Análise do genoma completo da cepa Francisella noatunensis subsp. orientalis F1 e predição de candidatos vacinais contra Franciselose em peixes de águas quentes e frias

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dc.contributor.advisorPereira, Ulisses de Pádua [Orientador]pt_BR
dc.contributor.authorFacimoto, César Toshiopt_BR
dc.contributor.bancaAzevedo, Vasco Ariston de Carvalhopt_BR
dc.contributor.bancaSoares, Siomar de Castropt_BR
dc.contributor.bancaGuimarães, Luís Carlospt_BR
dc.coverage.spatialLondrinapt_BR
dc.date.accessioned2024-05-01T11:54:42Z
dc.date.available2024-05-01T11:54:42Z
dc.date.created2019.00pt_BR
dc.date.defesa14.02.2019pt_BR
dc.description.abstractResumo: A espécie Francisella noatunensis subsp orientalis, agente causador da franciselose em tilápias, tem recebido destaque na tilapicultura mundial devido ao seu caráter emergente e por causar perdas na produção, principalmente em países de climas tropicais Por outro lado, em regiões predominantemente frias, peixes como bacalhau do atlântico, salmão e truta tem sido acometidos pela subespécie Francisella noatunensis subsp noatunensis Este estudo tem por objetivo sequenciar, montar e depositar em bancos de dados públicos o genoma completo de uma cepa de F noatunensis subespécie orientalis e predizer in silico candidatos proteicos imunogênicos conservados entre as subespecies para o desenvolvimento de uma vacina eficaz contra a franciselose em peixes de águas quentes e frias A cepa F1 foi isolada de um surto em tilapicultura ocorrido no noroeste do estado de São Paulo em 215 O DNA foi submetido à sequenciamento de próxima geração, as reads resultantes do sequenciamento foram filtradas, montadas em contigs e alinhadas com uma cepa referência para criação de um sccafold Os gaps resultantes foram preenchidos através da verificação e extensão das bordas dos intervalos em mapeamentos sucessivos com as reads A filogenia foi analisada utilizando a ferramenta Gegenees e a identificação de candidatos vacinais foi realizada utilizando as ferramentas MEDpipe e Vaxign As proteínas resultantes desta última análise foram checadas quanto à homologia no genoma completo de Oreochromis niloticus e F noatunensis subsp noatunensis A função das proteínas identificadas foram preditas utilizando a ferramenta Interproscan Através da comparação com 12 genomas completos de Francisella spp disponíveis no GenBank, a análise de filogenia apresentou uma grande similaridade da cepa F1 com as cepas de F noatunensis subsp orientalis isoladas no Brasil, e com uma cepa isolada na Indonésia Além disso, os grupos de cepas que acometem humanos apresentaram-se distantes das cepas que acometem peixes A vacinologia reversa e análise das proteínas selecionadas revelaram um total de 5 proteínas (WP_147156571, WP_147145121, WP_12286661, WP_147145641 e WP_147145571) potencialmente expostas ou secretadas, conservadas entre as duas subspécies de F noatunensis, imunogênicas e sem homologia com proteínas do hospedeiro As proteínas selecionadas que apresentaram resultado na predição estão associadas à mecanismos de sobrevivência no interior de macrófagos e secreção de hemolisina Por fim, os resultados obtidos por este estudo servem de base para o desenvolvimento de testes in vivo que validem a eficácia dos alvos vacinais e posteriormente sua aplicação no campopt_BR
dc.description.abstractother1Abstract: Francisella noatunensis subsp orientalis is a pathogen responsible for francisellosis in tilapia Due to its emergent nature and high mortality profile, this species is a big concern to world aquaculture In tropical countries, F noatunensis subsp orientalis is responsible for francisellosis in tilapia in winter On the other hand, in cold countries, Francisella noatunensis subsp noatunensis causes disease in atlantic cod and trout This study aims to sequence, assembly and submit to public databases the complete genome of a F noatunensis subspecies orientalis and to predict in silico immunogenic conserved proteins among the subspecies that can induce an efficient vaccine against franciselosis in warm and cold waters fish The F1 strain was isolated from a tilapia farm francisellosis outbreak in Northwest of Sao Paulo State in 215 The DNA sample was submitted to Next-Generation Sequencing, and resulting reads were filtered, assembled to contigs and aligned to a reference strain to create a sccafold Remaining gaps were filled through extensions of the gap borders in sucessive mappings with raw reads Phylogeny was performed using Gegenees tool and the identification of vaccine targets was ran through MEDpipe and Vaxign tools Resulting proteins were checked for homology in the complete genomes of Oreochromis niloticus and F noatunensis subsp orientalis Proteins function were predited using Interproscan database Twelve complete genomes of Francisella spp availabe at GenBank were compared to the F1 strain in the phylogeny step The F1 strain displayed a high similarity with other F noatunensis subsp orientalis isolated from Brazil and with a strain isolated in Indonesia Beyond, clusters of strains that infect humans were distant from clusters of strains that causes disease in fish Reverse veccinology analysis revealed 5 proteins (WP_147156571, WP_147145121, WP_12286661, WP_147145641 e WP_147145571) potentially surface exposed, conserved in the F noatunensis species, high imunogenic and with no host homology The proteins with predicted functions were associated with mechanisms of survival within macrophages and hemolysin secretion Results obtained in this study allow in vivo research to validate the efficacy of the vaccine targets found, followed by the development of a subunit vaccine applicable in tilapia farmspt_BR
dc.description.notesDissertação (Mestrado em Ciência Animal) - Universidade Estadual de Londrina, Centro de Ciências Agrárias, Programa de Pós-Graduação em Ciência Animalpt_BR
dc.identifier.urihttps://repositorio.uel.br/handle/123456789/9318
dc.languagepor
dc.relation.coursedegreeMestradopt_BR
dc.relation.coursenameCiência Animalpt_BR
dc.relation.departamentCentro de Ciências Agráriaspt_BR
dc.relation.ppgnamePrograma de Pós-graduação em Ciência Animalpt_BR
dc.subjectTilápia (Peixe)pt_BR
dc.subjectVacina veterináriapt_BR
dc.subjectFranciselosept_BR
dc.subjectPeixept_BR
dc.subjectDoençaspt_BR
dc.subjectTilapiapt_BR
dc.subjectVeterinary vaccinespt_BR
dc.subjectFishespt_BR
dc.subjectDiseasespt_BR
dc.titleAnálise do genoma completo da cepa Francisella noatunensis subsp. orientalis F1 e predição de candidatos vacinais contra Franciselose em peixes de águas quentes e friaspt_BR
dc.typeDissertaçãopt_BR

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