Análise genômica de Streptomyces albidoflavus LABIM42: da extração do DNA à identificação de clusters biossintéticos

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dc.contributor.advisorOliveira Junior, Admilton Gonçalves de
dc.contributor.authorBaptista Junior, Roberto Rodrigues
dc.contributor.bancaCamillos Neto, Doumit
dc.contributor.bancaCardoso, Rafaella
dc.contributor.bancaTavares, Eliandro
dc.coverage.extent35 p.
dc.coverage.spatialLondrina
dc.date.accessioned2026-03-05T17:47:59Z
dc.date.available2026-03-05T17:47:59Z
dc.date.issued0025-12-09
dc.description.abstractO presente trabalho aborda o processo que se estende desde a avaliação da atividade antifúngica até a extração de DNA genômico e a mineração de metabólitos secundários em microrganismos de interesse biotecnológico. A metodologia empregada utilizou o sistema automatizado Extracta 16 (Loccus), baseado em partículas magnéticas, para a purificação de DNA de alta qualidade. Após a extração, as amostras foram avaliadas quanto à integridade (eletroforese em gel de agarose), concentração (fluorimetria – Qubit) e pureza (Nanodrop, razão A260/A280). O sequenciamento foi realizado utilizando duas plataformas: Illumina (leituras curtas 2×150 pb) e Oxford Nanopore Technologies (leituras longas via MinION), permitindo uma abordagem híbrida de montagem. A partir do genoma montado, ferramentas de bioinformática foram empregadas para identificar clusters biossintéticos e potenciais vias de síntese de compostos bioativos. Os resultados reforçam a importância da integração entre metodologias moleculares e análises computacionais para a prospecção de metabólitos com potencial agronômico.
dc.description.abstractother1This study addresses the workflow ranging from the evaluation of antifungal activity to genomic DNA extraction and secondary metabolite mining in microorganisms of biotechnological interest. The methodology employed utilized the Extracta 16 (Loccus) automated system, based on magnetic particles, for high-quality DNA purification. Following extraction, samples were evaluated for integrity (agarose gel electrophoresis), concentration (fluorometry – Qubit), and purity (Nanodrop, A260/A280 ratio). Sequencing was performed using two platforms: Illumina (2×150 bp short reads) and Oxford Nanopore Technologies (long reads via MinION), enabling a hybrid assembly approach. Based on the assembled genome, bioinformatics tools were employed to identify biosynthetic gene clusters and potential synthesis pathways for bioactive compounds. The results underscore the importance of integrating molecular methodologies and computational analyses for the prospecting of metabolites with agronomic potential.
dc.identifier.urihttps://repositorio.uel.br/handle/123456789/19168
dc.language.isopor
dc.relation.coursenameGraduação - Ciências Biológicas
dc.relation.departamentCCB - Departamento de Biologia Geral
dc.relation.institutionnameUniversidade Estadual de Londrina - UEL
dc.relation.modalidadecursoCurso Presencial
dc.relation.tipograduacaoBacharelado
dc.subjectSequenciamento híbrido
dc.subjectIllumina
dc.subjectNanopore
dc.subjectMineração genômica
dc.subjectMetabólitos secundários
dc.subjectStreptomyces
dc.subject.capesCiências Biológicas - Genética
dc.subject.cnpqCiências Biológicas - Genética
dc.subject.keywordsHybrid sequencing
dc.subject.keywordsIllumina
dc.subject.keywordsNanopore
dc.subject.keywordsGenome mining
dc.subject.keywordsSecondary metabolites
dc.subject.keywordsStreptomyces
dc.titleAnálise genômica de Streptomyces albidoflavus LABIM42: da extração do DNA à identificação de clusters biossintéticos
dc.title.alternativeGenomic analysis of Streptomyces albidoflavus LABIM42: from DNA extraction to the identification of biosynthetic clusters
dc.typeTrabalho de Conclusão de Graduação
dcterms.educationLevelGraduação
dcterms.provenanceCentro de Ciências Biológicas

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