Sequenciamento e montagem de novo do genoma total de Pseudomonas aeruginosa cepa LV e análise da expressão gênica temporal e diferencial na presença de cobre

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dc.contributor.advisorAndrade Filho, Galdino [Orientador]pt_BR
dc.contributor.authorSimionato, Ane Stéfanopt_BR
dc.contributor.bancaOgatta, Sueli Fumie Yamadapt_BR
dc.contributor.bancaSouza, Rogério Fernandes dept_BR
dc.contributor.bancaPileggi, Marcospt_BR
dc.contributor.bancaAraújo, Welington Luiz dept_BR
dc.coverage.spatialLondrinapt_BR
dc.date.accessioned2024-05-01T12:12:32Z
dc.date.available2024-05-01T12:12:32Z
dc.date.created2020.00pt_BR
dc.date.defesa06.11.2020pt_BR
dc.description.abstractResumo: Pseudomonas aeruginosa é amplamente dispersa na natureza, devido principalmente à sua alta capacidade adaptativa Dentre as diversas estratégias de adaptação está a produção de metabólitos bioativos que podem inibir o crescimento ou metabolismo de outros microrganismos P aeruginosa cepa LV produz diversos compostos bioativos, entre eles um composto organometálico, identificado como Fluopsina C, produzido somente na presença de cobre, que apresenta alto potencial biotecnológico Entretanto, poucos são os relatos sobre esta molécula, não havendo informações relacionadas à sua biossíntese e rota metabólica O objetivo deste trabalho foi realizar o sequenciamento completo do genoma de P aeruginosa cepa LV e realizar a análise da expressão temporal dos genes diferencialmente expressos pela presença/ausência de cobre, afim de melhor compreender a biossíntese da Fluopsina C Para isso, a cepa foi cultivada em ágar nutriente overnight e após a extração do DNA total do microrganismo foi realizado o sequenciamento pela plataforma Illumina MiSeq e o genoma foi montado pela estratégia de novo, filtrado, trimado e anotado O genoma de P aeruginosa cepa LV é constituído por 6468334 pb e, possue 14 grupos de genes putativos responsáveis pela biossíntese de metabólitos secundários, 7 genes de resistência e 3 arranjos CRISPRs (Clustered Regularly Interspaced Regularly Short Palindromic Repeats) A análise da expressão temporal foi realizada por PCR em tempo real e com pontos de análise em 24 horas, 4 e 7 dias Foram estudados nove genes hiperexpressos na presença de cobre, divididos em três classes: transportadores de metais, reguladores de expressão e biossíntese de fenazina e proteínas hipotéticas Os resultados obtidos validam as hipóteses geradas em trabalhos anteriores com relação a eliminação do cobre através de efluxo e transportadores ATPases Além disso, sugerimos uma nova hipótese com relação a via de biossíntese da Fluopsina C, relacionando a produção de compostos fenazínicos ao percursor da molécula, a tioforminapt_BR
dc.description.abstractother1Abstract: Pseudomonas aeruginosa is widespread, due to its high adaptive capacity Among the several adaptation strategies, the production of bioactive metabolites can inhibit microbial growth or metabolic pathways P aeruginosa LV strain produces several bioactive compounds, including an organometallic compound, Fluopsin C, that is produced only in the presence of copper and shows high biotechnological potential However, there are few reports in the literature about this molecule, including its biosynthesis and metabolic route The objective of this study was to sequence the complete genome of P aeruginosa strain LV and to perform the analysis of the temporal expression of genes differentially expressed by the presence/ absence of copper, in order to understand the Fluopsin C biosynthesis For this, the strain was grown on nutrient agar overnight and after extracting the total DNA the sequencing was performed using Illumina MiSeq platform, and then the genome was assembled using the De Novo strategy, filtered, trimmed, and annotated The final assembly of the genome was 6,468,334 bp, where 14 groups of putative genes responsible for the biosynthesis of secondary metabolites, 7 antimicrobial resistance genes, and 3 CRISPRs (Clustered Regularly Interspaced Regularly Short Palindromic Repeats) arrangements were located Temporal expression analysis was performed by real-time PCR and with analysis points in 24 hours, 4, and 7 days Nine overexpressed genes were studied in the presence of copper, divided into 3 classes: metal transporters, gene expression regulators and, phenazine biosynthesis and hypothetical proteins The results obtained validate the hypotheses generated in previous studies regarding the elimination of copper through efflux and ATPase transporters Also, we suggest a new hypothesis regarding the biosynthesis pathway of Fluopsin C, relating the production of phenazine compounds to the precursor of the molecule, thioforminpt_BR
dc.description.notesTese (Doutorado em Microbiologia) - Universidade Estadual de Londrina, Centro de Ciências Biológicas, Programa de Pós-Graduação em Microbiologiapt_BR
dc.identifier.urihttps://repositorio.uel.br/handle/123456789/9895
dc.languagepor
dc.relation.coursedegreeDoutoradopt_BR
dc.relation.coursenameMicrobiologiapt_BR
dc.relation.departamentCentro de Ciências Biológicaspt_BR
dc.relation.ppgnamePrograma de Pós-Graduação em Microbiologiapt_BR
dc.subjectPseudomonas aeruginosapt_BR
dc.subjectSequênciamento genéticopt_BR
dc.subjectFluopsina Cpt_BR
dc.subjectComposto bioativopt_BR
dc.subjectAgentes antibacterianospt_BR
dc.subjectPseudomonas aeruginosa - Gene sequencingpt_BR
dc.subjectFluopsin C - Bioactive compoundpt_BR
dc.subjectAntibacterial agentspt_BR
dc.subjectGram-negative bacteriapt_BR
dc.titleSequenciamento e montagem de novo do genoma total de Pseudomonas aeruginosa cepa LV e análise da expressão gênica temporal e diferencial na presença de cobrept_BR
dc.typeTesept_BR

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