Caracterização fenotípica e molecular de determinantes de resistência e formação de biofilme em isolados de Acinetobacter spp

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dc.contributor.advisorVenancio, Emerson José
dc.contributor.authorFávaro, Larissa dos Santos.
dc.contributor.bancaPerugini, Márcia Regina Eches
dc.contributor.bancaAmarante, Marla Karine
dc.contributor.bancaCano, Barbara Gionco
dc.contributor.bancaPetroli, Suelen Balero de Paula
dc.contributor.coadvisorCarrara, Floristher Elaine
dc.coverage.extent166 p.
dc.coverage.spatialLondrina, Paraná
dc.date.accessioned2025-02-13T13:32:57Z
dc.date.available2025-02-13T13:32:57Z
dc.date.issued2023-03-17
dc.description.abstractNos últimos anos, espécies de Acinetobacter não-baumannii (NBA) têm se destacado como importantes patógenos responsáveis por infecções relacionadas a assistência à saúde, assim como A. baumannii, a espécie clinicamente mais relevante do gênero. O objetivo deste estudo foi caracterizar os determinantes de resistência aos antimicrobianos e fatores de virulência de isolados clínicos de Acinetobacter spp. recuperados de pacientes atendidos no Hospital Universitário de Londrina (HU) num período de dez anos (2006-2016). Um total de 750 isolados de Acinetobacter spp., não repetidos, foram incluídos no estudo, sendo 738 pertencentes ao complexo A. calcoaceticus-A. baumannii e 12 NBA. A análise genotípica revelou que A. baumannii foi a espécie mais comumente isolada (98,4%), seguida por A. bereziniae (0,8%), A. haemolyticus (0,1%) e A. colistiniresistens (0,1%). Os isolados apresentaram altas taxas de resistência para a maioria dos antimicrobianos avaliados, incluindo os carbapenêmicos. Os genes codificadores de carbapenem-hydrolyzing class D beta-lactamases (CHDL) adquiridos mais comumente identificados foram: blaOXA-23-like (89,2%) seguido por blaOXA143-like (1,2%) e blaOXA58-like (0,8%). O gene blaOXA-58 foi detectado em cinco isolados de A. bereziniae e um de A. colistiniresistens (Ac 505/15), classificados como produtores de biofilme. A tipagem molecular destes isolados por enterobacterial repetitive intergenic consensus-polymerase chain reaction (ERIC-PCR) identificou quatro grupos genéticos (I-IV), sendo três agrupamentos individuais (I, II e III), e um (grupo IV) composto por três isolados de A. bereziniae relacionados clonalmente. A análise do contexto genético revelou que todos os isolados apresentaram ISAba3 a jusante do gene blaOXA-58, e os três isolados com ISAba1, ISAba3 e ISAba125-?ISAba3 a montante foram classificados como multirresistentes. Adicionalmente, as análises de bioinformática do sequenciamento do genoma total do isolado Ac505/15 (grupo I) revelaram a presença de genes codificadores de resistência à beta-lactâmicos, aminoglicosídeos, fenicóis, sulfonamidas e macrolídeos, bem como, várias famílias de sistemas de efluxo, ilhas genômicas, sequências de inserção e genes de virulência. Neste estudo, demonstrou-se que a resistência aos carbapenêmicos em Acinetobacter spp. no HU parece ser atribuída à presença de genes codificadores de CHDL. Além disso, destaca-se a necessidade da identificação correta das espécies de Acinetobacter e da vigilância epidemiológica a fim de evitar a disseminação de determinantes de resistência, e virulência entre patógenos hospitalares relevantes.
dc.description.abstractother1In recent years, species of non-baumannii Acinetobacter (NBA) have emerged as important pathogens responsible for healthcare-associated infections, as has A. baumannii, the most clinically relevant species of the genus. The aim of this study was to characterize antimicrobial resistance determinants and virulence factors of clinical isolates of Acinetobacter spp. recovered from patients treated at the University Hospital of Londrina (HU) over a period of ten-years (2006-2016). A total of 750 non-repeated Acinetobacter spp. isolates were included in the study, 738 belonging to the A. calcoaceticus-A. baumannii complex and 12 NBA. Genotypic analysis revealed that A. baumannii was the most commonly isolated species (98.4%), followed by A. bereziniae (0.8%), A. haemolyticus (0.1%) and A. colistiniresistens (0.1%). The isolates showed high rates of resistance to most antimicrobials evaluated, including carbapenems. The most commonly identified acquired carbapenem-hydrolyzing class D beta-lactamases (CHDL) encoding genes were: blaOXA-23-like (89.2%) followed by blaOXA143-like (1.2 %) and blaOXA58-like (0.8%). The blaOXA-58 gene was detected in five isolates of A. bereziniae and one of A. colistiniresistens (Ac 505/15), classified as biofilm producers. Molecular typing of these isolates by enterobacterial repetitive intergenic consensus-polymerase chain reaction (ERIC-PCR) identified four genetic groups (I-IV), with three individual groups (I, II and III), and one (group IV) composed of three clonally related isolates of A. bereziniae. Analysis of the genetic context revealed that all isolates had ISAba3 downstream of the blaOXA-58 gene, and the three isolates with ISAba1, ISAba3 and ISAba125-?ISAba3 upstream were classified as multiresistant. Additionally, bioinformatics analyzes of the total genome sequencing of the Ac505/15 isolate (group I) revealed the presence of genes encoding resistance to beta-lactams, aminoglycosides, phenicols, sulfonamides and macrolides, as well as several families of efflux systems, genomic islands, insertion sequences and virulence genes. In this study, it was demonstrated that resistance to carbapenems in Acinetobacter spp. in HU seems to be attributed to the presence of genes coding for CHDL. In addition, the need for correct identification of Acinetobacter species and epidemiological surveillance is highlighted in order to avoid the dissemination of determinants of resistance and virulence among relevant hospital pathogens.
dc.identifier.urihttps://repositorio.uel.br/handle/123456789/18559
dc.language.isopor
dc.relation.departamentCCS - Departamento de Saúde Coletiva
dc.relation.institutionnameUniversidade Estadual de Londrina - UEL
dc.relation.ppgnamePrograma de Pós-Graduação em Ciências da Saúde
dc.subjectAcinetobacter spp
dc.subjectCarbapenemases
dc.subjectCHDL
dc.subjectFatores de virulência
dc.subjectResistência aos antimicrobianos
dc.subject.capesCiências da Saúde - Saúde Coletiva
dc.subject.cnpqCiências da Saúde - Saúde Coletiva
dc.subject.keywordsAcinetobacter spp
dc.subject.keywordsAntimicrobial resistance
dc.subject.keywordsCarbapenemases
dc.subject.keywordsCHDL
dc.subject.keywordsVirulence factors
dc.titleCaracterização fenotípica e molecular de determinantes de resistência e formação de biofilme em isolados de Acinetobacter spp
dc.title.alternativePhenotypic and molecular characterization of determinants of resistance and biofilm formation in Acinetobacter spp. isolates
dc.typeTese
dcterms.educationLevelDoutorado
dcterms.provenanceCentro de Ciências da Saúde

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