Métodos ômicos empregados no estudo do ciclo ovariano de fêmeas bovinas

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dc.contributor.advisorSeneda, Marcelo Marcondes
dc.contributor.authorOliveira, Fernanda Amarante Mendes de
dc.contributor.bancaChiaratti, Marcos Roberto
dc.contributor.bancaPeixer, Maurício Antonio Silva
dc.contributor.bancaZangirolamo, Amanda Fonseca
dc.contributor.bancaCavalieri, Fabio Luiz BimMétodos ômicos empregados no estudo do ciclo ovariano de fêmeas bovinas
dc.contributor.coadvisorSterza, Fabiana de Andrade Melo
dc.coverage.extent72 p.
dc.coverage.spatialLondrina - PR
dc.date.accessioned2026-09-14T13:30:19Z
dc.date.available2026-09-14T13:30:19Z
dc.date.issued2025-06-30
dc.description.abstractResumo: O ponto crítico do manejo reprodutivo bem-sucedido é a fecundação de um oócito competente e o subsequente desenvolvimento embrionário. Em fêmeas bovinas temos que a competência oocitária é essencialmente dependente do status folicular, com influência dos padrões de crescimentos folicular, bem como do estágio do ciclo estral. Neste contexto, com o objetivo de agregar dados das ciências ômicas e ampliar os conhecimentos sobre as características moleculares do oócito, foram realizados três estudos. No artigo 1 uma revisão sistemática teve por objetivo sintetizar as evidências científicas de estudos com métodos ômicos em pesquisas sobre a aquisição da competência oocitária durante o ciclo estral em bovinos. A revisão seguiu as diretrizes PRISMA e utilizou três bases de dados: Scopus, Web of Science e PubMed. Os materiais de estudo foram o fluido folicular, células do cumulus e da granulosa, e oócitos. A transcriptômica predominou como método ômico mais utilizado. E o principal tema abordado foi a janela ovulatória (período entre o pico de LH e a ovulação). Os resultados enfatizaram a importância das interações da matriz extracelular, das vias de sinalização hormonal, e do metabolismo dos nucleotídeos, com destaque aos genes INHBA, TNFAIP6 e TRIB2, na regulação da maturação oocitária. No artigo 2, o objetivo foi investigar o perfil lipídico de oócitos de fêmeas bovinas em diferentes fases do ciclo ovariano. Foram utilizados pares de ovários provenientes de matadouros. A classificação do ciclo foi baseada no período do ciclo estral, na avaliação do corpo lúteo, no desenvolvimento folicular e na presença de divergência folicular (= 6 mm). O ciclo ovariano foi dividido em quatro fases (Phase 1 a 4), cada uma representando um grupo experimental. Foram coletadas amostras de oócitos (grau I e II) dos diferentes grupos experimentais. A composição lipídica dos oócitos foi analisada por meio de MRM profiling, e utilizadas as quantidades relativas da intensidade dos íons detectados para comparação entre os grupos. Foram identificados 664 lipídios, destes 59.9% foram significativos. Em geral, foi possível observar uma redução nas quantidades relativas de lipídios na Fase 4 (P < 0.05), em comparação as demais fases. Apenas as subclasses de esfingomielina apresentaram aumento significativo na Fase 4 e na análise de PCA as fases 1, 2 e 3 apresentaram perfis lipídicos semelhantes, sem uma estratificação clara dos clusters. No Artigo 3, o objetivo foi investigar alterações na expressão gênica de oócitos bovinos em diferentes fases do ciclo ovariano, por meio de análise transcriptômica e identificação de vias metabólicas enriquecidas. O delineamento experimental seguiu a metodologia do Artigo 2, com quatro grupos experimentais. O sequenciamento de RNA (RNA-Seq) foi realizado em 12 amostras (3 réplicas/grupo e 10 oócitos/réplica). A análise identificou 2.129 genes diferencialmente expressos, com destaque para o contraste P4 vs. P1, que revelou 934 genes exclusivos e enriquecimento em vias de repressão transcricional, remodelação epigenética e regulação do ciclo celular. A via Polycomb Repressive Complex apresentou regulação negativa significativa em três contrastes. Os achados ressaltam a importância da regulação epigenética na dinâmica transcricional e no desenvolvimento oocitário ao longo do ciclo ovariano.
