Diagnóstico de COVID-19 em um laboratório de referência do estado de São Paulo: análises epidemiológica e espaço-temporal

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dc.contributor.advisorOgatta, Sueli Fumie Yamada
dc.contributor.authorAquino, Marta Xavier Alfredo
dc.contributor.bancaGalhardi, Lígia Carla Faccin
dc.contributor.bancaD'Andrea, Lourdes Aparecida Zampieri
dc.contributor.coadvisorSaeki, Erika Kushikawa
dc.coverage.extent76 p.
dc.coverage.spatialLondrina
dc.date.accessioned2026-04-27T19:52:40Z
dc.date.available2026-04-27T19:52:40Z
dc.date.issued2025-02-10
dc.description.abstractSevere acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) é o agente etiológico da Coronavirus disease 19 (COVID-19), doença diagnosticada na China em dezembro de 2019, foi reconhecida como pandemia pela Organização Mundial de Saúde (OMS) em março de 2020 e causou impactos jamais vistos. O presente estudo teve como objetivo identificar o perfil epidemiológico e o padrão de distribuição espacial dos casos confirmados de infecção por SARS-CoV-2 pelo teste de RT- qPCR realizado em um laboratório de referência. As amostras de swabs de nasofaringe e orofaringe, entre outros materiais recebidos pelo CLR IAL PP V para diagnóstico da COVID-19, foram processadas para análise por RT qPCR (Quant Studio 5, Thermo Scientific®). O período de estudo foi de setembro de 2020 a outubro de 2022. Para isso, foram utilizados kits de extração rápida e automatizada de RNA viral e os kits Biomol OneStep/COVID-19 (IBMP) e molecular SARS-CoV-2 (E) (Bio-Manguinhos) para detecção de SARS-CoV-2, além do sequenciamento viral realizado pelo LEIAL. Foram analisadas características como sexo, idade e tempo de liberação dos resultados das amostras recebidas. Os dados foram obtidos no Sistema de Gerenciamento de Ambiente Laboratorial (GAL). No período de estudo foram analisadas 117.331 amostras, das quais 37.439 (31,9%) apresentaram resultado detectável para SARS-CoV-2, 79.860 (68,06%) não detectáveis e 32 (0,02%) tiveram resultado inconclusivo. As amostras com resultado detectável, 55% foram obtidas em pacientes do sexo feminino e 45% em pacientes do sexo masculino. A faixa etária mais acometida foi de 20 a 49 anos. Quanto ao tempo médio em dias de liberação de resultados para COVID-19 foi de 1,28 no CLR IAL PP V no período de estudo, sendo 1,75 em 2020, 1,0 em 2021 e 1,1 em 2022. Das 25 amostras sequenciadas em 2020, as variantes identificadas foram B.1.1.28 em catorze (14) amostras (56,0 %), B.1.1.33 em oito (8) amostras (32,0 %). Foi sequenciada 1 amostra de cada uma das variantes B.1 (4%), B.1.1 (4%) e P.2 (4%) totalizando 12%. Em 2021, foram sequenciados 104 vírus e entre estes vírus, as variantes encontradas mais frequentemente foram P.1 em 52 amostras (50,0%) e P.2 em 15 amostras (14,4%). Em menor quantidade foram encontradas as variantes AY.101, identificadas em 6 amostras (5,8%), AY.43.1 identificadas em 6 amostras (5,8%), B.1.1.28 em 4 amostras (3,8%), B.1.1.7 em 4 amostras (3,8%) e BA.1.1 em 3 amostras (2,9%). As variantes AY.99.2, BA.1, BA.1.14, BA.1.15 e P.1.14 foram identificadas em duas (2) amostras cada (1,9%), totalizando 9,5%. Outras variantes foram encontradas em número mais limitado, isto é, em apenas uma (1) amostra cada (1%): AY.43.2, AY.75.2, AY.99.1 e P.1.8, e totalizaram 4% de amostras sequenciadas em 2021. A distribuição espacial da COVID-19 na região ocorreu de forma heterogênea. A ação do CLR IAL PP V como laboratório de saúde pública foi imprescindível como resposta ao tipo de emergência enfrentada com a pandemia de COVID-19.
