR para o diagnóstico da candidemia por meio de uma revisão sistemática com metanálise Foram acessadas as bases: Medline, Web of Science, Scopus, LILACS, Scielo, Embase e Cochrane que identificou um total de 196 estudos Destes, 5 foram incluídos na revisão sistemática e analisados quanto ao risco de viés utilizando-se a ferramenta QUADAS-2 Ainda destes estudos incluídos, 3 preencheram os critérios para a metanálise, fazendo-se a comparação direta da semi-nested PCR com a cultura por meio de tabelas 2x2 e extração de resultados verdadeiro positivo (VP), falso positivo (FN), verdadeiro negativo (VN) e falso negativo (FN) em 5 pacientes com candidemia confirmada (controle positivo) e em 38 indivíduos saudáveis (controle negativo) A sensibilidade e especificidade nos estudos foram calculadas com um intervalo de confiança de 95% e foi encontrada especificidade de 1% e sensibilidade variável de 88 a 1% Além disso, os estudos também testaram um total de 77 amostras de pacientes em suspeita de candidemia com hemoculturas negativas, e estes obtiveram uma positividade de 52% Baseando-se nestes resultados podemos sugerir que a semi-nested PCR em amostras clínicas pode ser uma importante ferramenta no diagnóstico de candidemias na rotina laboratorial Foi também padronizada uma semi-nested PCR em única etapa (OTsn-PCR) utilizando como alvo as sequências das regiões espassadoras internas – Internal Transcriber Spacer (ITS1 e ITS2), caracterizadas por ter regiões altamente conservadas e regiões altamente específicas para cinco espécies de importância clínica para o gênero Candida: Candida albicans, Candida glabrata, Candida parapsilosis, Candida krusei e Candida tropicalis A reação apresentou especificidade ao ser testada com outras espécies fúngicas e ótimo limite de detecção, alcançando ,25pg de DNA por amostra Quando comparada com ensaios convencionais de nested ou semi-nested PCR, a OTsn-PCR mostra vantagens pois é mais rápida e apresenta menor risco de contaminação pela menor manipulação dos tubos, tendo um grande potencial para ser utilizada no âmbito do diagnóstico molecular de candidíases e candidemiaspt_BR
dc.description.abstractother1Abstract: The candidemia diagnosis is complex and it is essential to confirm the infection through laboratory diagnoses The gold standard technique for diagnosis is blood culture of the fungus, however, due to the long time required to obtain the result, candidemia is conferred as a systemic fungal infection with a high mortality rate In order to speed up the laboratory diagnosis, in the questions of time to obtain the result, increase specificity and sensitivity, as well as the epidemiological monitoring of candidemia, the use of PCR-based tests to detect Candida spp DNA is currently considered promising in the investigation in Candida spp Clinical samples, considering low concentrations in small volumes of blood In this work we investigated the use of the semi-nested PCR technique for the diagnosis of candidemia by means of a systematic review with meta-analysis The databases were accessed: Medline, Web of Science, Scopus, LILACS, Scielo, Embase and Cochrane which identified a total of 196 studies Of these, 5 were included in the systematic review and analyzed for bias risk using the QUADAS-2 tool Of these included studies, 3 fulfilled the criteria for the meta-analysis, with the direct comparison of the semi-nested PCR with the culture by means of 2x2 tables and extraction of positive results (PV), false positive (FN), true negative (VN) and false negative (FN) in 5 patients with confirmed candidemia (positive control) and in 38 healthy subjects (negative control) Sensitivity and specificity in the studies were calculated with a 95% confidence interval and specificity of 1% and variable sensitivity of 88 to 1% were found In addition, the studies also tested a total of 77 patient samples suspected of candidemia with negative blood cultures, and these obtained a positivity of 52% Based on these results we can suggest that the semi-nested PCR in clinical samples can be an important tool in the diagnosis of candidemia in the laboratory routine It was also standardized a semi-nested single-step PCR (OTsn-PCR) targeting the sequences of the internal Transcriber Spacer regions (ITS1 and ITS2), characterized by having highly conserved regions and highly specific regions for five species of importance clinic for the genus Candida: Candida albicans, Candida glabrata, Candida parapsilosis, Candida krusei and Candida tropicalis The reaction showed specificity when tested with other fungal species and excellent detection limit, reaching 25pg of DNA per sample When compared to conventional nested or semi-nested PCR assays, the OTsn-PCR shows advantages as it is faster and presents a lower risk of contamination due to the lower manipulation of the tubes, having a great potential to be used in the molecular diagnosis of candidiasis and Candidemiaspt_BR
dc.description.notesTese (Doutorado em Patologia Experimental) - Universidade Estadual de Londrina, Centro de Ciências Biológicas, Programa de Pós-Graduação em Patologia Experimentalpt_BR
dc.identifier.urihttps://repositorio.uel.br/handle/123456789/16218
dc.languagepor
dc.relation.coursedegreeDoutoradopt_BR
dc.relation.coursenamePatologia Experimentalpt_BR
dc.relation.departamentCentro de Ciências Biológicaspt_BR
dc.relation.ppgnamePrograma de Pós-Graduação em Patologia Experimentalpt_BR
dc.subjectCandidíasept_BR
dc.subjectDiagnóstico molecularpt_BR
dc.subjectCandidapt_BR
dc.subjectFungos patogênicospt_BR
dc.subjectEpidemiologiapt_BR
dc.subjectCandidiasispt_BR
dc.subjectPathogenic fungipt_BR
dc.subjectMolecular diagnosispt_BR
dc.titleDetecção molecular de espécies de Candida por semi-nested PCRpt_BR
dc.typeTesept_BR

Arquivos

Pacote Original
Agora exibindo 1 - 1 de 1
Imagem de Miniatura
Nome:
6088.pdf
Tamanho:
1.9 MB
Formato:
Adobe Portable Document Format
Baixar

Coleções

01 - Doutorado - Patologia Experimental