Identificação e mapeamento refinado de QTLs para características de qualidade de semente de tomate (Solanum lycopersicum × S. pimpinellifolium)

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dataload.collectionmapped01 - Doutorado - Agronomiapt_BR
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dataload.handlemapped123456789/2pt_BR
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dc.contributor.advisorTakahashi, Lúcia Sadayo Assari [Orientador]pt_BR
dc.contributor.authorOrtiz, Thiago Albertopt_BR
dc.contributor.bancaNunes, Maria Paula Barion Alvespt_BR
dc.contributor.bancaRocha, Thaís de Souzapt_BR
dc.contributor.bancaOliveira, Eli Carlos dept_BR
dc.contributor.bancaWanderley, Christina da Silvapt_BR
dc.contributor.coadvisorLigterink, Wilco [Coorientador]pt_BR
dc.coverage.spatialLondrinapt_BR
dc.date.accessioned2024-05-01T15:00:02Z
dc.date.available2024-05-01T15:00:02Z
dc.date.created2017.00pt_BR
dc.date.defesa22.02.2017pt_BR
dc.description.abstractResumo: Dado a complexidade das características de qualidade de semente, a sua base genética ainda não é totalmente compreendida Por esta razão, o trabalho teve como objetivo identificar e realizar o mapeamento refinado de loci de características quantitativas (QTLs) para qualidade de semente de tomate As Linhagens Endogâmicas Recombinantes (RILs) foram obtidas do cruzamento entre Solanum lycopersicum (cv Moneymaker, ‘Money’) × S pimpinellifolium (G11554, ‘Pimp’) em diferentes ambientes maternos A fenotipagem das características relacionadas à germinação de semente da população de RILs e seus progenitores foi obtida a partir do teste de germinação sob quatro condições: Água (controle), -5 MPa de NaCl (estresse salino), -5 MPa de Manitol (estresse osmótico) e 35°C – Alta Temperatura (estresse térmico) e as variáveis analisadas foram: Germinação máxima (Gmax), Taxa de germinação (t5-1), Área sob a curva de germinação (AUC) e Uniformidade (U8416-1) A fenotipagem da massa de semente foi obtida por pesagem das amostras em balança analítica, e a do tamanho de semente a partir da análise de imagem pelo software ImageJ Com base na população de RILs, a genotipagem foi obtida por mapa de ligação gênica, a partir de marcadores de polimorfismos de nucleotídeos únicos (SNPs) Com o auxílio do software MapQTL®6 foram identificados QTLs para as variáveis analisadas Considerou-se significativo QTLs com escore LOD igual ou superior a 2, No total 124 QTLs foram identificados para características relacionadas a germinação (Gmax, t5-1, AUC e U8416-1) e 23 QTLs para tamanho e massa de semente Observou-se que há interações genótipo × ambiente na detecção de QTLs, tanto dos ambientes maternos como de germinação, e que as condições foram eficientes para detectar QTLs significativos Para as características de germinação identificou-se QTLs significativos nos 12 cromossomos do tomateiro, no entanto observou-se que os intervalos de confiança entre -14,3 cM no cromossomo 6 e entre -36,1 cM no cromossomo 11 são regiões genômicas que mostram influência sobre QTLs para a qualidade de semente (características de germinação); constatando sobreposição de QTLs Essas regiões identificadas em diferentes ambientes de germinação poderão ser utilizadas na seleção assistida por marcadores (SAM) ou na clonagem gênica A investigação de QTLs para tamanho e massa de semente em tomateiro revelou que as RILs são suficientes para o desenvolvimento de Famílias Heterogêneas Endogâmicas (HIFs) A partir desta análise foi possível confirmar e estreitar o QTL para tamanho e massa de semente no cromossomo 11 (intervalo de confiança entre , e 13,4 cM) Com o início do mapeamento refinado do QTL no cromossomo 11, a HIF 211 poderá ser utilizada como ponto de partida para aprimorar o mapeamento do QTL e na identificação e clonagem do gene(s) causal dos processos interligados ao tamanho e massa de semente A variação fenotípica nos progenitores e na população de RIL e a resolução e o tamanho dessa população foi suficiente para encontrar QTLs para qualidade de semente, mostrando ser uma ferramenta para o estudo das características quantitativas O mapeamento de QTLs associados à características de qualidade de semente em tomateiro possiblilitará a eficiência de melhoramento e seleção de plantas para linhagens com maior vigor de semente Os marcadores moleculares ligados aos QTLs podem ser utilizados na SAM, proporcionando um método rápido para selecionar genótipos específicos sem a necessidade de avaliar extensivamente fenótipos em todas as fases do programa de melhoramentopt_BR
