Inferência funcional de genes hipotéticos da ilha simbiótica da estirpe CPAC 15 de Bradyrhizobium japonicum

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dc.contributor.advisorBarcellos, Fernando Gomes [Orientador]pt_BR
dc.contributor.authorFerreira, Everton Geraldo Capotept_BR
dc.contributor.bancaBatista, Jesiane Stefânia da Silvapt_BR
dc.contributor.bancaRodrigues, Elisete Painspt_BR
dc.contributor.coadvisorHungria, Mariângela [Coorientadora]pt_BR
dc.coverage.spatialLondrinapt_BR
dc.date.accessioned2024-05-01T13:13:54Z
dc.date.available2024-05-01T13:13:54Z
dc.date.created2016.00pt_BR
dc.date.defesa29.02.2016pt_BR
dc.description.abstractResumo: A fixação biológica do nitrogênio (FBN) na soja (Glycine max (L) Merr) ocorre através da simbiose com bactérias (rizóbios), como a espécie Bradyrhizobium japonicum, seu principal simbionte Recentemente após o sequenciamento do genoma da estirpe CPAC 15 de Bradyrhizobium japonicum, utilizada como inoculante comercial em soja, observou-se a presença de aproximadamente 5% de genes codificando para proteínas hipotéticas Neste contexto, o estudo teve como objetivo a análise da expressão de genes localizados dentro da ilha simbiótica e que codificam para proteínas hipotéticas e que possam estar relacionadas à FBN e a atividade saprofítica A inferência funcional foi realizada com base em busca de similaridades com diversos bancos de dados e programas de predições de estruturas como peptídeos sinais, localização celular, domínios conservados, entre outros A avaliação da expressão gênica foi realizada através de RT-qPCR com indução com genisteína em meio de cultivo com a bactéria, por aproximadamente, 48 horas As análises de similaridade com o banco de dados RefSeq demonstrou que todas as proteínas hipotéticas estavam distribuídas em vários genomas de diferentes espécies do gênero Bradyrhizobium Os resultados obtidos por RT-qPCR demonstraram que todos os genes hipotéticos selecionados obtiveram elevados níveis de expressão em presença de genisteína em relação ao controle, o metanol A maioria dos genes codificando para proteínas hipotéticas inferidos funcionalmente estava relacionada ao transporte de substâncias, vias metabólicas de aminoácidos e degradação de compostos, e possivelmente então, podendo ser úteis na atividade saprofítica da estirpe e na FBN em sipt_BR
dc.description.abstractother1Abstract: The biological nitrogen fixation (BNF) in soybean (Glycine max (L) Merr) occurs through symbiosis with bacteria (rhizobia), as Bradyrhizobium japonicum species, its main symbiont Recently, after the sequencing of the genome of strain CPAC 15 B japonicum utilized as inoculant for soybean was observed the presence of approximately 5% of genes coding for putative proteins In this context, the study aimed to analyze the expression of genes located within the symbiotic island and which encode hypothetical proteins that are possibly associated with BNF The functional inference was performed based on the search for similarities with various databases and structural prediction programs such as signal peptides, among others The evaluation of gene expression was performed by RT-qPCR, in this assay, genistein induction was used in culture media with the bacteria for approximately 48 hours The analysis of similarity with the RefSeq database showed that all putative proteins were distributed in several genomes of different species of the genus Bradyrhizobium The results obtained by RT-qPCR showed that all selected hypothetical genes had high levels of expression in the presence of genistein compared to control (methanol) Most hypothetical genes that have been inferred were functionally related to the transport of substances, metabolic pathways of amino acids and degradation compounds, leading to the assumption that these genes may be useful in saprophytic activity of the strain and FBN processpt_BR
dc.description.notesDissertação (Mestrado em Genética e Biologia Molecular) - Universidade Estadual de Londrina, Centro de Ciências Biológicas, Programa de Pós-Graduação em Genética e Biologia Molecularpt_BR
dc.identifier.urihttps://repositorio.uel.br/handle/123456789/11401
dc.languagepor
dc.relation.coursedegreeMestradopt_BR
dc.relation.coursenameGenética e Biologia Molecularpt_BR
dc.relation.departamentCentro de Ciências Biológicaspt_BR
dc.relation.ppgnamePrograma de Pós-Graduação em Genética e Biologia Molecularpt_BR
dc.subjectRizóbiopt_BR
dc.subjectMicroorganismos fixadores de nitrogêniopt_BR
dc.subjectGenética bacterianapt_BR
dc.subjectSimbiosept_BR
dc.subjectRhizobiumpt_BR
dc.subjectMicro-organisms, Nitrogen-fixingpt_BR
dc.subjectBacterial geneticspt_BR
dc.titleInferência funcional de genes hipotéticos da ilha simbiótica da estirpe CPAC 15 de Bradyrhizobium japonicumpt_BR
dc.typeDissertaçãopt_BR

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