Este estudo descreve duas novas espécies de Aegla, ambas registradas nos riachos que correm para o PARNA Iguaçu, no oeste do estado do Paraná, Brasil. Junto com a descrição, também apresentamos uma análise de suas relações filogenéticas com outras espécies de Aegla. As novas espécies têm distribuições restritas e isso é bem evidente, devido sua proximidade geográfica, mas morfologicamente facilmente distinguidas. As novas espécies são filogeneticamente próximas de outras congêneres mas diferem claramente morfológica e geneticamente de outras espécies conhecidas de Aegla. Além disso, implicações para conservação desses crustáceos endêmicos são abordados.