Relações citogenômicas entre espécies do gênero Capsicum L. (Solanaceae)

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dc.contributor.advisorVanzela, André Luis Laforga [Orientador]pt_BR
dc.contributor.authorAssis, Rafael dept_BR
dc.contributor.bancaDias, Ana Lúciapt_BR
dc.contributor.bancaSouza, Luiz Gustavo Rodriguespt_BR
dc.coverage.spatialLondrinapt_BR
dc.date.accessioned2024-05-01T15:13:22Z
dc.date.available2024-05-01T15:13:22Z
dc.date.created2019.00pt_BR
dc.date.defesa25.02.2019pt_BR
dc.description.abstractResumo: Os genomas vegetais são compostos principalmente por sequências repetitivas Elementos transponíveis (ETs), que formam a parte móvel dos genomas, são divididos nas Classes I e II, de acordo com seu mecanismo de transposição Elementos pertencentes a Classe I, ou retrotransposons, são sintetizados e transpostos usando um RNA intermediário e podem se acumular diferencialmente dependendo do grupo vegetal A fração repetitiva não codificante, representada pelas sequências satélite tende a se acumular em blocos ao longo dos cromossomos As pimentas, pertencentes à família Solanaceae, possuem grande valor comercial, sendo comercializadas in natura, sob a forma de especiarias e são utilizadas também como ornamentação e de forma medicinal Mesmo já possuindo seu sequenciamento publicado, trabalhos que focam na diversidade e distribuição de elementos repetitivos nos genomas das espécies de Capsicum ainda são superficiais Diante disso, os objetivos deste trabalho foram compreender a organização, a distribuição e as relações genômicas e cariotípicas da fração repetitiva nos genomas de Capsicum annuum, C chinense e C baccatum Para isso, foram utilizadas ferramentas de bioinformática para quantificar essa fração e métodos de citogenética molecular para a localização física dessas sequências Sequenciamentos genômicos de alta cobertura foram contrastados com banco de dados de sequências conservadas de elementos transponíveis, elementos virais e DNA ribossômico Os dados mostraram similaridades entre as sequências repetitivas nos genomas de C annuum e C chinense, em relação à C baccatum Os elementos da superfamília Gypsy foram mais abundantes que os Copia, especialmente os elementos Del, que foram mais representativos em C annuum e C chinense, enquanto que em C baccatum houve maior acúmulo de elementos Athila O bandeamento C-CMA/DAPI revelou diversidade de bandas entre as três espécies, contudo sempre com ocorrência de bandas terminais mais intensas CMA+, DAPI+ ou CMA+/DAPI+ colocalizadas O resultado da FISH mostrou uma distribuição predominantemente dispersa dos retrotransposons, com exceção do elemento CRM que predominou na região pericentromérica, colocalizado com bandas de heterocromatina Nossos resultados confirmaram a relação mais próxima entre Capsicum annuum e C chinense, em relação à C baccatum, concordando com a filogenia do gêneropt_BR
dc.description.abstractother1Abstract: Plant genomes have large quantities of repetitive sequences Transposable elements (ETs), which form the moving part of the genomes, are divided into Classes I and II, according to their transposition mechanisms Elements of the Class I, or retrotransposons, are synthesized and transposed by an intermediate RNA, and they may have differential accumulation depending on the plant group The non-coding repetitive fraction, represented by the satellite sequences, tends to accumulate in blocks along the chromosomes Capsicum species belong to the family Solanaceae, and they have great commercial value as spice and for fresh consumption Although already having its genomes sequenced, works that focus on the diversity and distribution of repetitive sequences in the genomes are still superficial The objectives of this work were to understand the organization, distribution and genomic/karyotypic relations among Capsicum annuum, C chinense and C baccatum, based on the repetitive DNA fraction For this, bioinformatics tools were used to quantify this fraction, and the molecular cytogenetic methods were employed for their physical location High-coverage genomic sequencing was contrasted against a database of conserved sequences of transposable elements, viral elements and ribosomal DNA The data showed similarities between the repetitive sequences in the genomes of C annuum and C chinense, in relation to C baccatum The elements of the Gypsy superfamily were more abundant than the Copia, especially elements of Del family, which were more representative in C annuum and C chinense, whereas in C baccatum there was a greater accumulation of Athila family elements The technique of C-banding revealed band diversity among the three species, however, with the occurrence of more intense CMA+, DAPI+ or CMA+/DAPI+ terminal bands colocalized The FISH results showed a predominantly dispersed distribution of retrotransposons, with the exception of the CRM family elements that predominated in the proximal region, colocalized with heterochromatin bands Our results confirmed the closer relationship between C annuum and C chinense, in relation to C baccatum, agreeing with the phylogenypt_BR
dc.description.notesDissertação (Mestrado em Genética e Biologia Molecular) - Universidade Estadual de Londrina, Centro de Ciências Biológicas, Programa de Pós-Graduação em Genética e Biologia Molecularpt_BR
dc.identifier.urihttps://repositorio.uel.br/handle/123456789/16643
dc.languagepor
dc.relation.coursedegreeMestradopt_BR
dc.relation.coursenameGenética e Biologia Molecularpt_BR
dc.relation.departamentCentro de Ciências Biológicaspt_BR
dc.relation.ppgnamePrograma de Pós-Graduação em Genética e Biologia Molecularpt_BR
dc.subjectGenética vegetalpt_BR
dc.subjectGenomaspt_BR
dc.subjectPimentapt_BR
dc.subjectPlant geneticspt_BR
dc.subjectGenomespt_BR
dc.subjectPepperspt_BR
dc.titleRelações citogenômicas entre espécies do gênero Capsicum L. (Solanaceae)pt_BR
dc.typeDissertaçãopt_BR

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