Desenvolvimento de multiplex PCR para detecção de Escherichia coli diarreiogênicas isoladas de amostras de fezes e água

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dc.contributor.advisorRocha, Sérgio Paulo Dejato da [Orientador]pt_BR
dc.contributor.authorVendruscolo, Jeanne Weberpt_BR
dc.contributor.bancaVespero, Eliana Carolinapt_BR
dc.contributor.bancaNakazato, Gersonpt_BR
dc.coverage.spatialLondrinapt_BR
dc.date.accessioned2024-05-01T14:52:09Z
dc.date.available2024-05-01T14:52:09Z
dc.date.created2016.00pt_BR
dc.date.defesa05.09.2016pt_BR
dc.description.abstractResumo: Considerada a segunda causa mundial de mortalidade infantil, a diarreia é uma manifestação clínica negligenciada, especialmente pelo seu diagnóstico microbiológico laborioso A doença é causada por uma ampla variedade de patógenos, incluindo a categoria diarreiogênica de Escherichia coli (DEC), que abrange os patótipos E coli enterotoxigênica (ETEC), E coli enteroivasiva (EIEC), E coli enteroagregativa (EAEC), E coli produtora de toxina Shiga (STEC) e E coli enteropatogênica (EPEC), diferenciando entre si pelos fatores de virulência, resultando em diferentes formas de agressão aos enterócitos Com o intuito de desenvolver um novo sistema de multiplex PCR para identificação segura e adequada dos cinco principais patótipos de DEC, neste trabalho, foram desenvolvidos cinco pares de oligonucleotídeos iniciadores para os seguintes genes: aaiC, escV, bfpA, ipaH e elt, através de ferramentas de Bioinformática Devido à dificuldade de padronização dos iniciadores para stx1 e stx2, utilizamos estes iniciadores descritos na literatura Para a validação do sistema, foram analisadas 413 amostras das coleções dos Laboratórios de Bacteriologia e Bacteriologia Básica e Aplicada da Universidade Estadual de Londrina Os resultados de sensibilidade foram agrupados por patótipos (EAEC, ETEC, STEC, EPEC típica e atípica, EIEC), sendo que 92,7% das cepas de EPEC atípica se correlacionaram, assim como, 72,8% de STEC, 81,35% de EAEC, 1% de EPEC típica, EIEC e ETEC Os produtos de PCR satisfizeram a preocupação em manter resolução adequada em gel de agarose, a fim de evitar equívocos na leitura dos resultados, com produtos variando entre 13 a 53pb, garantindo bons resultados na rotina laboratorial, com a garantia da identificação correta dos patótipos de DECpt_BR
dc.description.abstractother1Abstract: Considered the second worldwide cause of infant mortality, diarrhea is a neglected clinical manifestation, especially for its laborious microbiological diagnosis The disease is caused by a wide variety of pathogens, including the category of diarrheagenic Escherichia coli (DEC), which covers the pathotypes enterotoxigenic E coli (ETEC), enteroivasive Ecoli (EIEC), enteroaggregative E coli (EAEC), Shiga toxin-producing E coli (STEC) and enteropathogenic E coli (EPEC), differing from each other by virulence factors resulting in different forms of aggression of enterocytes In order to develop a new multiplex PCR system for safe and proper identification of five main pathotypes of DEC, in this work, were developed five pairs of primers for the following genes: aaiC, escV, bfpA, ipaH and elt, through Bioinformatics tools Because of the difficulty of standardization of primers stx1 and stx2, we use these primers described in the literature For the validation of the system were analyzed 413 srtains of collections of Basic Bacteriology and Bacteriology Laboratory and Applied State University of Londrina The sensitivity data were grouped by pathotypes (EAEC, ETEC, STEC, typical and atypical EPEC and EIEC), whereas 92,7% of atypical EPEC strains correlated, as well STEC 72,8%, 81,35 % EAEC, 1% typical EPEC, ETEC and EIEC PCR products satisfy the concern to maintain proper resolution agarose gel in order to avoid mistakes in reading the results, with products ranging from 13 to 53pb, ensuring good results in laboratory routine, with the assurance of correct identification of pathotypes DECpt_BR
dc.description.notesDissertação (Mestrado em Microbiologia) - Universidade Estadual de Londrina, Centro de Ciências Biológicas, Programa de Pós-Graduação em Microbiologiapt_BR
dc.identifier.urihttps://repositorio.uel.br/handle/123456789/15597
dc.languagepor
dc.relation.coursedegreeMestradopt_BR
dc.relation.coursenameMicrobiologiapt_BR
dc.relation.departamentCentro de Ciências Biológicaspt_BR
dc.relation.ppgnamePrograma de Pós-Graduação em Microbiologiapt_BR
dc.subjectEscherichia colipt_BR
dc.subjectGenética bacterianapt_BR
dc.subjectEnterobactériaspt_BR
dc.subjectBiologia molecularpt_BR
dc.subjectDiarréiapt_BR
dc.subjectBacterial geneticspt_BR
dc.subjectEnterobacteriaceaept_BR
dc.subjectDiarrheapt_BR
dc.titleDesenvolvimento de multiplex PCR para detecção de Escherichia coli diarreiogênicas isoladas de amostras de fezes e águapt_BR
dc.typeDissertaçãopt_BR

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