Estratégias de montagem de transcriptoma em Bombyx mori Linnaeus 1758: abordagens guiadas por genoma versus de novo

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dc.contributor.advisorRosa, Renata da
dc.contributor.authorRosa, Matheus Henrique de Oliveira
dc.contributor.bancaVilas Boas, Laurival Antônio
dc.contributor.bancaPezenti, Larissa Forim
dc.contributor.coadvisorSouza, Rogério Fernandes de
dc.coverage.extent41 p.
dc.coverage.spatialLondrina
dc.date.accessioned2024-09-13T13:55:59Z
dc.date.available2024-09-13T13:55:59Z
dc.date.issued2024-05-10
dc.description.abstractPara avaliar a eficácia na montagem de transcritos e as diferenças entre estratégias este estudo comparou dois métodos de montagem de transcriptoma: a montagem guiada e a montagem de novo, utilizando bibliotecas de RNA-seq de lagartas de Bombyx mori, criadas sob diferentes temperaturas (26°C e 34°C). Para isso foi empregado os montadores StringTie e Trinity, respectivamente. Foi avaliada a qualidade da montagem, a anotação de transcritos e proteínas, e conduzida análises de expressão diferencial e enriquecimento de vias metabólicas. Os resultados mostraram diferenças entre os métodos. A montagem de novo produziu um número maior de transcritos (73.743) quando comparada a montagem guiada por genoma (29.157), bem como identificou um número maior de proteínas ao utilizar bancos de dados de Lepidoptera do NCBI (19.081 contra 15.629) e do UniProt (18.693 e 15.400). Por outro lado, a montagem guiada, utilizando um banco de dados de B. mori disponível no NCBI, identificou um número maior de proteínas (13.726 contra 13.702) e demonstrou transcritos mais longos e completos. Ambos os métodos identificaram proteínas exclusivas, ou seja, conseguiram construir sequências que o outro método não conseguiu. Os resultados permitiram concluir que a escolha do método depende dos objetivos da pesquisa. Enquanto a montagem de novo pode ser mais adequada para descobrir novos transcritos, a montagem guiada pode ser preferível para obter transcritos mais completos. Além disso, uma abordagem híbrida pode ser vantajosa para aumentar a anotação do transcriptoma, uma vez que nesse estudo, a junção dos dados obtidos pelas duas montagens, mostrou uma melhoria em relação a quantidade de proteínas anotadas. Esses resultados fornecem insights para pesquisadores interessados em otimizar suas estratégias de montagem de transcriptoma.
dc.description.abstractother1To evaluate the effectiveness of transcript assembly and the differences between strategies, this study compared two transcriptome assembly methods: guided assembly and de novo assembly, using RNA-seq libraries from Bombyx mori caterpillars raised under different temperatures ( 26°C and 34°C). For this purpose, the StringTie and Trinity assemblers were used, respectively. The quality of the assembly, the annotation of transcripts and proteins were evaluated, and analyzes of differential expression and enrichment of metabolic pathways were conducted. The results showed differences between the methods. De novo assembly produced a greater number of transcripts (73,743) when compared to genome-guided assembly (29,157), as well as identifying a greater number of proteins when using Lepidoptera databases from NCBI (19,081 versus 15,629) and UniProt ( 18,693 and 15,400). On the other hand, guided assembly, using a B. mori database available at NCBI, identified a greater number of proteins (13,726 versus 13,702) and demonstrated longer and more complete transcripts. Both methods identified unique proteins, that is, they were able to construct sequences that the other method could not. The results allowed us to conclude that the choice of method depends on the research objectives. While de novo assembly may be more suitable for discovering new transcripts, guided assembly may be preferable for obtaining more complete transcripts. Furthermore, a hybrid approach can be advantageous to increase transcriptome annotation, since in this study, the combination of data obtained by the two assemblies showed an improvement in relation to the quantity of annotated proteins. These results provide insights for researchers interested in optimizing their transcriptome assembly strategies.
dc.identifier.urihttps://repositorio.uel.br/handle/123456789/17565
dc.language.isopor
dc.relation.coursenameGraduação - Ciências Biológicas
dc.relation.departamentCCB - Departamento de Biologia Geral
dc.relation.institutionnameUniversidade Estadual de Londrina - UEL
dc.relation.modalidadecursoCurso Presencial
dc.relation.tipograduacaoBacharelado
dc.subjectComparação de montagem
dc.subjectMontagem de novo
dc.subjectMontagem guiada
dc.subjectRNA-seq
dc.subject.capesCiências Biológicas - Genética
dc.subject.cnpqCiências Biológicas - Genética
dc.subject.keywordsAssembly comparison.
dc.subject.keywordsAssembly again.
dc.subject.keywordsGuided assembly.
dc.subject.keywordsRNA-seq
dc.titleEstratégias de montagem de transcriptoma em Bombyx mori Linnaeus 1758: abordagens guiadas por genoma versus de novo
dc.typeTrabalho de Conclusão de Graduação
dcterms.educationLevelGraduação
dcterms.provenanceCentro de Ciências Biológicas

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