Rosa, Renata daRosa, Matheus Henrique de Oliveira2024-09-132024-09-132024-05-10https://repositorio.uel.br/handle/123456789/17565Para avaliar a eficácia na montagem de transcritos e as diferenças entre estratégias este estudo comparou dois métodos de montagem de transcriptoma: a montagem guiada e a montagem de novo, utilizando bibliotecas de RNA-seq de lagartas de Bombyx mori, criadas sob diferentes temperaturas (26°C e 34°C). Para isso foi empregado os montadores StringTie e Trinity, respectivamente. Foi avaliada a qualidade da montagem, a anotação de transcritos e proteínas, e conduzida análises de expressão diferencial e enriquecimento de vias metabólicas. Os resultados mostraram diferenças entre os métodos. A montagem de novo produziu um número maior de transcritos (73.743) quando comparada a montagem guiada por genoma (29.157), bem como identificou um número maior de proteínas ao utilizar bancos de dados de Lepidoptera do NCBI (19.081 contra 15.629) e do UniProt (18.693 e 15.400). Por outro lado, a montagem guiada, utilizando um banco de dados de B. mori disponível no NCBI, identificou um número maior de proteínas (13.726 contra 13.702) e demonstrou transcritos mais longos e completos. Ambos os métodos identificaram proteínas exclusivas, ou seja, conseguiram construir sequências que o outro método não conseguiu. Os resultados permitiram concluir que a escolha do método depende dos objetivos da pesquisa. Enquanto a montagem de novo pode ser mais adequada para descobrir novos transcritos, a montagem guiada pode ser preferível para obter transcritos mais completos. Além disso, uma abordagem híbrida pode ser vantajosa para aumentar a anotação do transcriptoma, uma vez que nesse estudo, a junção dos dados obtidos pelas duas montagens, mostrou uma melhoria em relação a quantidade de proteínas anotadas. Esses resultados fornecem insights para pesquisadores interessados em otimizar suas estratégias de montagem de transcriptoma.porComparação de montagemMontagem de novoMontagem guiadaRNA-seqTrabalho de Conclusão de GraduaçãoCiências Biológicas - GenéticaCiências Biológicas - GenéticaAssembly comparison.Assembly again.Guided assembly.RNA-seq