Análise em larga escala de pequenos RNAs derivados de elementos transponíveis em genomas vegetais

Página do item simplificado
dataload.collectionmapped02 - Mestrado - Genética e Biologia Molecularpt_BR
dataload.filenamenourau4815.pdfpt_BR
dataload.handlemapped123456789/24pt_BR
dataload.idpergamum178435pt_BR
dataload.idvirtuanourauvtls000209081pt_BR
dataload.idvirtuapergamumvtls000209081pt_BR
dataload.idvirtuapergamum.sameurlnourauSIMpt_BR
dataload.linknourauhttp://www.bibliotecadigital.uel.br/document/?code=vtls000209081pt_BR
dataload.linknourau.regularSIMpt_BR
dataload.linknourau.retificadohttp://www.bibliotecadigital.uel.br/document/?code=vtls000209081pt_BR
dataload.linknourau.size64.00pt_BR
dc.contributor.advisorDomingues, Douglas Silva [Orientador]pt_BR
dc.contributor.authorLorenzetti, Alan Péricles Rodriguespt_BR
dc.contributor.coadvisorPaschoal, Alexandre Rossi [Coorientador]pt_BR
dc.coverage.spatialLondrinapt_BR
dc.date.accessioned2024-05-01T14:54:48Z
dc.date.available2024-05-01T14:54:48Z
dc.date.created2016.00pt_BR
dc.date.defesa26.03.2016pt_BR
dc.description.abstractResumo: Os elementos transponíveis (TEs) constituem uma grande parte dos genomas eucariotos e desempenham grande importância em sua evolução Esse componente do genoma pode atuar de diversas maneiras, seja inativando genes, alterando a expressão deles, aumentando seu número de cópias, ou até mesmo criando novas sequências nucleotídicas capazes de influenciar no funcionamento do organismo Nesse último caso, sabe-se que os TEs podem originar loci responsáveis pela transcrição de RNAs não codificantes funcionais (ncRNAs), como microRNAs (miRNAs), os quais podem atuar na regulação pós-transcricional de genes Com base nessas informações, os objetivos da primeira parte do trabalho foram a anotação de TEs de 15 genomas vegetais utilizando métodos de busca baseados em similaridade, e a procura por interseções posicionais com precursores de miRNAs anotados Os resultados obtidos permitiram a criação do Plant Transposable Element-related microRNAs Database (PlanTE-MIR DB, disponível em <http://bioinfo-toolcputfpredubr/plantemirdb/>), que agrega 152 TE-MIRs para 1 espécies vegetais e facilita o acesso às anotações por meio de uma interface amigável, disponibilizando múltiplos formatos de arquivo Boa parte desses loci produtores de pequenos ncRNAs estão relacionados a um tipo específico de TEs: os elementos transponíveis de repetição invertida em miniatura (MITEs, do inglês Miniature Inverted-Repeat Transposable Elements) Visando explorar em maior profundidade essa relação, o objetivo da segunda parte do trabalho foi realizar a busca por pequenos RNAs relacionados aos MITEs no genoma de Coffea canephora A análise revelou que aproximadamente 1,5% do genoma da espécie é composto por MITEs e que a maior parte das inserções está localizada em regiões ricas em genes Além disso, foram encontradas e classificadas 44 famílias relacionadas a pequenos RNAs, sendo pelo menos uma delas representada em ESTs A maior parte dos pequenos RNAs associados a essas famílias são de 24 nt, sugerindo a participação desses elementos na biogênese de siRNAs Esses dados trazem importantes contribuições para a compreensão da evolução genômica em plantas, fornecendo informações sobre a inter-relação entre os seus diversos componentespt_BR
dc.description.abstractother1Abstract: Transposable elements (TEs) comprise a major fraction of eukaryotic genomes and they are known to drive their evolution by several mechanisms They can act inactivating genes, changing the expression levels, raising their copy number, or even creating new nucleotide sequences In this context, sometimes they are responsible for shaping new functional non-coding RNA loci (eg microRNAs), which may participate in post-transcriptional gene regulation process The first part of this work had as main objective the similarity search-based TE annotation for 15 plant genomes in order to find positional intersections with annotated miRNAs We assembled these findings in the Plant Transposable Elementrelated miRNAs Database (PlanTE-MIR DB), hosted at <http://bioinfo-toolcputfpr edubr/plantemirdb/> This database has 152 TE-MIR annotations for 1 plant species in a user-friendly web interface, providing annotation data using several file formats Many ncRNA loci producing small RNAs are related to a specific TE type: the Miniature Inverted-Repeat Transposable Elements (MITEs) Considering this, the second part of this work had as main objective the investigation of MITE-associated small RNAs in the Coffea canephora genome We observed that 1,5% of this genome is composed by MITEs We also found genome-wide association between the MITE and exon densities Moreover, 44 MITE families were associated to small RNAs, and at least one family is represented in EST contig data Most small RNAs are 24 nt, suggesting participation of MITEs in the siRNA biogenesis pathway These data bring important insights for the comprehension of plant genomes evolution, providing information about the relationship of their different componentspt_BR
dc.description.notesDissertação (Mestrado em Genética e Biologia Molecular) - Universidade Estadual de Londrina, Centro de Ciências Biológicas, Programa de Pós-Graduação em Genética e Biologia Molecularpt_BR
dc.identifier.urihttps://repositorio.uel.br/handle/123456789/15712
dc.languagepor
dc.relation.coursedegreeMestradopt_BR
dc.relation.coursenameGenética e Biologia Molecularpt_BR
dc.relation.departamentCentro de Ciências Biológicaspt_BR
dc.relation.ppgnamePrograma de Pós-Graduação em Genética e Biologia Molecularpt_BR
dc.subjectGenética vegetalpt_BR
dc.subjectGenomaspt_BR
dc.subjectBancos de genes de plantaspt_BR
dc.subjectBiotecnologia vegetalpt_BR
dc.subjectSequência de nucleotídeospt_BR
dc.subjectGenomespt_BR
dc.subjectPlant gene bankspt_BR
dc.subjectPlant geneticspt_BR
dc.titleAnálise em larga escala de pequenos RNAs derivados de elementos transponíveis em genomas vegetaispt_BR
dc.typeDissertaçãopt_BR

Arquivos

Pacote Original
Agora exibindo 1 - 1 de 1
Imagem de Miniatura
Nome:
4815.pdf
Tamanho:
7.4 MB
Formato:
Adobe Portable Document Format
Baixar

Coleções

02 - Mestrado - Genética e Biologia Molecular