dc.description.abstractother1Abstract: A critical point of successful reproductive management is the fertilization of a competent oocyte and subsequent embryonic development. In cattle, oocyte competence is essentially dependent on follicular status, influenced by follicular growth patterns, as well as the stage of the estrous cycle. Thinking of integrate data from omics sciences and expanding knowledge on the acquisition of oocyte competence, three studies were taken. In article 1, a systematic review aimed to synthesize scientific evidence from omics studies on oocyte competence in cattle during the estrous cycle. The review followed the PRISMA guidelines and used three databases: Scopus, Web of Science and PubMed. The included studies evaluated follicular fluid, cumulus and granulosa cells, and oocytes. Transcriptomics predominated as the most widely used omics method. The main topic addressed in the studies was the ovulatory window (period of LH surge and ovulation). The results emphasized the importance of extracellular matrix interactions, hormonal signaling pathways, and nucleotide metabolism, particularly involving genes such as INHBA, TNFAIP6 and TRIB2, in the regulation of oocyte maturation. In article 2, the aim was to investigate the lipid profile of oocytes in different phases of the ovarian cycle. For this purpose, pairs of ovaries from slaughterhouses were used. Cycle classification was based on the period of the estrous cycle, and evaluation of the corpus luteum, follicular development and the presence of follicular divergence (at least one follicle = 6 mm). The ovarian cycle was divided into four phases (Phases 1 to 4), each representing one experimental group. Oocyte (grades I and II) samples were collected from the different experimental groups. The lipid composition of the oocytes was analyzed by MRM profiling, using the relative intensity amounts of the detected ions for comparison between the different phases of the cycle. A total of 664 lipids were identified, of which 59.9% were significant. There was a reduction in the relative amounts of lipids in Phase 4 (P < 0.05). Compared to the other phases, only the sphingomyelin subclasses showed a significant increase in Phase 4. In the PCA analysis, phases 1, 2 and 3 presented similar lipid profiles, without a clear stratification of the clusters. Both studies allowed a greater understanding of the dynamics involving oocyte development during the ovarian cycle and the data can be explored to obtain advances in assisted reproduction biotechnologies. In Article 3, the objective was to investigate changes in gene expression of bovine oocytes in different phases of the ovarian cycle, through transcriptomic analysis and identification of enriched metabolic pathways. The experimental design followed the methodology of Article 2, with four experimental groups. RNA Sequencing (RNA-Seq) was performed on 12 samples (3 replicates/group and 10 oocytes/replicate). The analysis identified 2,129 differentially expressed genes, with emphasis on the contrast P4 vs. P1, which revealed 934 exclusive genes and enrichment in transcriptional repression, epigenetic remodeling and cell cycle regulation pathways. The Polycomb Repressive Complex pathway showed significant downregulation in three contrasts. The findings highlight the importance of epigenetic regulation in transcriptional dynamics and oocyte development throughout the ovarian cycle.
dc.identifier.urihttps://repositorio.uel.br/handle/123456789/19944
dc.languagepor
dc.language.isopor
dc.relation.departamentCCA - Departamento de Agronomia
dc.relation.institutionnameUniversidade Estadual de Londrina - UEL
dc.relation.ppgnamePrograma de Pós-Graduação em Ciência Animal
dc.subjectOócitos
dc.subjectCiclo estral
dc.subjectMetabolismo
dc.subjectLipidômica
dc.subjectTranscriptômica
dc.subjectVacas
dc.subjectOvulação
dc.subjectExpressão gênica
dc.subject.capesCiências Agrárias - Agronomia
dc.subject.cnpqCiências Agrárias - Medicina Veterinária
dc.subject.keywordsOocytes
dc.subject.keywordsEstrous cycle
dc.subject.keywordsMetabolism
dc.subject.keywordsLipidomic
dc.subject.keywordsTranscriptomic
dc.subject.keywordsCattle
dc.subject.keywordsovulation
dc.subject.keywordsGene expression
dc.titleMétodos ômicos empregados no estudo do ciclo ovariano de fêmeas bovinas
dc.title.alternativeOmics methods employed in the study of the ovarian cycle of female cattle
dc.typeTese
dcterms.educationLevelDoutorado
dcterms.provenanceCentro de Ciências Agrárias

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