Navegando por Autor "Ferreira, Rafaelle Vecchia"
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Item Fenotipagem bioquímica e estudos de associação genômica ampla em uma coleção de Coffea arabicaFerreira, Rafaelle Vecchia; Pereira, Luiz Filipe Protasio [Orientador]; Padilha, Lilian; Sant’Ana, Gustavo César; Gonçalves, Leandro Simões Azeredo; Scholz, Maria Brígida dos SantosResumo: O Brasil ocupa a posição de maior produtor de café do mundo Essa liderança mundial é resultado, em parte, dos esforços desenvolvidos pela pesquisa brasileira para colocar à disposição dos agricultores, cultivares com altas capacidades produtivas O melhoramento tradicional do cafeeiro tem mostrado resultados expressivos, entretanto, sua eficiência é restringida devido às características botânicas do gênero Coffea e à complexidade das características alvo da seleção como qualidade da bebida Coffea arabica apresenta maior importância econômica e apesar dessa espécie apresentar baixa diversidade genética dentre os genótipos cultivados, uma variabilidade genética maior é encontrada em coleções provenientes do centro de origem, a Etiópia Neste trabalho, os genótipos de uma coleção C arabica originários da Etiópia foram submetidos a uma avaliação bioquímica pela metodologia da Espectroscopia no Infravermelho Próximo (NIRS), com o objetivo de explorar a composição química da espécie Nós avaliamos os teores de ácidos clorogênicos, cafeína, açúcares totais, sacarose, lipídios, proteínas e taninos de 66 genótipos, nos anos de 212 e 215 Essa avaliação confirmou a variabilidade genética existente nesse material e apresentou, nos dois anos analisados, um grupo de genótipos com baixos níveis de ácidos clorogênicos e cafeína, além de um teor maior de açúcar, podendo ser útil aos programas de melhoramento Ainda foi verificada a importância de uma coleta mais homogênea de frutos maduros, a fim de não haver diferenças entre os teores químicos avaliados no mesmo material em diferentes anos Visando à produção de ferramentas biotecnológicas que facilitem o melhoramento de cafeeiros, esses dados fenotípicos foram utilizados em estudos de associação com marcadores moleculares Marcadores SNPs foram identificados a partir da genotipagem por sequenciamento, utilizando como genoma de referência um dos ancestrais diploides de C arabica, o Coffea canephora Um total de 62192 tags produzidas pelos reads single-end, a partir das bibliotecas formadas pelo GBS, foi mapeado no genoma de referência identificando 6696 SNPs, com profundidade média de 39X Os SNPs foram filtrados para MAF >5, Call Rate >8 e heterozigosidade < 9, fornecendo 246 marcas que foram usados nas análises nas análises de associação da coleção da Etiópia do IAPAR A estratégia de GWAS pelo software TASSEL 522, em um conjunto de 66 genótipos de C arabica, foi utilizada para identificar marcas associadas aos conteúdos bioquímicos dos genótipos dessa coleção Foram encontrados 44 SNPs significativos associados a ácidos clorogênicos, cafeína, açúcares totais, sacarose, lipídios, proteínas e taninos Também foram identificadas marcas que estariam associadas às vias de ácidos clorogênicos, cafeína, lipídios, proteínas e sacarose, respon sáveis pela qualidade da bebida, dentro de uma coleção de genótipos com maior variabilidade genéticaItem Genotipagem de uma coleção de Coffea arabica utilizando marcadores microssatélitesFerreira, Rafaelle Vecchia; Pereira, Luiz Filipe Protasio [Orientador]; Hoshino, Andrea Akemi; Maluf, Mirian Perez; Domingues, Douglas Silva [Coorientador]Resumo: O Brasil é o maior produtor mundial de café, além de ser o maior exportador e segundo maior consumidor O melhoramento tradicional de cafeeiros tem mostrado expressivos resultados em relação ao aumento da produtividade e tolerância a estresses bióticos e abióticos Entretanto, a eficiência do melhoramento convencional é limitada em cafeeiros por ser uma espécie perene, com um longo período juvenil, e com baixa variabilidade genética entre as principais cultivares comerciais Portanto, a identificação de marcadores moleculares relacionados a características de interesse seria de extrema valia, permitindo maiores ganhos genéticos por ciclo de seleção Estudos preliminares com os marcadores microssatélites em uma coleção de Coffea arabica proveniente do centro de origem (Etiópia) permitiram a seleção de 48 locos microssatétites para futuras análises de diversidade Neste trabalho validamos 8 locos microssatélites para discriminar novos acessos de C arabica introduzidos na coleção Estes 8 locos geraram um total de 19 alelos, com uma média de 2,3 alelos por loco A análise genotípica indicou quais acessos corresponderiam corretamente aos acessos ET34, Java e ET19 Os locos microssatélites utilizados foram eficientes para discriminar os acessos de C arabica provenientes de Camarões e o número de locos utilizado (8) também foi suficiente para a separação entre os acessos com seus respectivos genótipos Em um segundo trabalho, com a finalidade de aumentar o conhecimento sobre a diversidade molecular dentro do centro primário de origem de C arabica, os 48 microssatélites foram utilizados na análise de 132 genótipos que compõem a coleção da Etiópia, utilizando um sistema semi-automatizado de detecção dos alelos Os fragmentos de PCR dos 132 genótipos foram separados por eletroforese capilar através do sequenciador automático de DNA A diversidade genética dos acessos de C arabica foi avaliada pelo número médio de alelos por loco (Â) e pela porcentagem de locos polimórficos (P) Além disso, foi realizada a análise de distância genética, a partir da construção de um dendograma, usando o software DARwin 5 Quarenta e três locos microssatélites produziram 256 alelos para a coleção de C arabica do centro de origem Trinta e oito deles foram considerados polimórficos segundo a análise dos alelos, com número médio de 6,6 alelos por loco A porcentagem de locos polimórficos (P) observada foi de 79,16% Também foi confirmada a transferabilidade de locos desenvolvidos para C canephora para os genótipos de C arabica analisados O dendograma construído a partir dos dados obtidos separou os genótipos em 2 grandes grupos, porém não houve a separação geográfica entre leste e oeste do Vale do Rift (Etiópia) A técnica semi-automatizada foi eficiente para a genotipagem da coleção da Etiópia, pois houve uma redução de tempo e trabalho no processo de genotipagem