dc.description.abstractother1Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2)is the etiological agent of Coronavirus disease 19 (COVID-19), a disease diagnosed in China in December 2019, was recognized as a pandemic by the World Health Organization (WHO) in March 2020 and caused unprecedented impacts. The present study aimed to identify the epidemiological profile and spatial distribution pattern of confirmed cases of SARS-CoV-2 infection by the RT-qPCR test performed in a reference laboratory. Nasopharyngeal and oropharyngeal swab samples, among other materials received by CLR IAL PP V for COVID-19 diagnosis, were processed for analysis by RT qPCR (Quant Studio 5, Thermo Scientific®). The study period was from September 2020 to October 2022. For this, rapid and automated viral RNA extraction kits and the Biomol OneStep/COVID-19 (IBMP) and molecular SARS-CoV-2 (E) (Bio-Manguinhos) kits were used to detect SARS-CoV-2, in addition to the viral sequencing performed by LEIAL. Characteristics such as sex, age and time of release of results of the samples received were analyzed. The data were obtained from the Laboratory Environment Management System (GAL). During the study period, 117,331 samples were analyzed, of which 37,439 (31.9%) presented detectable results for SARS-CoV-2, 79,860 (68.06%) were undetectable and 32 (0.02%) had inconclusive results. Of the samples with detectable results, 55% were obtained from female patients and 45% from male patients. The most affected age group was 20 to 49 years. Regarding the average time in days for releasing results for COVID-19, it was 1.28 in CLR IAL PP V during the study period, being 1.75 in 2020, 1.0 in 2021 and 1.1 in 2022. Of the 25 samples sequenced in 2020, the variants identified were B.1.1.28 in fourteen (14) samples (56.0%), B.1.1.33 in eight (8) samples (32.0%). One sample of each of the B.1 (4%), B.1.1 (4%) and P.2 (4%) variants was sequenced, totaling 12%. In 2021, 104 viruses were sequenced and among these viruses, the most frequently found variants were P.1 in 52 samples (50.0%) and P.2 in 15 samples (14.4%). In smaller quantities, the AY.101 variants were found, identified in 6 samples (5.8%), AY.43.1 identified in 6 samples (5.8%), B.1.1.28 in 4 samples (3.8%), B.1.1.7 in 4 samples (3.8%) and BA.1.1 in 3 samples (2.9%). The variants AY.99.2, BA.1, BA.1.14, BA.1.15 and P.1.14 were identified in two (2) samples each (1.9%), totaling 9.5%. Other variants were found in more limited numbers, that is, in only one (1) sample each (1%): AY.43.2, AY.75.2, AY.99.1 and P.1.8, and totaled 4% of samples sequenced in 2021. The spatial distribution of COVID-19 in the region was heterogeneous. The action of CLR IAL PP V as a public health laboratory was essential in response to the type of emergency faced with the COVID-19 pandemic.
dc.identifier.urihttps://repositorio.uel.br/handle/123456789/19205
dc.language.isopor
dc.relation.departamentCCB - Departamento de Microbiologia
dc.relation.institutionnameUniversidade Estadual de Londrina - UEL
dc.relation.ppgnamePrograma de Pós-Graduação em Microbiologia
dc.subjectCOVID-19
dc.subjectSARS-CoV-2 (vírus)
dc.subjectPositividade
dc.subjectSaúde pública
dc.subjectEpidemiologia
dc.subject.capesCiências Biológicas - Microbiologia
dc.subject.cnpqCiências Biológicas - Microbiologia
dc.subject.keywordsCOVID-19
dc.subject.keywordsSARS-COV-2
dc.subject.keywordsPositivity
dc.subject.keywordsPublic health
dc.subject.keywordsEpidemiology
dc.titleDiagnóstico de COVID-19 em um laboratório de referência do estado de São Paulo: análises epidemiológica e espaço-temporal
dc.title.alternativeDiagnosis of COVID-19 in a reference laboratory in the state of São Paulo: epidemiological and spatio-temporal analyzes
dc.typeDissertação
dcterms.educationLevelMestrado Acadêmico
dcterms.provenanceCentro de Ciências Biológicas

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