Construção e caracterização de uma biblioteca genômica de C. arabica em cromossomo artificial de bactéria

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dc.contributor.advisorCarpentieri-Pípolo, Valéria [Orientador]pt_BR
dc.contributor.authorCação, Sandra Maria Bellodipt_BR
dc.contributor.bancaDomingues, Douglas Silvapt_BR
dc.contributor.bancaMiglioranza, Édisonpt_BR
dc.contributor.bancaGarcia, Alexandrept_BR
dc.contributor.bancaVilas-Bôas, Laurival Antôniopt_BR
dc.contributor.coadvisorPereira, Luiz Filipe Protasio [Coorientador]pt_BR
dc.coverage.spatialLondrinapt_BR
dc.date.accessioned2024-05-01T14:19:27Z
dc.date.available2024-05-01T14:19:27Z
dc.date.created2012.00pt_BR
dc.date.defesa24.05.2012pt_BR
dc.description.abstractResumo: O Brasil é o principal produtor e exportador mundial de café e possui o segundo maior mercado consumidor Entre os principais objetivos do melhoramento genético de cafeeiros estão os estudos visando à melhoria de cultivares resistentes à ferrugem utilizando como fonte de resistência, progênies oriundas do Hibrido de Timor, planta derivada do cruzamento interespecífico natural entre Coffea arabica e C canephora, resistente a maioria das raças fisiológicas do fungo Hemileia vastratix Bibliotecas baseadas nos vetores do tipo Cromossomo Artificial de Bactéria (BAC) são um importante recurso para clonagem posicional, analise comparativa de genomas e construção de mapas físicos Neste trabalho foi realizada a construção e caracterização de uma biblioteca BAC com 56,832 clones com um tamanho médio de insertos de 118 kb, representando 5 a 6 vezes a cobertura do genoma haplóide de Carabica A contaminação foi estimada como 1,4% para cloroplasto e ,5% para DNA mitocondrial Combinadas, as técnicas de seleção por PCR de pools representando vários grupos de clones da biblioteca propiciou uma forma rápida e econômica de seleção da biblioteca, pois com um pequeno número de PCR foi possível encontrar clones BAC para os marcadores ancôras e o gene M6PR As placas foram selecionadas a partir de superpools e pools de placa Um total de 54 clones BAC foram selecionados, 1 para o M6PR, 11 para o SSR-16 e CCG-3, 12 para o SSR-18 e 1 para ACCG-1 As análises de Southern Blot para o gene M6PR demonstraram que os BAC isolados apresentaram um fragmento relacionado com o fragmento presente no genoma de HT CIFC 832/2, e semelhante no C eugenioides No estudo de seleção de clones para as marcas de resistência a ferrugem foram identificados 1 clones positivos para a marca SAT-244, seis para o BA-124 e sete para o M-8 Análises de Fingerprinting mostraram padrões de sobreposição de BAC que deve permitir a formação de contigs BAC abrangendo a região de resistência à ferrugem para o gene SH3 Através do Southern Blot usando sonda M-8 foram identificados clones BAC em dois grupos que correspondem aos subgenomas do HT (CC-P89O21 e Ce-P135L24) Os clones positivos foram classificados em dois grupos que correspondem aos subgenomas do HT Os clones selecionados para as marcas de resistência a ferrugem, foram submetidos ao seqüenciamento e serão utilizados em estudos de sintenia e comparação de sequencias entre espécies A biblioteca BAC construída é uma importante ferramenta disponível aos laboratórios de pesquisa em genômica de cafeeiros, visando uma maior integração de informações genômicas e genéticas para aplicação futura em programa de melhoramentopt_BR
dc.description.abstractother1Abstract: Brazil is the largest producer and exporter of coffee in the world, besides having the second largest consumer market Among the major goals of genetic breeding of tree coffee are the studies aimed at improving rust resistant cultivars used as sources of resistance, progenies of “Hibrido Timor”, plant-derived natural interespecific cross between C arabica and C canephora, resistant to most races of fungus H vastratix Libraries based in Bacterial Artificial Chromossome (BAC) vectors have become an important tool for genomic research The BAC libraries are an important resource for applications including gene isolation, comparative genomics, map-based or positional cloning of genes and genome-wide physical map construction Furthermore, they are important genomic resources for sequencing projects, map-based cloning of either genes or QTLs for important agronomic characteristics In this work we described the construction and characterization a BAC library consisting of 56832 clones with an average size of inserts 118 kb, representing 5 to 6 times the coverage C arabica haploid genome Based on the percentage of positive clones identified, the contamination was estimated as 14% to chloroplast and 5% mitochondrial DNA Combined, the PCR and pools of library clones representing various groups of clones provide an economical form to screening of library, because with a small number of PCRs is possible to find a single target sequence The plates were selected from of superpools and plate of pools A total of 54 BAC were selected, 1 for M6PR, 11 for SSR-16 and CCG-3, 12 for SSR-18 and 1 for ACCG-1 In Southern blot analysis for gene M6PR, the genomic DNA of HT showed four bands, probably related with the corresponding bands in Ccanephora and C eugenioides The BAC clones 1-6 and 8 showed the size same fragment present in the genome of CIFC HT 832/2, and with a similar size in C eugenioides The BAC library was used to select clones related with rust resistance markers Twenty three BACs were selected with three markers for SH3 resistant locus: 1 for the mark-SAT 244, six to BA-124 and seven for M-8 Fingerprinting analysis showed overlapping patterns of those BACs which should allow the formation of BAC contigs spanning the rust resistance region for SH3 Southern Blot analysis using M-8 probe identified BAC clones in two groups that correspond to the HT subgenomes (Cc- P89O21 and Ce- P135L24) Further characterization of those clones will allow a better comprehension of the mechanisms of genetic resistance for rust in coffee, as well as the identification other molecular markers, are useful for further work in developing markers for assisted selection (MAS), and cloning of genes involved in rust resistancept_BR
dc.description.notesTese (Doutorado em Agronomia) - Universidade Estadual de Londrina, Centro de Ciências Agrárias, Programa de Pós-Graduação em Agronomiapt_BR
dc.identifier.urihttps://repositorio.uel.br/handle/123456789/13832
dc.languagepor
dc.relation.coursedegreeDoutoradopt_BR
dc.relation.coursenameAgronomiapt_BR
dc.relation.departamentCentro de Ciências Agráriaspt_BR
dc.relation.ppgnamePrograma de Pós-graduação em Agronomiapt_BR
dc.subjectCafépt_BR
dc.subjectMelhoramento genéticopt_BR
dc.subjectCafépt_BR
dc.subjectResistência a doenças e pragaspt_BR
dc.subjectFungos-da-ferrugempt_BR
dc.subjectCoffeept_BR
dc.subjectCoffeept_BR
dc.subjectChromosome mappingpt_BR
dc.subjectDisease and pest resistancept_BR
dc.subjectBreedingpt_BR
dc.titleConstrução e caracterização de uma biblioteca genômica de C. arabica em cromossomo artificial de bactériapt_BR
dc.typeTesept_BR

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