dc.description.abstractother1Abstract: Due the complexity of seed quality traits, its genetic basis is still not fully understood For this reason, the aim of this study was to identify and fine-mapping of quantitative trait loci (QTLs) to tomato seed quality Recombinant inbred lines (RILs) were obtained from the crossing between Solanum lycopersicum (cv Moneymaker, ‘Money’) × S pimpinellifolium (G11554, ‘Pimp’) under different maternal environments The phenotype of the traits related to seed germination of the RILs population and their parents was obtained from the germination assay under four conditions: Water (control), -5 MPa of NaCl (salt stress), -5 MPa of Mannitol (osmotic stress) and 35°C - High Temperature (thermal stress) and the analyzed variables were: Maximum Germination (Gmax), Germination Rate (t5-1), Area Under the Germination Curve (AUC) and Uniformity (U8416-1) Phenotyping of the seed mass was obtained by weighing the samples on analytical balance and of the seed size from the image analysis by the ImageJ software Based on the RILs population, genotyping was obtained by binding map of gene from single nucleotide polymorphisms markers (SNPs) With the aid of MapQTL®6 software, QTLs were identified for the analyzed variables QTLs with a LOD score equal to or greater than 2 were considered significant In total 124 QTLs were identified for germination traits (Gmax, t5-1, AUC and U8416-1) and 23 QTLs for seed size and seed weight We observed genotype × environment interactions in the detection of QTLs, both from the maternal and germination environments, and that the conditions were efficient to detect significant QTLs Significant QTLs were identified on the 12 tomato chromosomes, however, it was observed that the confidence intervals between -143 cM on chromosome 6 and between -361 cM on chromosome 11 are genomic regions which show influence on QTLs for seed quality (germination traits); showing overlapping of QTLs These identified regions in different germination environments may be used in marker assisted selection (MAS) or gene cloning The investigation of QTLs for seed size and seed weight of tomato revealed that RILs were sufficient for the development of Heterogeneous Inbred Families (HIFs) From this analysis it was possible to confirm and narrow the QTL for seed size and seed weight on chromosome 11 (confidence interval between and 134 cM) Since making a start with fine-mapping of the QTL on chromosome 11, HIF 211 can be used as a starting point to improve this mapping of QTL and in the identification and cloning of the causal gene(s) of the processes linked to the seed size and seed weight The phenotypic variation in both parents and in the RIL population and the size and resolution of this population was enough to find QTLs for seed quality, showing to be a tool for the study of the quantitative traits Fine-mapping of the QTLs associated with tomato seed quality traits will enable the efficiency of plant breeding and selection for lines with higher seed vigor Molecular markers linked to QTLs can be used in MAS, providing a rapid method for selecting specific genotypes without the need to extensively evaluate phenotypes at all stages of the breeding programpt_BR
dc.description.notesTese (Doutorado em Agronomia) - Universidade Estadual de Londrina, Centro de Ciências Agrárias, Programa de Pós-Graduação em Agronomiapt_BR
dc.identifier.urihttps://repositorio.uel.br/handle/123456789/16067
dc.languagepor
dc.relation.coursedegreeDoutoradopt_BR
dc.relation.coursenameAgronomiapt_BR
dc.relation.departamentCentro de Ciências Agráriaspt_BR
dc.relation.ppgnamePrograma de Pós-graduação em Agronomiapt_BR
dc.subjectSementespt_BR
dc.subjectQualidadept_BR
dc.subjectTomatept_BR
dc.subjectSementept_BR
dc.subjectSementespt_BR
dc.subjectSeedspt_BR
dc.subjectQualitypt_BR
dc.subjectTomatopt_BR
dc.subjectSeedpt_BR
dc.titleIdentificação e mapeamento refinado de QTLs para características de qualidade de semente de tomate (Solanum lycopersicum × S. pimpinellifolium)pt_BR
dc.typeTesept_BR

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